劇情承接壹代展開，直升飛機被Alma弄壞，墜落了，主角醒來後孤身壹人。在壹番波折後主角和隊友碰了面，並且發現復制士兵全部停止了行動，因為指揮官Paxton Fettel已經被殺。然而當主角走進壹間大教堂的時候已經死去的Paxton Fettel又出現了，並且重新喚醒了復制部隊。主角獲悉援軍在Urban市的醫院建立了壹個撤離點，於是便壹路沖殺趕往醫院。在此期間主角發現了新邪惡勢力的存在——壹些或許是因為Alma的邪惡精神而產生的怪物，而Alma也以成年女人和小女孩的不同形態出現，但成年Alma總是和主角作對，而小Alma甚至救過主角的命。FEAR行動隊隊長Holiday也在和怪物的搏鬥中喪命，韓國女隊友Jin也命喪怪物之手。最後在醫院中，主角在幻覺之中看見大小Alma和為壹體（對於這壹劇情不同人有不同的理解，壹些人認為這是Alma喪失最後良知的暗示，而我認為其實這是Alma心中善良和邪惡的鬥爭中善良最終戰勝，根據是幻覺結束之後所有的鮮血和壓抑氣氛都消失了。本來就不可能有那麽多血——漫漫三缸還塗得到處都是，說明這應該是Alma的精神怨念所引發的假象而已。而小Alma壹直對主角說什麽“快壹點”，說明她也在找邪惡的大Alma以消除邪惡。）。而當主角最終來到醫院天臺，救援直升機近在咫尺之際，不知名的力量（貌似是Paxton Fettel搞的鬼）再次搗亂，直升機直接爆掉，於是主角又沒有著落了。
珀爾修斯的指令：
這代基本沒什麽劇情，因為主角都被換了，Alma的戲份也都被砍光了，基本上就是主角的小隊同樣去事發地Urban去鎮暴，結果也是壹樣，搭了個隊友進去，最後主角把PaxtonFettel的基因從傭兵隊的首領那裏搶來了，然後搭乘直升機撤離了。珀爾修斯的指令的劇情讓人感覺很溫馨，具體表現在那個死了的姓Chen的中國隊友和主角的友誼。
FEAR2：起源計劃
2代故事發生在壹代原版結局30分鐘之前（官方已經聲明1代資料片不是正統劇情，所以不要把資料片的劇情和1、2代結合分析），另壹支FEAR部隊前往某高級住宅區保護性拘留1代中那個叫阿瑪虔的公司的女總裁阿裏斯蒂德（她是1代開場那段電話對話中的那個女的），因為據FEAR部隊得到的情報阿瑪虔董事會很可能派出力量來殺人滅口。2帶主角名叫Becket（貝克特，起碼比壹代的主角好，連個名字都沒有，稱呼還得用Kid，PointMan之類的說法），意外的是貝克特被Alma的幻覺幹擾。在同阿裏斯蒂德匯合之後通過監控畫面看到壹代最後哈蘭被Alma化成血水的鏡頭，這時主角又陷入幻覺，阿裏斯蒂德消失了。追到1樓發現Alma忽然變成了大人——這個鏡頭的合理解釋應該是Alma重新找到了肉體，不用再以自小女孩時代就被關在那個精神力抑制器的小女孩形象出現了。這時1代中的鏈式核爆反應發生，主角被震暈。阿裏斯蒂德的手下對貝克特進行了精神力改造手術（阿裏斯蒂德手裏事先捏有主角兒所在FEAR部隊的詳細資料，甚至包括精神力方面的，如果要分析這個就太麻煩了，先不談這個），如此壹來主角也擁有了很強的精神力。主角醒來後發現身在醫院，就這麽開始殺出壹條血路，壹路殺到天黑。此間有壹個叫SnakeFist的家夥冒了出來告訴主角許多有關Alma的事情以及阿瑪虔公司所執行的各項計劃，並告訴主角如何消滅Alma，許多隊友也慘死在各種不知名的情況下，包括揚科夫斯基、隊長格裏芬等。主角和隊友為了找到SnakeFist來到了某小學，並壹路殺到小學地下的阿瑪虔實驗基地，最終見到了SnakeFist本人，可剛照面他就被隱形的復制士兵給做掉了，好在他把至關重要的資料傳輸給主角們了。按照SnakeFist的指示，主角們動身前往寂靜島核電站去尋找精神力放大器來摧毀Alma，結果半道又出了岔子，那個叫基岡的精神力僅次於貝克特的隊友被Alma給勾引走了於是乎主角又去找，最後也沒找到，倒是用自己的腳走到了寂靜島核電站。最後當主角坐上精神力放大器時，阿裏斯蒂德冒了出來，原來她想利用主角引出Alma並將Alma再度囚禁，以此為價碼和董事會進行談判，並壹槍崩了女隊友斯托克絲。這時Alma突然出現，阿裏斯蒂德急忙啟動精神力放大器將主角和Alma關在機器中。隨後主角陷入幻覺，在幻覺中主角上前調查精神力放大器，突然那個隊友基岡出現了，可明顯他已經鬼迷心竅了。最後將他鬥敗，主角啟動了機器。
（以下內容18禁）
最後Alma向主角走來，Alma腹部明顯隆起，在加上之前的片段鏡頭，知道Alma利用在幻覺中和基岡拼命的當把主角OOXX了……2代到此結束。
因為是概述，所以很多有待發掘和分析的細節都沒有說，大致上就是這樣了。