故事講述了西歷2036年，東京因核電廠爆炸事故中的核輻射汙染而全面封鎖，有三名女高中生被送進了這個“死都”之中。這些少女的代號為“COPPELION”，她們在基因改造技術下擁有天生的核輻射抗體，是隸屬於陸上自衛隊第三師團的特殊部隊。於是，這三名身穿水手服深入東京的少女將要與變異生物戰鬥，解決暴動，遇到各式各樣的危機，並在各種危難中艱難的存活。