《幻想三國誌3》劇情發生於公元183年末，《幻想三國誌2》劇情之前，是系列作時間軸中最早的壹部。
時值東漢光和年間，長虹貫穿紫微星的那夜，中土發生了壹場大地震。這場災厄不僅毀了許多無辜人民的家園，也使得五原山石崩塌、漢運火德泄出，少年夏皓因緣際會之下結識了張角之女張婕，並與太平道教主張角、以星象神算著名的玄機宮宮主—計采遙壹同發現了封印魔界之門的上古機關“七曜星輪”之封印有松動跡象，如不加以阻止，則猛獸妖怪將四處萌生，神州將陷入浩劫。而唯有找齊七曜晶玉，方能再度啟動封印，恢復人界秩序。