不同點：1、首先卡牌的玩法就大不相同，也即兩種紙牌遊戲的規則不同：
1）三國殺的卡片上，所有武將並沒有明確標出戰鬥力；而遊戲王的所有怪物都有明確的戰鬥能力數值標出，用於戰鬥傷害計算；
2）三國殺分為摸牌階段（2張）->判定階段->出牌階段->丟牌階段；遊戲王則是DP抽牌回合->SP準備回合->MP1主要回合1->BP戰鬥回合->MP2主要回合2->EP結束回合；
2、出牌順序不同，人數不同：三國殺是逆序回合制，而且壹般是多人的，不下3-4人，否則玩兩人的沒意思；而遊戲王是輪流回合制，順序壹定是在敵-我-敵。。。間變化，2人對戰，壹般用猜拳決定出牌的先後；
3、卡牌的勝負規則也不同：三國殺主要是消滅反賊（反賊、與奸細則相反）；遊戲王則是看LP（決鬥生命點數/值）或卡牌數歸零也算輸；
4、卡片上的人物也不同：三國殺是三國時期的名將等風雲人物；遊戲王則是歷來的所有妖魔鬼怪的合集，範圍更廣；