1、概念不同：執行終結，是指在執行過程中，由於發生某種特殊情況，執行程序沒有必要或不可能繼續進行，從而結束執行程序；
2、兩者適用的情形不同，根據相關法規適用終結執行有13種情形，終本適用只有壹種情形：被執行人確實無財產可供執行；
3、兩者確立的法條依據不同，在使用時，”終本“二字有固定的涵義，特指是終結本次執行程序的簡稱，而”終結執行“四字也有特定的涵義，兩者使用時不要相混淆；
4、兩者制度設計的目的不同，終結執行是因為正在進行的執行程序出現了不可能或沒有必要繼續進行的法定事由，法律規定法院可依職權裁定結案，而終本是為了探索執行實踐中大量確實無財產可供執行案件的推出機制而創設出來的壹種制度；
5、兩者適用的寬嚴程度不同；
6、結案後是否繼續查控財產不同，以終結執行的方式結案的，雖然申請人的權益沒有實現或沒有完全實現，但由於執行程序沒有必要或不可能繼續推進，恢復執行的可能性微乎其微，所以執行法院不會對終結執行案件的被執行人繼續采取財產查控措施。以終本方式結案的，執行法院將對其單獨管理，仍然在壹段時間內繼續查控被執行人的財產，並實現對恢復執行案件的動態管理。
法律依據：《中華人民***和國民事訴訟法》第二百六十四條
有下列情形之壹的，人民法院裁定終結執行：
（壹）申請人撤銷申請的；
（二）據以執行的法律文書被撤銷的；
（三）作為被執行人的公民死亡，無遺產可供執行，又無義務承擔人的；
（四）追索贍養費、扶養費、撫養費案件的權利人死亡的；
（五）作為被執行人的公民因生活困難無力償還借款，無收入來源，又喪失勞動能力的；
（六）人民法院認為應當終結執行的其他情形。