暗號地圖藏寶事件（少年偵探團成立）005 新幹線大爆破事件（知道黑衣人代號）動畫、漫畫劇情不同013 奇怪的尋人事件（宮野明美第壹次出場）動畫漫畫劇情不同043 江戶川柯南誘拐事件（工藤夫婦知道新壹變小）049 外交官殺人事件（後篇）（服部平次登場，工藤新壹第壹次恢復）054 電玩公司殺人事件 （龍舌蘭出現，被炸死）058 福爾摩斯迷殺人事件（後篇）（平次知道柯南的身份，二人成摯友）118 浪花連續殺人事件（沼淵己壹郎第壹次出場，被警方逮捕）128 黑暗組織10億搶劫事件 （宮野明美死亡，黑衣組織浮出水面）129 來自黑暗組織的女子 大學教授殺人事件 （灰原哀出場，組織代號“雪莉”，說出藥名是APTX4869）130 競技場無差別恐嚇事件（前篇）（灰原說：“工藤，我想妳從來沒想過吧，半世紀前妳已經在我們組織進行的秘密計劃中，已經有很大關聯了。”）162 飛天密室 工藤新壹最初的事件 （小蘭回憶工藤新壹最初的事件）170 黑暗之中的死角（前篇）（重要人物新出智明醫生登場）176 與黑暗組織的再會（灰原篇）（匹斯可出場，任務為暗殺吞口重彥。貝爾摩德出場）177 與黑暗組織的再會（柯南篇）（宮野誌保第壹次恢復，匹斯可知其身份）178 與黑暗組織的再會（解決篇）（匹斯可被琴酒滅口，灰原哀逃脫。揭示貝爾摩德組織成員身份）188 危命的復活 洞窟內的偵探團189 危命的復活 負傷的名偵探190 危命的復活 第三種選擇 （工藤新壹第二次恢復）191 危命的復活 黑衣騎士192 危命的復活 新壹回來了193 危命的復活 約定的場所222 人魚失蹤記（事件篇） （提到了宮野誌保，暗示灰原的研究與長生不老有關）226 格鬥遊戲的陷阱（前篇）（茱蒂出場）227 格鬥遊戲的陷阱（後篇）（茱蒂稱呼柯南為Cool guy小酷男）230 謎壹樣的乘客（前篇）（赤井秀壹出場。灰原感覺到汽車上有強烈的組織成員氣息）242 元太的災難（提到琴酒是左撇子）254 本廳刑事戀愛物語4（後篇）（新出醫生可能發現了柯南分析案情並利用變聲器）258 來自芝加哥的男子（前篇）（詹姆斯·布萊克出場）259 來自芝加哥的男子（後篇）（詹姆斯稱呼柯南為福爾摩斯、Cool guy）269 犯罪的遺物（前篇）（毛利小五郎的卷宗被盜，目標直指柯南）270 犯罪的遺物（後篇）272 急忙掩飾的忽略（後篇）（柯南被懷疑，形勢危急）274 幽靈屋的真相（前篇）（新出醫生住所，柯南也認為新出聽到了柯南分析案情）277 英語教師VS西部名偵探（前篇）（柯南讓博士調查克麗斯·溫亞德）284 中華街雨中的似曾相識（前篇）（小蘭回憶起包含克麗斯和秀壹的紐約的事情）285 中華街雨中的似曾相識（後篇）286 工藤新壹紐約事件（事件篇） （知道克麗斯是美國已故大明星莎朗·溫亞德的女兒）287 工藤新壹紐約事件（推理篇）288 工藤新壹紐約事件（解決篇）（貝爾摩德殺死真正殺人魔後假扮成殺人魔登場，赤井秀壹對其進行追蹤。蘭知道秀壹是FBI。貝爾摩德打算殺死秀壹，卻被打傷。蘭和新壹救下受傷的殺人魔。結尾處，莎朗對有希子說：“我也有我的angel了。”為後續劇情作鋪墊）290 迷途森林中的光彥（後篇）（提到沼淵己壹郎是組打算培養的殺手，卻被其逃脫。最後沼淵再次被警方逮捕）307 無聲的證據（前篇）（得知龍舌蘭生前信息，再次抓住黑暗組織的尾巴）308 無聲的證據（後篇）（下壹集的引子）309 與黑暗組織的接觸（交涉篇）（柯南、小蘭路上偶遇赤井秀壹。小蘭告訴柯南秀壹是FBI。柯南得知組織在雇傭電腦工程師編寫壹個神秘的系統軟件）310 與黑暗組織的接觸（追蹤篇）（對板倉卓的日記進行詳細研究，獲得情報）311 與黑暗組織的接觸（決死篇）（追蹤組織，險些被琴酒發現。灰原哀對赤井秀壹有感覺）335 東京現影所的秘密（前篇）（柯南、灰原被跟蹤，山雨欲來）336 東京現影所的秘密（後篇）（追蹤者為秀壹手下，跟蹤失敗。秀壹對著灰原的照片說：“真是像啊。”）339 四輛保時捷（後篇）（茱蒂、赤井發現灰原與黑衣組織有聯系。貝爾摩德在博士家安裝竊聽器，得知了灰原的身份）340 廁所裏隱藏的秘密（前篇）（柯南等人去尋找灰原父母可能留下的信息）341 廁所裏隱藏的秘密（後篇）（灰原在廁所中找到了媽媽的錄音留言）343 便利店的陷阱（前篇）（茱蒂辭去老師職務，貌似有所行動）344 便利店的陷阱（後篇）（小蘭發現茱蒂老師公寓墻後的照片，引起對茱蒂身份的懷疑。為下壹集中小蘭從茱蒂的後車廂出現，並救下灰原，做出了鋪墊）345 直面黑色組織的對決！滿月之夜的二元神秘事件（茱蒂、赤井、詹姆斯身份為FBI，貝爾摩德真實身份是克裏斯同時也是莎朗，壹直假扮為新出醫生行動。貝爾摩德對柯南承諾：放棄雪莉。解釋了286～288《工藤新壹紐約事件》的全部線索）346 尋找屁股上的印記（前篇）（為上壹集善後，茱蒂希望哀參加證人保護計劃）347 尋找屁股上的印記（後篇）（哀拒絕參加證人保護計劃）361 帝丹高中的學校怪談（前篇）（真正的新出醫生回歸）372 沈默的航線（後篇）（柯南對345集中貝爾摩德給Boss發郵件時的按鍵音有些奇怪的感覺）375 星星和香煙的暗號（後篇）（柯南聽到山村警官給他奶奶打電話的按鍵音和貝爾摩德的按鍵音相似，推測Boss在鳥取縣）387 斯特拉迪瓦裏小提琴的不和諧音（尾奏曲） （柯南發現組織Boss的郵件地址是《七個孩子》的旋律）394 奇異屋宇大冒險（封印篇）（組織Boss的郵件地址被柯南破解。哀似乎有些了解Boss，警告柯南這個郵件地址是“潘多拉的魔盒”）425 黑色沖擊！被組織的魔掌觸碰的瞬間 （組織成員水無憐奈、基安蒂、科恩出場，暗殺任務被柯南、FBI阻止。烽煙再起）429 無法回到從前的兩人（前篇）（本堂瑛佑出場）462 黑暗組織的影子 年幼的目擊者 （本堂瑛佑行事奇妙，引起柯南註意）463 黑暗組織的影子 奇妙的照明464 黑暗組織的影子 謎樣的高額報酬465 黑暗組織的影子 珍珠的流星 （結尾提到貝爾摩德的口頭禪）484 黑色照片的去向（前篇）485 黑色照片的去向（後篇）（找到本堂瑛佑的父親的照片）491 紅與黑的碰撞 開端492 紅與黑的碰撞 血緣493 紅與黑的碰撞 絕叫494 紅與黑的碰撞 冥土495 紅與黑的碰撞 昏睡496 紅與黑的碰撞 侵入497 紅與黑的碰撞 覺醒498 紅與黑的碰撞 攪亂499 紅與黑的碰撞 偽裝500 紅與黑的碰撞 遺言501 紅與黑的碰撞 嫌疑502 紅與黑的碰撞 潔白503 紅與黑的碰撞 決死504 紅與黑的碰撞 殉職（赤井疑似死亡）508 卡拉OK包房的死角（後篇）（本堂瑛佑得知柯南是工藤新壹。當他說FBI發生了事情時，柯南壹邊笑，壹邊說：嗯，沒事。使赤井之死顯得更加神秘）509 紅白黃色與偵探團（水無憐奈給FBI傳遞信息，組織派出壹名代號為“波本”的成員專門調查雪莉。沖矢昴出場，灰原哀察覺出異樣）510 柯南VS W暗號之謎（柯南把家借給沖矢昴，並說：作為回報，要好好看家。昴成功躲過蘭的攻擊，並偽裝的像被踢到壹樣，搏擊技術應該不錯）511 推理對決！新壹VS沖矢昴（漂亮的推理同步直播，沖矢昴推理能力和柯南不相上下。昴喝波本酒）521 殺人犯 工藤新壹522 新壹的真正身份和蘭的眼淚（工藤新壹第三次恢復）542 讓魚兒消失的壹角巖（前篇）（沖矢昴代替博士來接少年偵探團，灰原對柯南說出她對沖矢的懷疑）543 讓魚兒消失的壹角巖（後篇）（沖矢昴的言語直逼灰原，灰原再次感到壓迫感。結尾處，灰原盯著工藤家說：那個人、果然是……）563 偵探團VS強盜團（騷亂）（回憶秀壹潛入組織前與茱蒂分手。與臉上有燒傷、疑似秀壹的人登場。茱蒂被卷入強盜案）564 偵探團VS強盜團（沈默）（“傷疤男”自始至終沒有說話，最後右手開槍救了柯南。少年偵探團知道茱蒂身份）578 召喚危機的紅色預兆（偵探團說道銀行搶案中看到類似秀壹的人物，柯南大吃壹驚。FBI在尋找秀壹；沖矢昴也出現在米花百貨商廈）579 黑與13的暗示（疑似秀壹的男子和沖矢昴同時出現。商廈遭炸彈劫持，局勢再次混亂，赤井之死遭疑）580 緊迫黑色的時限（基爾被懷疑身份，琴酒準備讓基安蒂狙擊疑似秀壹的人）581 紅色的搖擺目標（沖矢昴稱組織為“笨狼”，對柯南似乎很了解，言語中好像對柯南傳遞了某些信息似的。“傷疤男”對著狙擊槍輕蔑的壹笑。貝爾摩德傳達Boss指令，琴酒下令撤退，並似乎不再對基爾表示懷疑。“傷疤男”是否為真秀壹被質疑）616 福爾摩斯的默示錄（名偵探的弟子）617 福爾摩斯的默示錄（Love is 0）618 福爾摩斯的默示錄（撒旦）619 福爾摩斯的默示錄（Code break）620 福爾摩斯的默示錄（草場女王）621 福爾摩斯的默示錄（0 is Start）（工藤新壹第四次恢復，工藤新壹第壹次向小蘭正面表白）623 緊急事態252（後篇）（沖矢昴行為詭異，證明了他有極強的洞察力，身手也不凡。灰原再次對沖矢昴有組織感覺）646（偽651） 幽靈旅館的推理對決（前篇）（世良真純登場，自稱偵探，身份可疑）647（偽652）幽靈旅館的推理對決（後篇）（世良似乎對“新壹”的名字有耳聞。之後轉到小蘭班上）648（偽653）偵探事務所籠城事件（勃發）（世良來偵探事務所打聽柯南信息，柯南感覺她可能很像自己認識的某個人。偵探事務所遭炸彈劫持，事態危急）649（偽654）偵探事務所籠城事件（狙擊）650（偽655）偵探事務所籠城事件（解放）651（偽656）柯南VS平次東西偵探推理對決（FBI的茱蒂、卡邁爾等人對世良有似曾相識的感覺。詹姆斯則壹眼就認出世良是女生，顯得更加可疑） 651 柯南VS平次 東西偵探推理對決★
652 毒藥與幻影的設計（EYE）
653 毒藥與幻影的設計（S）
654 毒藥與幻影的設計（Poison）
655 毒藥與幻影的設計（Illusion）
656 博士的視頻網站（前篇）
657 博士的視頻網站（後篇）
658 巧克力的炙熱陷阱◆
659 與初戀的***同搜查（前篇）
660 與初戀的***同搜查（後篇）
661 小五郎是好人（前篇）
662 小五郎是好人（後篇）
663 追逐深山鍬形蟲◆
664 名犬Cool的功勞Ⅱ◆
665 疑惑的姓名首字母K◆
666 雨夜的恐嚇犯◆
667 婚禮前夕（前篇）
668 婚禮前夕（後篇）
669 黑暗塔的秘寶（前篇）◆
670 黑暗塔的秘寶（後篇）◆
671 偵探們的夜想曲（事件）
672 偵探們的夜想曲（誘拐）
673 偵探們的夜想曲（推理）
674 偵探們的夜想曲（波本）◆(黑衣組織)
675 壹丁點都不原諒（前篇）
676 壹丁點都不原諒（後篇）
677 沒有腳印的沙灘◆
678 長崎謎之劇場（幕末篇）◆
679 長崎謎之劇場（現代篇）◆
680 仙人掌狂想曲◆
693681命懸壹線的戀愛轉播（轉播開始）
694682命懸壹線的戀愛轉播（危在旦夕）
695683命懸壹線的戀愛轉播（現場突擊）
696684泡沫、熱氣和煙（前篇）2013年1月26日播出
697685泡沫、熱氣和煙（後篇）2013年2月2日播出
698686裝載了定時炸彈的汽車 ◆2013年2月9日播出
696687誰都解不開冰凍的圈套 ◆2013年2月16日播出
697688高木警官撿到3000萬 ◆2013年2月23日播出
698689來自委托人的留言 ◆2013年3月2日播出
699690工藤優作未解決的事件（前篇2013年3月9日播出
700691工藤優作未解決的事件（後篇2013年3月16日播出
701692隅田川的夜櫻風景線（上集） 2013年3月23日 692 動畫原創
702693隅田川的夜櫻風景線（下集） 2013年3月30日 693 動畫原創
703694消失老店的日式點心 2013年4月20日 694 劇場版連動
704695葡萄園裏的玫瑰花 2013年4月27日 695 動畫原創
705696花壇破壞者的陰謀 2013年5月4日 696 動畫原創
706697女子學園的窗口 2013年5月11日 697 動畫原創
707698相信嗎！UFO 墮落事件 2013年5月18日 698 動畫原創
***340隱藏在廁所中的秘密（前篇）2013年5月25日 340 重播
***341隱藏在廁所中的秘密（後篇） 2013年6月1日 341 重播
708699逼近灰原秘密的黑影（上集） 2013年6月8日 Vol.77
709700逼近灰原秘密的黑影（下集) 2013年6月15日 Vol.77
重播307沒有留下聲音的證據（上集)2013年6月22日 307 重播
重播308沒有留下聲音的證據（下集）2013年6月29日 308 重播
偽712701漆黑的特快列車（發車） ◆◆ 2013年7月13日 Vol.78
偽713702漆黑的特快列車（隧道） ◆◆ 2013年7月20日 Vol.78
偽714703漆黑的特快列車（交叉） ◆◆ 2013年7月27日 Vol.78
偽715704漆黑的特快列車（終點） ◆◆ 2013年8月3日 Vol.78
偽716705密室中的柯南（上集) ◆◆ 2013年8月10日 Vol.78
偽717706在波本面前解謎 ◆◆ 2013年8月17日 Vol.78
重播某壹集 2013年8月24日重播
707被陷害的名偵探 ◆◆ 2013年8月31日 動畫原創
708緩慢墜落的男子 ◆◆ 2013年9月7日 動畫原創
709未確認沖擊事件 ◆◆ 2013年9月14日動畫原創
710每個人都看見了（前篇）
711每個人都看見了（後篇）
712服部平次與吸血鬼公館（壹）
713服部平次與吸血鬼公館（二）
714服部平次與吸血鬼公館（三）
715服部平次與吸血鬼公館（四）
716能面宅邸的鬼在跳舞（前篇）
717能面宅邸的鬼在跳舞（後篇）
註意：以下黃字部分並非全為主線，只是最近更新的，想看的同學直接按照目錄在網上搜索即可
718惡魔的循環 ◆◆
719白金門票騷動記
7202013年柯南旅遊篇：火與水的神秘之旅（阿蘇篇）
7212013年柯南旅遊篇：火與水的神秘之旅（熊本篇）
722又甜又冷的宅急便（前篇）
723又甜又冷的宅急便（後篇）
重播46雪山山莊殺人事件 2013年12月28日
724怪盜基德與赤面人魚（前篇） 2014年1月4日 Vol.78-79
725怪盜基德與赤面人魚（後篇） 2014年1月11日 Vol.78-79
726招來不幸的幸運郵件 2014年1月18日 動畫原創
727堆滿水果的寶箱（前篇） 2014年1月25日 Vol.80
728堆滿水果的寶箱（後篇） 2014年2月1日 Vol.80
729鉆石與繪畫與大女演員 2014年2月8日 動畫原創
730太過完美的圖形 2014年2月22日 動畫原創
731現場的鄰居是前男友（前篇） 2014年3月1日 Vol.80
732現場的鄰居是前男友（後篇） 2014年3月8日 Vol.80
733 宴會與兩聲槍響 2014年3月22日 動畫原創
734茱蒂的追憶與賞花的陷阱 ◆◆ 2014年3月29日 Vol.80~81
（1小時特別版）
735附帶暗號的邀請函 2014年4月19日 動畫原創
劇場版異次元的狙擊手 2014年4月19日
736毛利小五郎的秘密 2014年4月26日 動畫原創
737疑惑的散步道 2014年5月3日 動畫原創
738小五郎在酒吧裏（前篇） ◆◆ 2014年5月10日 Vol.81
739小五郎在酒吧裏（後篇） ◆◆ 2014年5月17日 Vol.81
740倒在浴室裏的小蘭（前篇）◆◆ 2014年5月31日 Vol.81
741倒在浴室裏的小蘭（後篇） 2014年6月7日 Vol.81
742與J聯盟的約定 2014年6月14日 動畫原創
743偶然地兩次重疊 2014年6月21日 動畫原創
744嫌疑犯是京極真（前篇） 2014年6月28日 Vol.81
745嫌疑犯是京極真（後篇） ◆◆ 2014年7月5日 Vol.81
746怪盜基德vs京極真（前篇） 2014年7月19日 Vol.82
747怪盜基德vs京極真（後篇） 2014年7月26日 Vol.82
748警視廳戀愛物語（告白） 2014年8月2日 Vol.82
749總局刑警戀愛物語（真相） 2014年8月9日 Vol.82
750被海背叛的男子 2014年9月6日 動畫原創
751招財三毛貓事件（前篇） 2014年9月20日 Vol.82
752招財三毛貓事件（後篇） 2014年9月27日 Vol.82
753合租公寓的死角 2014年10月4日 動畫原創
754赤女的慘劇（霧氣） 2014年10月11日 Vol.82~83
755赤女的慘劇（惡靈） 2014年10月18日 Vol.82~83
756赤女的慘劇（復仇） 2014年10月25日 Vol.82~83
757動畫原創 自首的搞笑藝人（前篇）2014年11月1日 動畫原創
758動畫原創 自首的搞笑藝人（後篇）2014年11月8日 動畫原創
759戀愛小說的意外結果（前篇） 2014年11月22日 Vol.83
760戀愛小說的意外結果（後篇） 2014年11月29日 Vol.83
761加賀百萬石神秘之旅（金澤篇） 2014年12月6日 動畫原創
762 加賀百萬石神秘之旅（加賀溫泉篇） 2014年12月13日
重播45敷面膜殺人事件 2014年12月20日
特別篇江戶川柯南失蹤事件-史上最慘的兩天-2014年12月26日《盜鑰匙的方法》的劇情延續（2小時特別版）
2015年（763－）
特別篇新年快樂毛利小五郎[15] 2015年1月3日 Vol.57
763柯南與平次 戀愛的暗號（前篇）2015年1月10日 Vol.83
764柯南與平次 戀愛的暗號（後篇）2015年1月17日 Vol.83
765堤無津川風箏事件（前篇） 2015年1月24日 Vol.84
766堤無津川風箏事件（後篇） 2015年1月31日 Vol.84
767消失在風雪中的戀人 2015年2月7日 動畫原創
768灰原哀監禁事件 2015年2月21日 動畫原創
769麻煩的急救患者 2015年2月28日 動畫原創
770氣氛僵硬的茶會（前篇）2015年3月7日 Vol.84◆
772工藤新壹水族館事件（前篇）
773工藤新壹水族館事件（後篇）
774消失的蒙克吶喊
775被操縱的名偵探（前篇）
776被操縱的名偵探（後篇）
777少年偵探團VS老年偵探團
778消失在海市蜃樓的天使
779緋色的序章
780緋色的追尋
781緋色的交叉
782緋色的回歸
783緋色的真相
784歡迎來到織女俱樂部
785太閣戀愛名人戰（前篇）
786太閣戀愛名人戰（後篇）
787沈入盛夏遊泳池的謎團（前篇）
788沈入盛夏遊泳池的謎團（後篇）
789女王陛下的天氣預報
790米花寶出血大減價
791高木刑警 戴著手銬逃走
792三人是第壹發現者（前篇）
793三人是第壹發現者（後篇）
794保鏢毛利小五郎
795年輕夫人消失的秘密
796鴛鴦夫妻的策略
797夢想少女的糊塗推理
798移動的目標
799偵探團的密室推理合戰
800追逐壹億日圓
801鳥取神秘之旅（前篇）
802鳥取神秘之旅（後篇）
1小時特別版柯南與海老藏歌舞伎十八番疑案（前篇）2016年1月9日 動畫原創
1小時特別版柯南與海老藏歌舞伎十八番疑案（後篇）2016年1月16日 動畫原創