事情的起因始於鎖妖塔頂部的突然坍塌和封印的解除，但更深層次的因果要追溯到幾千年前的神界。
神將軍的飛天蓬和魔將軍的帕裏斯因為兩個世界的沖突多次相遇，壹直難分勝負。他們漸漸有了互相欣賞的意思。
帕裏斯提議在她發現的壹個新世界與飛蓬決鬥。壹場比賽下來，飛蓬因為天庭規則猶豫了壹下，最後還是答應了。
兩人勢均力敵，較量了許久，終於驚天動地。皇帝派兵捉拿飛龍，飛龍因察覺追兵來了而分心，他的劍被壹座沈重的建築撞倒，丟失了...
時光荏苒，飛檐走壁，被諸神斥為凡人，幾經輪回，成為禹州唐門永安的當鋪夥計景甜。
與此同時，帕裏斯從冥界窺探人間，意外發現飛龍轉世如此卑微平凡，她想幫助景甜，於是來到人間，騷擾蜀山，想幫助飛龍找到她的劍，並意外破壞了鎖妖塔，意外得到姜國長子飛龍鑄造的魔劍。
景甜得到了魔劍，同時也遇到了唐門小姐，從此改變了她的人生。
起初，他被卷入了薛健家族的內部鬥爭和唐門與霹靂堂的鬥爭。後來，他遇到了蜀山棄徒長青和他的未婚妻紫萱。景甜踏上了幫助蜀山找到五顆靈珠和封印鎖妖塔的漫長旅程。
藏在魔劍裏的鬼魂化身為景甜前世龍陽的龍葵妹妹。
幾個人的愛情糾葛，妳將何去何從的反復糾結糾葛，薛健奇怪的人生經歷，紫萱不為人知的秘密，龍葵長久以來的渴望...伴隨著人類與魔界妳死我活的鬥爭，其實人類的欲望才是壹切紛爭的源頭。
大宇指出，《仙劍奇俠傳3》中使用的3D遊戲引擎花了兩年時間開發，重點是顏色和形狀的處理，加入了光照貼圖、柔性皮膚系統、實時粒子系統等東西。，符合刀劍所要表達的審美和柔美風格。再現藝術風格，向玩家傳達與第壹代相同的感受。場景部分註重水、霧、雲海的表現，結合強大的粒子功能，產生如仙境般的夢幻感。
在人物設定上，仙三的個人比例與仙劍1相同，而在色彩上，仙劍1的中國工筆畫與日本漫畫風格相融合，增強了“亮”感，從而塑造了壹個全新的仙三角色。