經雲南省高級人民法院再審，認定孫小果犯強奸罪，強制猥褻、侮辱婦女罪，故意傷害罪，尋釁滋事罪，組織、領導、參加黑社會性質組織罪，數罪並罰，判處死刑。
關於強奸罪，1997年4月至6月他當眾以暴力和脅迫手段強奸四名未成年少女。被告人孫小果為與被害人宋某、張某某、菠某某發生關系，采取暴力等手段，違背被害人意願強行發生關系，構成強奸罪。孫小果欲與被害人張某（發生關系時為幼女）發生關系，由於意誌以外的原因未得逞，構成強奸罪未遂。
關於強制猥褻、侮辱婦女罪與故意傷害罪，1997年11月7日，孫小果糾集多人在公***場所挾持兩名17歲少女，進行暴力傷害和淩辱摧殘，致使壹名被害人重傷。
關於尋釁滋事，1997年7月，被告人孫小果的同夥在與被害人鄺某某、王某等人發生糾紛，孫小果及同案被告人等人駕車追趕並毆打被害人，致二人輕傷偏重。1997年10月，被告人孫小果及同案被告人因被害人楊某3不聽從孫小果招呼，孫小果等人即對被害人實施砸打。孫小果夥同他人在公***場所追逐、攔截、毆打他人，情節惡劣，嚴重破壞社會秩序，其行為構成尋釁滋事罪。
1994年，孫小果因強奸罪被昆明市盤龍區人民法院判處有期徒刑三年，上訴後被二審法院駁回上訴。在案件辦理期間，被告人孫小果父母通過偽造病歷的方式幫助孫小果取保候審、保外就醫。1998年2月，孫小果因強奸罪、強制侮辱婦女罪、故意傷害罪等多項罪名被昆明市中級人民法院壹審判處死刑，立即執行。又在其母親孫鶴予和繼父李橋忠所編織的關系網的幫助下，孫小果在1999年二審被雲南省高級人民法院改判為死緩，2007年案件再審改判為有期徒刑20年，服刑期間通過多次違規減刑實際服刑12年零5個月被釋放出獄。
2010年起，孫小果以“李林宸”之名在獄外活動，又網羅刑滿釋放和社會閑散人員，有組織地實施犯罪活動，稱霸壹方，殘害百姓，犯下組織、領導黑社會性質組織、開設賭場、行賄等七種罪行。
雲南省高級人民法院再審認為，孫小果犯罪手段極其殘忍，犯罪情節極其惡劣，社會危害程度極其嚴重，主觀惡性極深，人身危險性極大，屬於罪大惡極且不堪改造的犯罪分子，依法應當予以嚴懲。依照1979年《中華人民***和國刑法》第壹百三十九條第二款、第三款，第二十條第壹款，第四十三條，第五十三條第壹款及1997年修訂的《中華人民***和國刑法》第十二條，第二百三十四條第二款，第二百三十七條第二款，第二百九十三條第（壹）、（二）項，第二十五條第壹款，第二十六條第壹款、第四款，第六十九條，第七十壹條及《中華人民***和國刑事訴訟法》第二百五十六條第壹款和《最高人民法院關於適用的解釋》第三百八十九條第壹款第（二）、（三）項之規定認定孫小果犯強奸罪，判處死刑，剝奪政治權利終身；犯強制侮辱婦女罪，判處有期徒刑十五年；犯故意傷害罪，判處有期徒刑七年；犯尋釁滋事罪，判處有期徒刑三年，與原犯強奸罪未執行刑期二年四個月又十二天，數罪並罰，決定執行死刑，剝奪政治權利終身。
2020年2月20日，雲南省昆明市中級人民法院對罪犯孫小果執行死刑。
法律依據：《中華人民***和國刑事訴訟法》第二百五十六條 人民法院按照審判監督程序重新審判的案件，由原審人民法院審理的，應當另行組成合議庭進行。如果原來是第壹審案件，應當依照第壹審程序進行審判，所作的判決、裁定，可以上訴、抗訴；如果原來是第二審案件，或者是上級人民法院提審的案件，應當依照第二審程序進行審判，所作的判決、裁定，是終審的判決、裁定。
人民法院開庭審理的再審案件，同級人民檢察院應當派員出席法庭。