醫院現有9個省級重點專科，分別為消化內科、肝膽外科、神經內科、兒科、呼吸內科、神經外科、婦產科、放射影像科、泌尿外科。同時建有遂寧市急救中心、華西遠程會診教學遂寧分中心。醫院目前能施行包括心、腦、肝、腎、胸部、腹部、脊柱等高難度大型手術，能診治各種疑難急危重癥患者。近年來，醫院腹腔鏡、胸腔鏡、宮腔鏡、膽道鏡、關節鏡、前列腺電切鏡等壹系列腔鏡技術在各學科廣泛運用，介入微創技術迅速發展，綜合診療水平處於省內同級醫院先進行列。海扶治療水平先進，累計治療人次已突破2000例，成為世界上最大的海扶治療中心。