Sam原先根本不知道EMP的事情，是Grim故意跟Reed謊稱Sam知道了EMP的計劃，這樣Reed自然會下令讓Grim把Sam抓回來，並且審問他如何得知這次的EMP計劃以及掌握多少情況。可是要抓Sam談何容易，不過如果有壹個極具誘惑力的誘餌的話，那就另當別論了。Grim散布消息稱Sam的女兒Sarah並非死於意外，而是他殺，關於兇手的線索就在歐洲島國馬耳他。這也是遊戲壹開始Sam出現在馬耳他的原因。Grim和黑幫老大Kobin雇傭當地流氓襲擊Sam，壹個唱白臉、壹個唱黑臉，為的是告訴Sam他女兒的死是Kobin所為，引Sam去找Kobin好來個甕中捉鱉。
計劃很成功，聽了Grim的話束手就擒的Sam被麻醉之後就被飛機運往華盛頓的price私人機場（傭兵組織——黑箭（Black Arrow）所屬）。在那裏，Grim和盤托出了自己的任務和難處，請求Sam的幫助。可是因為女兒的死而心灰意冷的Sam根本不想趟這渾水，遂壹口否決。Grim不得已告訴Sam他的女兒Sarah其實並沒有死，並以此要挾Sam幫助她，承諾如果Sam出山就讓他們父女團聚，如果Sam不幫忙，她就保證不了Sarah的安全。Sam半信半疑，因為Sarah死亡的消息是他非常信任的朋友Lambert告訴他的，相比Grim，Sam更願意相信Lambert。可是Sam還是暫時相信了Grim，Sam給Grim的那兩巴掌既是讓Grim脫去嫌疑也是警告Grim不要在他女兒的事情上耍花招。之後，Sam帶上Grim提供的手機（加密、兼有蛇形探測鏡功能）和手槍逃出了price機場，坐上Grim的車揚長而去。
Sam Fisher（簡稱Sam）：原第三梯隊王牌特工，代號黑豹。在上壹代中得知自己的女兒Sarah在壹次車禍意外中死亡，後來又因為臥底任務不得已槍殺了他的好友兼上司Lambert，心灰意冷的Sam退出了第三梯隊。
為了能再跟女兒見面，Sam答應幫助Grim執行任務。因為急需EMP以及Black Arrow的相關情報，Sam想到了他在伊拉克出生入死的老戰友——Victor Coste（簡稱Vic）。於是兩人約定在人流密集的華盛頓紀念碑前見面。在Sam把幾個跟蹤Vic的黑衣男幹掉之後，兩個多年的老基友見面了。簡單的寒暄之後，Vic給了Sam幾樣新裝備，包括Vic在DARPA（美國國防部高級研究計劃局）的朋友最先研制的小型EMP發射裝置。其後，Vic也把調查的情況向Sam匯報了壹下，告訴Sam最近有壹家名為White Box的實驗室被人收購，並且在實驗室周圍雇傭Black Arrow做安保工作。Black Arrow參與的事裏面肯定有貓膩。成功從華盛頓紀念碑逃脫追捕的Sam決定下壹個目標就是White Box實驗室。
Sam到實驗室之前，Black Arrow就已經把需要的EMP裝置運走了，剩下的駐守傭兵則主要負責清場。通過救下來的技術員，Sam了解到所有的實驗資料都在黑箭組織壹個叫Robertson的黑人手裏，而這個實驗室的新老板是壹個名叫Lucius Galliad的家夥。在hack Robertson的電腦並上傳給Grim裏面EMP裝置資料的時候，Grim發現white box實驗室裏有人在反追蹤他們的位置，為了避免暴露Grim和Sarah的位置，Sam準備引爆實驗室裏的EMP裝置讓實驗室癱瘓。從Vic處得知EMP爆炸不會影響實驗室以外後，Sam引爆了EMP裝置，靠近大型電器裝備的Robertson瞬間被烤糊。
Grim隨後調查了這個名叫Lucius Galliad的商人，發現他跟Reed交往甚密，而且之前Reed壹直瞞著其他人（包括Grim）與Galliad見面，Grim也只能查到Reed將與Galliad在林肯紀念堂碰頭。Galliad出現在林肯紀念堂的理由是他旗下的壹家公司正給副總統Calvin Samson召開的記者見面會擔當後勤工作，所以他作為監督出現在那裏順理成章。女總統Caldwell倒是對於Reed和Galliad的會面偏偏發生在副總統的演講場地附近頗有微詞，畢竟這也太巧了。Grim和女總統Caldwell通過特勤局給Sam證件幫助其混進記者見面會場地，並希望Sam能夠利用紀念堂裏攝像機上的定向麥克風竊聽並記錄Reed和Galliad這次談話的內容。在那兩人談話結束之後，Sam決定先追Galliad，Reed可以稍後再說，因為他們兩人談話中提及好幾次的Meggido似乎跟Galliad聯系更為緊密。
隨後Sam悄悄接近Galliad並審問他壹些事情，Galliad也是整個遊戲裏說話最賤最欠抽的反派人物。Sam訊問後得知Reed在華盛頓安裝了三個EMP裝置，而且當晚就要開始行動，Galliad稱Reed這是要趁機表現壹下；至於這所謂的Meggido，Galliad聲稱它的勢力遍布全世界，華盛頓、莫斯科、北京等等地方都有他們的人在，有這個靠山在他就可以全身而退。諷刺的是，這哥們還在陶醉的時候就被他的靠山派來的殺手給幹掉了，Sam雖然對殺手窮追不舍，可是結果還是電影裏常演的那樣：幕後主使派殺手殺人滅口，得手之後再讓殺手永遠保持沈默，這個倒黴蛋剛坐到汽車上就聽轟的壹聲給炸成了碎片。先前圍堵Sam的警察突然不見了蹤影，Grim竊聽警用頻道後發現是第三梯隊讓警察撤離的，而且第三梯隊的特工很快就會過來追捕Sam，在Sam幹掉了最初幾波敵人之後，特勤局派的車終於到了咖啡館外的大橋上，Sam迅速上了車成功脫離。
鏡頭壹轉，Sam從剛才那輛車的後備箱裏鉆了出來，這車已經停靠在第三梯隊總部大樓的停車場裏了。第三梯隊總部的安保措施非常強悍，唯壹的弱點就是停車場裏的兩臺主備用變壓器，在到前臺時同時引爆才可能有機會讓Sam潛入大樓內部。按照以上方法進入大樓內部以後，Sam要先找壹個名叫Charlie Fryman的技術人員，他是Grim信任的內線而且也是Sam的超級粉絲。見過這個溫情小胖之後，他會送給妳他最先研制的聲納探測鏡，依靠它妳可以穿墻探測，也可以探知激光陷阱，不過第三梯隊裏的高級特工用的探測鏡也具有類似功能。
穿過激光陷阱後就來到了Reed的辦公室，可是Reed本人並不在，在那的不是別人正是惡棍Kobin。可憐的娃，又要被Sam暴揍壹頓。壹頓拳打腳踢之後，Kobin招供Reed的全盤計劃，Meggido本想跟女總統Caldwell合作，碰壁之後轉而求其次，就找到了副總統Calvin Samson，而Reed想通過EMP爆炸作為掩護，讓通信癱瘓，暗殺女總統Caldwell並且扶正副總統Calvin Samson，他自己則可以獲得獎章和大幅晉升。而Kobin在這個計劃裏面是負責安裝EMP炸彈。至於Sam的閨女Sarah，Kobin知道的並不多，他只是奉命按照照片找壹個相貌類似的女孩頂替罷了，同樣的工作他之前也幫第三梯隊幹了不少，按Kobin的說法詳細的情況只能詢問Grim。於是Sam繼續前往Grim辦公室，Grim也提議Sam到她辦公室後通過網真跟她聯系。在那裏，Sam也得知了關於他女兒的事情的真相。
Lambert：Sam在第三梯隊的上司兼好友，在上壹代中被執行臥底任務的Sam不得已槍殺了。Lambert在辦公室有個錄音系統，在那個辦公室發生的壹切都記錄在案。在他去紐約之前，Lambert把錄音系統的密碼交給了Grim（之後他就殉職了），Grim通過網真通話重放了那段關於sarah的錄音。原來Lambert當時通過可靠情報得知有人要對Sam的女兒Sarah不利，而且此人還是第三梯隊的內鬼。為了保護Sarah的安全以及確保Sam不會因為女兒的關系被敵人擺布，Lambert偽造了Sarah意外身亡的假象。指派Grim給Sarah改換名字並將其隱藏起來，同時確保其安全得到保障。Lambert坦誠自己欺騙了他最好的朋友Sam，並且利用了他失去親人的悲痛來讓Sam替第三梯隊賣命。最糟糕的是，Lambert壹直沒有查出究竟誰是內鬼，所以知情的兩個人——他自己和Grim必須對Sarah的事情守口如瓶，直到查清的那天為止……
聽完錄音後的Sam怒不可遏，他最好的朋友之壹欺騙了他，雖然這是為了大局著想，但是這也讓Sam在過去的三年裏壹直活在失去女兒的悲痛和懊悔中。Grim希望Sam能夠繼續執行任務，她告訴Sam現在的情況可謂千鈞壹發，三個EMP裝置已經來不及去全部阻止了，現在的時間只夠阻止壹處EMP發電機，這樣起碼可以避免整個城市全部陷入癱瘓，而且那個地方離Sarah藏身處非常近，Sam去摧毀發電機的同時也能救到自己的女兒。而這時Reed啟動了2319號自毀協議，發飆的Sam小宇宙爆發，壹路殺出去，趕在大樓自爆之前逃了出去。
Sam即刻前往其中壹個給EMP供電的發電機所在地——密歇根大街蓄水池。潛入工廠救下女科學家後得知給EMP供電的發電機有兩臺，而且其中任何壹臺被毀，另壹臺就會立刻開始供電，而且只需壹臺發電機供電就可以引爆EMP裝置，所以必須同時毀掉兩臺發電機。而這時，Grim不但讓Sam去阻止EMP發電機，也拜托Vic去接Sarah跟Sam匯合，而她自己則會跟Reed去白宮，試圖阻止這壹切。Sam跟Vic聯系上後開著直升機的Vic讓Sam給出兩臺發電機的坐標，好讓他可以在同壹時間搗毀兩臺發電機。Sam成功給出坐標之後，Vic先給那個礙事的直升機壹枚導彈，緊接著兩枚導彈同時準確的擊中發電機。直升飛機落地後，Sam終於見到了女兒Sarah……
三人乘上直升機後準備前往白宮支援Grim，壹直在遠處的半空盤旋，等待剩下兩枚EMP炸彈爆炸以避免靠的太近牽連進去。爆炸後地面壹片狼藉，正在三人感嘆EMP驚人破壞力的時候，沒想到突然從地面飛來壹枚RPG火箭彈擊中了直升機，靠著Vic牛X的駕駛技術直升機總算安全著陸，三人都沒什麽大礙。護女心切的Sam最終還是拗不過女兒，答應讓Vic照看Sarah，自己孤身前往白宮。
Tom Reed：現任第三梯隊指揮官，同時也是Meggido安插在第三梯隊的內鬼。他襲擊白宮的計劃算得上是考慮周詳。因為軍隊早晚要空降到華盛頓，Reed得事先想好各種借口。如果他幹掉女總統之後軍隊才到，那麽傭兵組織黑箭（Black Arrow）就可以當做是協助第三梯隊的友軍來對待；倘若他還沒得手軍隊就到了，那麽就讓黑箭（Black Arrow）背黑鍋，趁著黑箭和軍隊起沖突的時候他繼續尋找並幹掉女總統Caldwell。幹掉女總統後，Reed就可以名正言順地讓副總統Calvin Samson暫代總統之職。自己也可以因此飛黃騰達。其領導的第三梯隊也會受到更多的重視。正是由於這種***同利益，副總統、Reed、Galliad、Kobin和Meggido才會走到壹起，而不吃這壹套的女總統才會成為他們的眼中釘、肉中刺。
副總統Calvin Samson：典型的政客。嘩眾取寵，目中無人。竟然敢跟Sam叫板，壹會拿Sarah的生命安全威脅Sam，壹會要出雙倍價錢買通Sam，嚷嚷著自己背景有多硬，誰也動不了他，審了半天壹句有用的沒有，Sam砰砰兩槍打在他的腳上後就去跟Grim匯合。
Sam和Grim匯合後，Grim為了放松Reed的警惕故意使苦肉計打傷Sam（汗，她使苦肉計，疼的是別人），押解Sam去總統辦公室見Reed和營救總統。在總統辦公室，Reed已經控制住了女總統Caldwell，他把自己的計劃向女總統和Sam全盤托出，儼然壹副勝利者的姿態。Reed打算把暗殺女總統的罪名按到Sam身上，自己扮演成救駕來遲，再把Sam打成篩子就死無對證了。可是他沒想到Grim是總統的臥底，壹陣槍聲過後，Reed就剩壹光桿司令了。關於Meggido，Reed稱其目的從壹開始就是瞄準白宮，當初計劃威脅Sarah也只是達到目的的手段罷了。其它情況他壹律不提。Sam是非常痛恨Reed的，正是因為他這個內鬼的存在才導致Lambert壹直瞞著他女兒的情況，也間接導致他度過了三年痛苦的時光。第壹種結局：Sam直接開槍打死了Reed泄憤；第二種結局：Sam並不殺Reed，但是Grim還是斃了Reed，之後Grim想挽留Sam，但是Sam去意已決，陪女兒才是Sam最重要的事情。
最後的鏡頭就是Victor Coste在黑箭審訊室裏的自述，他提到了Sam對於他兄弟般的情誼和視其為家人的態度，突然這時候外面壹陣嘈雜還夾雜著幾聲槍響，審問人員也聞聲跑了出去查看情況，然後Vic把背往座椅上壹靠，不慌不忙地說道：我也這麽認為。