碇真嗣
第三適格者
就讀第三新東京市立第壹高等學校的17歲少年，同時也是初號機的駕駛員。三年後的他長高許多， 已經不像14歲的時候壹樣老是絕望與自卑了，成長成了連美裏也認為是很棒的男人，甚至在班上擔任班長。仿佛要模仿加持壹般的留長發並束馬尾，雖然個性並沒有跟著越來越像加持，但給人的氣質上卻能感受出那種可靠的感覺。興趣是種西瓜，看來受加持荼毒很深...
綾波零（第三人/No.トロワ）
第壹適格者
就讀第三新東京市立第壹高等學校的17歲少女，同時也是零號機的駕駛員。雖然是第三人，但經過三年洗禮後，個性也變的比較像個人了。三年後與三年前最大的差別就－－她有在看小說。她能夠與其他三位綾波克隆體做零時差的精神連結與知覺同調。不過身為本體的她，在讓其他的綾波零活動時，身體會有很大的負擔。為此零比以前還要更常帶著EVA用的神經連接專用耳機（頭上很像貓耳的那個）。身邊更是會帶著名為「ニャンキチ」的傳感機器人，用於將零腦內突觸神經的情報連接傳送至NERV本部。因為量產成四只的關系，他的戲分都被其他三只搶很大。（不過四只都是綾波零，從這個角度來看，綾波零或許是戲份最多的也說不定。）做為區別，有時會被稱呼為 No.トロワ (trois），也就是法語的3。
惣流/式波·明日香·蘭格雷
第二適格者
NERV日本本部防衛戰那次覺醒之後，近乎失去的EVA駕駛資格也拿回來了。
原本囂張的個性也圓潤許多。與綾波零也不再如此針眼相對。
雖說綾波（第三人）發育良好，但是依然贏不過明日香啊XD
明日香甚至還對美裏說別再用我胸部成長的老梗（neta）了啦！
同時對於防衛戰戰中前來拯救他的真嗣非常感謝，甚至在真嗣身上看到加持的身影。
鈴原冬二
第四適格者
就讀第三新東京市立第壹高等學校的17歲少年。雖然因為使徒引起的三號機暴走事故而負傷，但靠著生體組織與人造義肢而復歸。因為與不好相觸&；不易親近人的各個EVA駕駛員都溝通得很不錯，所以被委任 NERV JAN付司令代理，盡管那關西幽默偶爾會大大冷場。也因為是第四適格者的關系，平時也替EVA器材做實驗協力。
神秘的第五適任者現身，真是跌破眼鏡
雖然沒有明確指出是誰，但是這個形象八成是班長洞木光
未來大概可以和老公（官配）使出妳儂我儂合體攻擊。
葛城美裏
NERV JAN總司令。32歲
戰略自衛隊的階級是準將。
原總司令碇源堂在本部攻防戰中被封在地底都市被認定KIA（死亡）而在三年間擔任了司令代理，後來正式晉升為總司令。將NERV從「神秘主義的科學宗教組織」改組成NERV JAN這種「與其他組織比較有往來（=比較不會被欺負）、在大眾印象中比較好的正式組織」也是她的提議。現在可說是「NERV JAN」目前最核心的人物。
伊吹摩耶
NERV JAN的技術開發部技術局壹課負責人。
戰略自衛隊的階級是三佐。
統括了在攻防戰中被封在地底都市認定KIA（死亡）的前輩赤木律子負責的所有任務與技術。EVA開發也是他在負責。與三年前不同的是她帶了眼鏡，那是前輩赤木律子的遺物。表面上繼承律子的技術部目前最核心的人，然而私底下那脆弱的心依舊.........
加持良治
NERV JAN的防諜部所屬。
三年前事前察知SEELE要侵略NERV的事，並以人類補完計畫內容勸誘日本政丨防和諧丨府阻止戰略自衛隊侵入的功勞者。為了搜索潛到暗地的 SEELE殘黨，而與相田劍介在世界各國旅行著。
冬月幸增
舊NERV日本本部副司令。
在舊NERV解體時，因為隱瞞「人類補玩計劃」等情報而處以國家叛逆罪而入獄。壹年後因為生病療養而出獄、回到京都隱居。葛城美理司令是NERV JPN的核心人物，但冬月則是NERV大多數人的精神支柱。