背景：隨著調查的深入，黑暗組織逐漸現形，工藤優作因發現組織的龐大而拜托國際刑警插手。在日本警方及科南的協助下幾次阻止了其活動，黑暗組織決定報復。
黑暗組織偷襲了阿笠博士的家，捉住了少年偵探團，並留下了要工藤新壹獨自前往營救的暗示。在黑暗組織的總部，Gin發現了哀的真實身份並以少年偵探團的生命要挾其制作縮小藥的解藥。早已深思熟慮的哀在壹天內制作出解藥和假死丸，並巧妙的將胖子的毒藥換成假死丸。Gin果然在得到解藥後命胖子殺死阿笠及少年偵探團。。。。
科南迅速揭開暗示之謎，並趕往黑暗組織的總部，而壹切被蘭看到。在蘭的要求下，小五郎和警方對暗示苦思不解，小五郎在睡夢中突發靈感而揭開謎題。
在黑暗總部，組織boss大犬出現，其竟是日本內閣大臣。大犬道出黑暗組織的秘密：裕仁天皇臨終前留下壹份血書，寫有黑暗雲雲。內閣以為是天皇要建立黑暗組織的遺願。因而黑暗組織壹直得到政府暗中支持而屹立不倒。而時隔數十年組織仍無法真正揭開血書的含義。
Gin給哀服下解藥後告訴胖子釋放哀。對大哥唯命是從的胖子放了哀，突然Gin被槍擊倒。真正的Gin出現並揭穿之前的他是基德假扮的。
大犬此時說出基德之父其實是組織的特工，從事盜竊工作，而後來因組織的行動得罪外國而被迫殺其頂罪。
Cris（女教師）道出科南是新壹的秘密，交給科南壹份血書，要求其揭開血書之謎並以縮小藥的解藥誘惑。科南解開血書之謎，原來是天皇死前寫下的懺悔和對日本未來的擔憂。大犬立時呆在當場。。。。。
蘭趕到現場，正碰到Gin要科南留遺言。科南對蘭道出真相並表白後Gin開槍，蘭替科南擋下子彈。哀對此震驚不已。。。。。。。
科南終於在緊要關頭用麻醉槍射中Gin，而哀與胖子在搏鬥中壹同從樓上跌下。對藥物有強烈抗性的Gin居然轉醒，射殺大犬後欲殺科南。而對coolguy十分欣賞的Cris出手阻攔，兩人都受了重傷。
工藤優作，小五郎和目暮等人趕到，小五郎對組織的小嘍羅大打出手，十分英勇。
在眾人的圍攻下，Gin道出自己的野心和自己身為天皇與美國女家Gino的私生子的秘密後自殺。Cris此時說出自己是美國安插在組織裏的間諜，原來美國也想控制組織。
基德離去之後眾人急忙將蘭和哀送往醫院，並驚訝的發現哀又變回小孩。黑暗組織被偵破，而解藥只剩下壹顆。哀被診斷為腦震蕩，醒來後只記得眾人名字而對其他忘的壹幹二凈。蘭仍昏迷不醒，大夫說若長期昏迷可能變植物人。服部建議科南變回新壹來喚醒蘭，科南只好如此。而科南變身時被布美看到。
深夜布美來到病房偷吻了新壹後離去，並與光彥，元太約定保守新壹的秘密。蘭終於在新壹的悉心照料下康復。由於這件案子，眾人都變成名人，蘭很不適應。優作則要求新壹及蘭壹起前往美國讀大學。妃回到毛利身邊並要蘭去美國。而毛利因英勇表現而被聘回警局當重案組組長，此時毛利道出早已知道科南是新壹而故意不說破的真相。
夕陽中，新壹看到哀和少年偵探團開心的玩耍而頗感欣慰。在機場，眾人歡送新壹和蘭離去，只有哀偷偷轉過身去對著自己和科南的照片垂淚。。。。。。
《名偵探柯南》結局:498話（2小時半特輯）內容完全披露
《銀色子彈的怒吼－賭上偵探之名的決意！》
第壹部分：江戶川文代二度現身
江戶川文代又壹次來到毛利偵探所，說要帶柯南去遊樂園。柯南以為她又是美希子所扮，便不加懷疑的跟上了文代的車。但在車上柯南卻被江戶川文代用手槍控制。原來她是黑衣組織的人，柯南的身份已經被組織完全發現了！
柯南在慌張中還是利用麻醉槍射中了偽裝成文代的敵人，在車子沖下大橋前逃脫，往阿笠博士家奔去。
與此同時Gin從學校綁架了少年偵探團，並威脅哀交出她研究APTX4869解毒藥的數據資料。哀為了救大家把資料給了組織，並被Gin押上了車。
而Gin在開走前卻暗中告訴Vodka在他離開之後就殺死少年偵探團的三人。
在Vodka要槍殺少年偵探團時，柯南終於找到了那裏救了大家，但Vodka還是逃走了。並說組織在等著工藤新壹。
第二部份：沈睡的小五郎－覺醒！
柯南來到博士家用追蹤眼鏡找到了哀的下落。柯南留下了壹張寫明壹切的磁盤讓博士轉交給蘭，決定自己去面對黑色組織。
但磁盤被闖入博士家的英語老師Judy拿走了，原來她是黑衣組織上層安排在FBI的特工。阿笠博士用自己的新發明彈射坐椅欺騙了Judy，逃過壹死來到了毛利家。當阿笠博士正想告訴小五郎和蘭現在的狀況時，卻發現坐在偵探所客廳裏的毛利呈現出沈睡的小五郎的姿勢！而毛利面前的筆記本上寫著“工藤新壹”“柯南”“黑衣組織”等等。
原來毛利早就懷疑了柯南，每次都配合扮演沈睡的角色就是為了調查出柯南的真實身份和整個事件。毛利在沈睡般的深思中展現出他真正的實力，通過柯南留下的磁盤資料推理出了黑衣組織的所在。
與此同時，FBI特工赤井秀壹來到同事Judy家，意外的發現了的柯南的磁盤。他偷偷的把磁盤取回了家。秀壹解開密碼後閱讀了柯南的自述以及對整個事件的推理。他對同事Judy的身份開始懷疑，但卻突然被人從後面擊昏。
而這時在米花町，放學回家的蘭在門口意外的聽見了小五郎和阿笠博士的對話，終於確定了柯南就是新壹！蘭在淚水中決意要以性命為賭註，為救回新壹與黑衣組織絕壹死戰！
第三部份：小說家的意外訪客
赤井秀壹被Judy帶回了組織。Gin威脅秀壹加入組織，最後的考慮時間為2小時。
因為有了哀的數據和配合。兩小時之後，組織的藥物數據計算終於就可以完成。也就是傳說中的“同時成為上帝和魔鬼。讓時間倒轉，死人復活”藥物的完成。
在世界的另壹邊，工藤優作和美希子也收到了博士的消息。優作第壹次讓美希子進入了他的密室，原來這裏就是工藤優作獨自對抗黑衣組織的總部。而小說家不過是個用來收集資料的幌子。
工藤優作和美希子明白決戰的時刻已經來臨。收拾裝備之時，前門突然出現了意外的訪客——目暮警官。
目暮警官撕下自己臉上的偽裝。優作驚訝的發現到來的客人居然是自己從學生時代便結交的死黨，自己還當了他兒子的教父！
他就是曾經揚名世界的偉大魔術家——黑羽先生！
優作看見10年前已經被判定為失蹤的老朋友非常吃驚。而黑羽開門見山的告訴優作，自己這十年也壹直在獨自對著抗黑衣組織。方式就是讓自己的兒子黑羽快鬥在世界範圍內尋找壹塊特殊的寶石。而就在今天快鬥卻給他發來了代表最後決戰的消息：關於寶石、新壹、黑色組織以及人類的未來。他這才以黑羽的身份重新回到人間！而他的兒子也被人稱為平成的亞森羅賓。優作這才恍然大悟，原來自己的教子就是怪盜基德！
第四部份：最黑的黑色
柯南在傍晚來到了東京塔下，東京世界博覽會正在這裏召開。原來黑衣組織的本部就是東京的中心！柯南騙過了警衛進入了地下室的暗門。
這裏是另外壹個地下王國。柯南利用阿笠博士交給他的電腦在警衛房間裏侵入了黑衣組織的電腦中樞，正在向外傳播加密數據時，柯南意外的被人從後面擊昏，那個人居然又是Gin。
得到部份數據的阿笠博士將大家所擁有的信息整理到了壹起，由優作和小五郎壹起推理出了驚天的結論：黑衣組織的老板可能就是日本前首相吉田元博，而天皇本人也是黑衣組織的的支持者！組織的壹部分重要功能就是以非法手段達到日本的擴張！
而美國政府也早有察覺了這壹點，並且指使FBI特工暗中介入。事實上美國也想通過操作組織來控制日本。
當分析出這壹結論之時，毛利租來的車子已經開到了東京塔下。
關押赤井秀壹的房門突然打開，走進來的是——“Sherry”。
第五部份：接近
畫面在赤井秀壹的回憶中展開。他居然是宮野誌保的童年最珍貴的夥伴，是唯壹願意和宮野誌保玩的孩子。也正是因為這樣，赤井秀壹才在第壹眼就解開了哀身份的迷題。
哀並不承認自己的身份，她說可以放走秀壹，條件是要他永遠不要再回到這裏。兩個人在爭吵的時候Judy出現了，秀壹為救哀而死，留下遺言：“無論在那個世界，妳叫什麽名字，我都能找到我的天使。”Judy黑色的槍口指向了哀。
這時毛利小五郎也闖入了組織內部，在組織訓練殺手的道場用空手道打敗了壹群職業殺手。就在他洋洋得意之時，總教練出現了，居然是日本空手道冠軍風間仁。小五郎被打敗了，但跟蹤而至的蘭卻跳了出來，蘭在被風間的實力打入絕望之時耳邊傳來新壹的呼喚，蘭終於爆發奧義，壹擊之下擊倒了號稱不敗的風間。
Judy正要槍殺哀時，Gin突然出現了，把槍口對準Judy。他命令Judy放下槍，並說哀對組織還有用。Judy奇怪的問：“不是妳要我到這裏來殺死她的嗎？”Gin突然扣動扳機，壹張撲克牌打中了Judy的手。原來這個Gin是基德扮成的。基德讓哀先去救柯南，自己在這裏看著Judy。
哀跌跌撞撞的跑向控制牢房，而這壹切都被組織內部的攝像機拍攝到了。
這時優作也已經趕到了東京，越來越多的信息匯集起來，在他的特殊計算機分析下顯示出了壹個結論。優作看著屏幕目瞪口呆。
第六部份：真相只有壹個
Gin和Vodka不知去向，哀順利的找到了柯南。原來在地下還有組織的列車，兩人乘著封閉的列車來到了組織的“聖殿”。
聖殿的正前方是壹塊巨型液晶墻，上面出現的居然是前首相吉田的臉，他神色猙獰的說出壹切。
秘密被完全的解開：基德和他的父親黑羽之所以以寶石為目標，並不是因為寶石值錢的原因，而是因為其中的壹塊寶石並非出於地球，而是來自銀河系之外！它特殊的物質可以放出特殊的射線，改變細胞的分裂成長方向，從而讓細胞獲得永恒的生命！
為了在黑暗組織之前找到寶石，黑羽本人假裝葬身雪地，讓自己的兒子扮演怪盜來尋找寶石。但基德卻也壹直沒能找到它。因為寶石很早就已經落入了黑衣組織之手，也正是在寶石射線的啟發下，黑衣組織才開始了“不死藥”的計劃。
但又因為想要合理的釋放出寶石的能量必須解開特殊的方程，需要設計出高級的程序來計算射線的不同狀態，組織於是才在世界範圍內招募最壹流的電腦程序員。
屏幕上吉田所有的話被阿笠博士用無線電傳給了外面的毛利等人，大家都非常驚訝。哀說：“不要再躲躲藏藏了，快出來和我們壹決勝負吧。”
“恐怕他是不會出來的。”柯南低下頭，眼鏡閃著銀色的光芒說出了令人震驚的話：“因為他早就死了。”
第七部份：人的戰鬥
柯南完美無暇的推理出了不可思議的結果：吉田首相早在5年前就死去了，殺手正是這個地方的安全保衛系統。也就是說，現在黑衣組織的最高頭腦，就是這臺具有人工智能的電腦而已，它以利益時間比最大化的程序來發布組織的命令。
屏幕上的吉田哈哈大笑承認自己的身體的確因為心臟病而失去功能，但自己的腦組織結構和DNA數據被完整的保存在的超級計算機中。只要方程能夠被解開，自己就能獲得重生。這時電腦突然顯示射線的方程被解開了，重塑吉田的工程開始。
吉田哈哈大笑，但相關的機器突然爆炸。還是胚胎條件的新的軀體毀滅了。原來是電腦AI自己下了這個命令，並將吉田的所有數據都刪除了。AI認為自己完全統治黑衣組織才是最大化的利益。
這時大殿的頂棚突然打開，地面升了起來。柯南發現他們居然到了在停K在東京灣的巨輪甲板上。原來這艘作為黑衣組織大腦的巨輪長期飄蕩在太平洋中央，用通訊衛星來操縱世界各地的成員。
站在甲板上迎接他們的是持槍而立的Gin。
Gin向柯南扣動了扳機。
第八部份：江戶川柯南VS工藤新壹
哀擋住了射向柯南的子彈，倒在柯南的面前，Gin步步逼近。巨輪的自動排外系統啟動。目標是壹切生命體，Gin被桅桿的狙擊槍射中，壹發又壹發直到確認心臟停止。
柯南死死的擋在哀的身上，萬幸的是他們的因為目標過小不予判定。
天空漸漸就要亮了，哀微笑著拿出粘血的藥丸，世界上唯壹的壹顆APTX4869解藥。
“柯南，好想永遠和妳在壹起。但我們沒有機會了吧。”哀握著解藥的手伸向柯南的臉：“吃下去吧。”
“笨蛋！這顆解藥只要得救之後分析成分就能復制了啊！”柯南抱緊了哀。
“不要。”哀突然大聲的咳嗽起來，在壹瞬間把藥塞進柯南的嘴裏。“妳還不明白嗎？”哀看著柯南意外的吞下藥丸，緩緩露出笑臉：“這是科學和推理無法解釋的問題呢！”哀在閉上眼睛的時候用只有柯南聽得見的聲音說：“不是工藤新壹。我愛的人，是江戶川柯南。”
“哀——”藥物和心意壹起讓柯南感覺無比疼痛，他昏了過去。
優作和小五郎在突然之間靈光壹閃。優作終於找到了破解這個由科學與邏輯組成的巨大機器的銀色子彈。
第九部份：銀色彈丸，我們的約定
人類擊潰壹切邪惡與魔鬼的銀色彈丸就是無可代替的“愛”。“愛”就是科學與邏輯永遠無法解釋的程序。
工藤優作發送的銀色彈丸在以瞬間傳導到了電腦中樞。超級計算機由於溢出的計算以及以及無法模擬程序方式而最終崩潰。巨輪倒數五分鐘的自爆裝置開始啟動。新壹在迷迷糊糊中聽見了熟悉的呼喚：“新壹！新壹！”還有直升機的聲音。
壹切都結束了：巨輪在太陽升起的時候爆炸了。
新壹坐在了海邊見那種比太陽還要耀眼的光芒，暗想：“江戶川柯南已經不存在在這個世界了。他已經和哀壹起去了屬於他們的幸福花園。而我……”他轉過頭看見立在身後淚水瑩瑩的蘭。
“終於實現了，我們的約定！”新壹把蘭緊緊的抱在懷裏，很久很久。
新壹突然看見站在遠處朝霞裏的少年偵探團，他習慣性的想跑過去和大家壹起，但腳步又突然停住。新壹緩緩的轉過身去，用只有自己能聽見的聲音說：“大家，再見了。”
他慢慢的往另壹邊的人群中走去，沒有回頭，咬緊牙齒淚水居然都忍不住模糊了眼睛。壹顆很大的淚珠突然滑落，之後更多的淚水緊隨其後落下。
新壹聽見步美的聲音：
“再見了，柯南同學。”
柯南大結局＿第987集 黑暗組織的秘密
《柯南》第987集 黑暗組織的秘密 （大結局）
內容:
背景：隨著調查的深入，黑暗組織逐漸現形，工藤優作因發現組織的
龐大而拜托國際刑警插手。在日本警方及科南的協助下幾次阻止了
其活動，黑暗組織決定報復。
黑暗組織偷襲了阿笠博士的家，捉住了少年偵探團，並留下了要工
藤新壹獨自前往營救的暗示。
在黑暗組織的總部，Gin發現了哀的真實身份並以少年偵探團的生
命要挾其制作縮小藥的解藥。早已深思熟慮的哀在壹天內制作出解
藥和假死丸，並巧妙的將胖子的毒藥換成假死丸。Gin果然在得到解
藥後命胖子殺死阿笠及少年偵探團。。。。
科南迅速揭開暗示之謎，並趕往黑暗組織的總部，而壹切被蘭看
到。在蘭的要求下，小五郎和警方對暗示苦思不解，小五郎在睡夢
中突發靈感而揭開謎題。
在黑暗總部，組織boss大犬出現，其竟是日本內閣大臣。大犬道
出黑暗組織的秘密：裕仁天皇臨終前留下壹份血書，寫有黑暗雲雲。
內閣以為是天皇要建立黑暗組織的遺願。因而黑暗組織壹直得到政
府暗中支持而屹立不倒。而時隔數十年組織仍無法真正揭開血書的
含義。
Gin給哀服下解藥後告訴胖子釋放哀。對大哥唯命是從的胖子放
了哀，突然Gin被槍擊倒。真正的Gin出現並揭穿之前的他是基德
假扮的。
大犬此時說出基德之父其實是組織的特工，從事盜竊工作，而後
來因組織的行動得罪外國而被迫殺其頂罪。
Cris（女教師）道出科南是新壹的秘密，交給科南壹份血書，要求
其揭開血書之謎並以縮小藥的解藥誘惑。科南解開血書之謎，原來
是天皇死前寫下的懺悔和對日本未來的擔憂。大犬立時呆在當
場。。。。。
蘭趕到現場，正碰到Gin要科南留遺言。科南對蘭道出真相並表白
後Gin開槍，蘭替科南擋下子彈。哀對此震驚不已。。。。。。。
科南終於在緊要關頭用麻醉槍射中Gin，而哀與胖子在搏鬥中壹同
從樓上跌下。
對藥物有強烈抗性的Gin居然轉醒，射殺大犬後欲殺科南。而對
coolguy十分欣賞的Cris出手阻攔，兩人都受了重傷。
工藤優作，小五郎和目暮等人趕到，小五郎對組織的小嘍羅大打
出手，十分英勇。
在眾人的圍攻下，Gin道出自己的野心和自己身為天皇與美國女
政治家Gino的私生子的秘密後自殺。Cris此時說出自己是美國安插
在組織裏的間諜，原來美國也想控制組織。
基德離去之後眾人急忙將蘭和哀送往醫院，並驚訝的發現哀又變
回小孩。
黑暗組織被偵破，而解藥只剩下壹顆。哀被診斷為腦震蕩，醒來
後只記得眾人名字而對其他忘的壹幹二凈。蘭仍昏迷不醒，大夫說
若長期昏迷可能變植物人。服部建議科南變回新壹來喚醒蘭，科南
只好如此。而科南變身時被布美看到。
深夜布美來到病房偷吻了新壹後離去，並與光彥，元太約定保守
新壹的秘密。
蘭終於在新壹的悉心照料下康復。
由於這件案子，眾人都變成名人，蘭很不適應。優作則要求新壹
及蘭壹起前往美國讀大學。妃回到毛利身邊並要蘭去美國。而毛利
因英勇表現而被聘回警局當重案組組長，此時毛利道出早已知道
科南是新壹而故意不說破的真相。
夕陽中，新壹看到哀和少年偵探團開心的玩耍而頗感欣慰。
在機場，眾人歡送新壹和蘭離去，只有哀偷偷轉過身去對著自
己和科南的照片垂淚。。。。。。
實在忍不住了,告訴妳們黑衣人的主謀是誰吧.
其實早就已經有太多提示了,妳們竟然視而不見.妳們都被壞人的偽裝欺騙了.
其實黑衣人的真正首腦,就是壹直隱藏在柯南他們身邊的---------------------阿立博士.DOC,LEE
不明白了吧,其實我壹直以為是毛利叔叔的(雖然我很崇拜他)但是那天和柯南賭氣,細心分析後我突然發現,原來真正的兇手竟然是憨厚的阿裏博士,
可能有人早有懷疑,為什麽黑衣組織壹直沒有找毛利家的麻煩?
為什麽新壹的父母不關心兒子的情況
為什麽工滕優作那麽有天賦也沒發現黑衣組織的下落?
為什麽阿立的發明很強但是不賣.且從來不工作也不缺錢花?
為什麽他想要什麽資料都能夠找到?
為什麽他給新壹的設備只有在抓壹般蟊賊的時候有用?
為什麽只要柯南他們和阿立出去野營就會遇到危險?
包括灰原哀（以下簡稱哀）的出現都很可疑,記得嗎當時只說哀暈倒在阿笠家門口!
其實事情是這樣的,優作原先就懷疑並且偵察黑衣組織.以小說家的身份為掩護,秘密調查,發現壹些線索後特意搬到黑衣組織首腦啊立家隔壁住,並且從小培養新壹開車打槍,和推理能力,並派新壹和阿立混熟想借此偵察壹些情報,於是新壹在不知情的情況下被利用了,當阿立開始懷疑公滕父子的時候,想出壹條毒計,他派琴久和沃克跟蹤出去約會的小蘭和新壹,大家都看過第壹集,其實交易是幌子,真正的目的是跟蹤,要不然難道琴久他們是因為喜歡才去坐過山車的嗎?在吸引新壹註意以後,他們假裝交易,阿立扮演的就是那個交易的商人,壹切不露痕跡於是新壹也就被他們變成了柯南.
於是阿立順理成章的成為了新壹的同伴與監護人.並且柯難實際上成為了阿立手中的人質,當時新壹的父母第壹次出現的那集,實際是和阿立談判的,最終的結果是阿立用柯南要挾他們兩個人流放到瑞士.
而優作因為不能和新壹說明真相,從而讓新壹感覺受騙,受到傷害,只能同意阿立的要求,不再回到日本,所以妳們看優作只有在103集的時候回過日本,還是變裝的,就為了不能讓阿立發現.
明白了吧，為什麽阿立認識\\\'哀的父母?
其實APTX-4689就是阿立和哀的父母聯合開發的,而成功以後哀的父母意外身亡.
他留著柯南不死只不過想觀察藥品還有沒有其他副作用.但是突然壹天,優作和有席子（柯南的媽媽）突然潛回日本,和柯南(103```104集)秘密接觸,讓他感覺受到了威脅,於是安排壹個間諜時刻跟隨在柯南身邊,那就是哀
哀其實是APTX4689的第壹個實驗品,本來藥的目的是永保青春,沒想到竟然適得其反產生副作用,造成了身體變小,而柯南事件發生以後,哀就成了在柯南身邊臥底的最好的人選,為什麽柯南從來沒有被騷擾過就是因為柯南其實壹直在黑衣組織最厲害的老大的監視下.根本沒必要監視