1. 筆頭：記號筆的筆頭壹般是扁的，分為纖維型筆頭和發泡型筆頭；而彩筆的筆頭壹般是圓的。
2. 墨水：記號筆的墨水有水性、油性、酒精性和粉彩性四種，顏色比較單壹；彩筆的墨水只有水性壹種，顏色較為豐富。
3. 上色：記號筆可以通過加粗、加深、加邊等效果來上色，顏色壹般不太均勻，需要配合彩色鉛筆使用；彩筆上色則比較簡單，壹般是在塗色後使用，顏色鮮艷且均勻。
4. 用途：記號筆可以書寫、標記，也可以用來繪畫、塗鴉；彩筆壹般用來繪畫、塗色。
總之，記號筆和彩筆在筆頭、墨水、上色和用途方面存在差異。用戶可以根據自己的需求選擇合適的筆進行使用。