加入WTO後，由於農產品市場開放的不平等性、新措施和法規的操作經驗不足，以及市場失控和國內支持空間有限的潛在危險，長期受到保護的中國農產品將面臨過渡期短、市場開放大、控制手段停滯的僵局。贏得國際市場將是代價高昂的。同時，其運行中還存在諸多弊端和矛盾，成為制約其深度拓展的“瓶頸”。
發展生態農業是以生態安全體系建設為基礎，以“公司加農戶”的產業化運作模式和信息技術的有機融合，融合並大力推進生態農業的科技產業化模式。
生態安全體系的構建——生態農業發展的保障機制
受人口爆炸壓力和相對惡劣的生態環境影響，生態農業分布廣泛。同時，土地人口承載力低、農業資源利用效率和效益低的現狀表明，現階段生態農業發展仍處於生產性低耗水和結構性高耗水的無節制發展階段。此外，農業科技產業模式的構建是以良性的生態環境為基礎的。加快生態安全體系建設，構建生態農業發展的安全機制。
所謂生態安全，是指壹個地區賴以生存和發展的環境不受生態失衡的破壞或威脅，從根本上關系到某壹地區的安全和長遠利益。生態安全體系建設是指從宏觀生態視角出發，以生態安全為終極目標，以抑制生態失衡為現實目的，構建具有層級結構的綜合生態網絡體系。
因為大多數生態環境建設項目短期內沒有直接的利潤產出，市場無法有效調節。同時，環境凈化和生態建設的對象多為公共資源，這種資源的浪費具有非競爭性和非排他性。因此，國家必須通過法律手段有效抑制諸多環境問題，為生態農業的發展提供有利的社會外部氛圍和內部軟環境整合。
其次，優化投資結構，構建其制度基礎，註重生態效益和社會效益的有序融合。生態農業的發展要求我們承認並尊重這壹特定水平區域的環境容忍度，其核心是承認區域在應對環境波動時的靈活性。
要構建有效的制度基礎，明確資源循環利用的企業制度。其設計的基本原則是“外部經濟內部化”，即將某壹地區的廢棄物集中到企業進行集中凈化和回收利用。它不僅能有效控制環境汙染，為發展生態農業提供額外的資源，還能為企業帶來更高的利潤，優化社會投資結構，從而有助於實現生態效益和社會效益的雙贏。
再次，完善管理制度，構建其產權基礎，爭取生態效益和經濟效益的雙重統壹。由於我國長期以來按照行政區劃發展農業經濟，配置水資源等農業資源，其做法客觀上割裂了生態經濟系統的內在聯系和有機整體性，導致搶占資源、破壞環境的事件頻發，整個生態系統陷入惡性循環。在借鑒發達國家經驗的基礎上，按照其規律有效配置資源，組織生態環境建設，盡快建立符合區域實際的補償機制，成立水資源配置和環境利用、保護、管理的權威機構，制定科學的區域生態交易核算方法。
農業經營企業壹體化——生態農業發展的動力機制
農業科技產業的建立是農業產業管理的基礎。它作為壹種新的、活躍的生產力要素，是用新的科學思想和現代高科技武裝起來的、能適應當今時代發展的新型科技產業。它不是直接從事農業生產，而是為農業生產提供先進科技產品和優質服務的產業。它是現代農業的“裝備部”，是先進技術轉化和傳播的“主力軍”。具體來說，高技術的有機融合迫使產業組織實現均衡的市場結構，即競爭活力和規模經濟可以並存的市場競爭狀態，這是農業產業化經營有效競爭的動力，進而從根本上盤活整個農產品市場。
統壹規劃部署，適度規模經營，努力實現農業科技現代化。
現代農業的根本標準是農業勞動生產率的大幅度提高。壹般來說，只有基於資本的技術進步才能引發農業勞動生產率的革命進程。但是，由於勞動力投入的邊際遞減規律，我國超小農業經營規模的現狀會導致其效率的下降；同時，現代農業的明顯表征是外部規模經濟的良性狀態，即農業前後的外部優化環境會大大降低農產品的單位成本。
高新技術的有序整合將有利於農副產品的加工、轉化和增值，有利於農業產業鏈的適度延伸、深化和優化。因此，實施農業產業化經營，必然要求構建農業科技自主創新機制，完善農業科技成果擴散推廣機制，強化生產經營者對現代農業科技的自覺吸收機制。同時，要有序推進土地制度改革，建立“三權分立”的土地流轉機制，即明晰所有權、穩定承包權、搞活經營權。推進農村土地適度整理制度。有條件的，加快土地流轉，適度整理土地，實現規模經營。
建立風險信用投資，合理孵化中介機構，營造農業投融資軟環境。
在實施適度規模經營戰略的同時，應完善配套政策，建立合理的稅費制度和社會化服務體系，特別是拓展風險信貸的投資渠道，合理孵化中介機構，增加農產品加工企業獲得支付和信貸的機會。許多中介機構的金融援助計劃應該填補正常情況下無法獲得私人貸款的“農民企業”的信貸缺口。例如，設立“農民企業投資公司計劃”，協助私人風險投資公司，為難以獲得傳統風險投資的企業提供有限的債務和股票融資；擔保發展公司計劃”向中小企業提供長期固定利息貸款，使其能夠購買有形資產以擴大生產和實現現代化，“小額貸款計劃”向準備創業和需要特殊技術援助的企業家提供非常小額的貸款；“出口促進計劃”為無法獲得傳統出口融資的企業提供融資。整合公司和農戶，發展“訂單農業”，努力實現農產品營銷商品化。
目前，制約生態農業發展的瓶頸仍然是“信息失靈、銷售不暢”。農業現代化是壹個資本積累的過程，需要突破傳統農業的局限性，發展以“公司加農戶”為主要產業化經營形式的“訂單農業”。農產品營銷企業是改變農業弱勢地位，提高整體效益，加快農業現代化進程的有效途徑。“公司加農戶”模式的特點是訂單生產，其突出特點是農業生產與國內外市場緊密聯系。農產品從生產加工到包裝銷售壹體化。此外，農戶與公司建立股份制，公司為農戶提供農業基礎設施建設資金，並負責農產品收購。然後，投資分成每年付給農民的貸款或者逐年收回。這種模式的運作要求農戶強化有效保護自身合法利益的法律意識，從而在與公司簽訂合同時獲得更合理的利益分配，從而形成公司與農戶之間的良好互動機制。
信息技術的有機競合——生態農業發展的緩沖機制
生態農業全新的時代內涵必須是積極接受以高科技為主導的知識經濟，並與之有機競爭，以提高市場競爭力和生存能力。同時，國家應盡快制定信息資源開發利用的標準，積極創建高效的農業發展緩沖機制。
生態農業信息化包括農業信息資源的開發利用、農業信息化技術的推廣、農業生產和管理系統的信息化以及農業信息化服務體系的建立。信息技術是最重要的。所謂信息控制技術，是指通過高科技的競爭，將作物生長環境所需的溫度、濕度、需水量等數據不斷輸入計算機，控制作物適時需水量的全自動智能操作系統。它從根本上改變了傳統農業中嚴重浪費的水資源漫灌技術，有效提高了水資源利用率，緩解了作物需水量不足等關鍵阻滯因素。
目前，我國農業信息資源的開發利用缺乏相應的標準。由於農業知識的內容、結構體系的規定性和信息服務的針對性具有特殊的價值衡量，其規範和標準在很大程度上決定了知識信息資源的開發成本和使用價值。雖然標準化的知識描述語言和智能標準化的搜索引擎可以在壹定程度上建立各種知識信息庫之間的信息交換模式和用戶的信息共享模式，但由於信息資源的海量增長和多種形式，想要及時、全面、方便、準確地獲取和處理相關農業知識信息的農民很難滿足不斷變化的個性化需求。因此，需要加快建立農業綜合信息網絡系統，根據眾多農民的需求，對大量不斷變化的相關信息進行分析、整理和加工，為他們的需求提供個性化的知識信息服務。具體來說，在遵循信息資源開發利用國家相關標準的前提下，可以在某壹區域經濟專屬區內組建科研團隊，快速篩選網上農業信息，包括不同區域各種農產品的價格差異、商家或其他形式購買的農產品種類和數量、前沿農業新品種的研發等。，在短時間內以最快的市場信息為農民服務，從根本上防止農產品滯銷，達到農民增產增收的目的。
生態農業必須進行戰略性重組。面對“綠色壁壘”和國外農產品價格的競爭優勢，我們迫切需要盡快給予農業信息化前瞻性的支持。