虎之穴在1994年6月創業。其代表人物吉田博高在此之前是株式會社Softmap的從業員。店名及其營運社名的來源為日本漫畫《老虎面具》（タイガーマスク）中所登場的職業摔角秘密社團“虎之穴”。當時的虎之穴，位於秋葉原小巷內的混合式大樓“神林大樓”（神林ビル）3樓壹房間的二手書店。這時已收集到為數不少的中古同人誌，因而令喜歡同人誌及處理品的愛好者經常在虎之穴及同大樓2樓的“湘南通商”（售賣二手電腦零件）這兩層中走上走落以搜羅及搶購心頭好。1996年7月將有限公司法人化、同時新設了通信販售部門（郵購）。此後，開始接受新刊同人誌的委托販售，並擴大其規模。在秋葉原及東京都內﹐如池袋?新宿等新設的店鋪站穩陣腳後，於2000年3月進駐大阪，並開始在其它主要都市內廣設店鋪網。2003年4月股份有限公司化。2008年，將物流中心及其實務上總公司的機能陸續搬遷到千葉縣市川市田尻的出租倉庫（日本Logistech株式會社京葉市川中心）。虎之穴屬下關連會社的總部也轉移到同壹建築物之中。