基本操控
X(或雙擊→鍵)：沖刺
Z：跳躍
S：特殊武器
A：壹般攻擊
D或C：轉換武器
F：轉換角色
V：雙重攻擊
←↑→↓：方向控制
空格鍵：聯絡領航員
Alt+F4：退出遊戲
角色簡介
艾克斯：以字母X表示，洛克人系列永遠的主角，各種能力較均衡。射擊方向僅能左右兩向，不可做到斜向，可蓄力射擊，有強化裝甲。
傑洛：以字母Z表示，手持光劍的獵人，近身攻擊力強大，擁有2段跳絕技，進化後有多種威力驚人的必殺技。
艾克賽爾：以字母A表示。射擊威力壹般，但可以45度角斜向射擊，而且可連發。他的特點是跳躍後滯空時間長，還有別人沒有的復制功夫。
艾莉雅：領航員，熟悉每個關卡的場景情況，掌握了各關Boss的壹手資料。第壹次以簡單模式玩遊戲時建議多多選擇艾莉雅。
柏拉圖：領航員，擅長分析航線數據，可提醒玩家隱藏路線。通關壹次後，第二次以探尋隱藏要素為主要目的的話，選擇柏拉圖將不會錯過任何可疑之處。
雷亞：領航員，具備分析敵人弱點的能力，可以回復主角部分生命值。在遊戲最後階段，選擇雷亞的回復能力是很有必要的。
特別提示：如果在遊戲中開發出特別的領航員晶片，那麽在選擇角色時就可選擇領航員代替獵人進行遊戲(按Tab鍵切換)，艾莉雅、柏拉圖和雷亞分別對應艾克斯、艾克賽爾和傑洛。
遊戲系統簡介
遊戲分為Easy、Normal、Hard3種難度，建議從最簡單的難度開始，熟悉遊戲基本操作和玩法，但是簡單難度下有許多隱藏部分還無法體驗到，只有通關後選擇高難度再次遊戲才能徹底感受到遊戲的內涵。玩通簡單模式後，在電腦提示下選擇普通模式存盤，之後讀檔就可保留自己千辛萬苦在簡單模式下得到的裝備和武器，重新開始冒險之旅。
3位主角在戰鬥中可拾取壹些三角形東東，其中的藍色三角形代表1個金屬，黃色三角形代表5個金屬，而紅色三角形則代表50個金屬。這些金屬值在畫面的右上角表現出來，可在研究室中購買道具，或者用以開發自身的潛能，將自己的Power值由0升至100%。另外還有壹些隱藏的稀有金屬，得到後可在任務完成後送到研究室進行開發，從而得到“半生命源”、“復活晶片”、“半武器源”等特殊晶片。每關結束後，3位主角都會獲得各自的特殊武器。
遊戲主畫面左上角有壹個很像“飛去來器”模樣的圖案，壹旦它滿值後會呈現紅色，這時候按下V鍵，場景中的角色周圍就會出現壹個球形能量罩，能量罩觸及到敵人就會引發兩位角色齊心協力使出超級必殺技——雙重攻擊，這壹招在對付Boss時尤其有用。玩家要註意的是，當Boss級的敵人在施展絕招時，它在短時間內是無敵的，即使妳靠近它使出雙重攻擊也收不到意料之中的效果。
每關結束後電腦會對玩家的遊戲表現給出評價，***分7個檔次。評價的最終依據是分數，而分數的多少是參照通關時間、殺敵數量、總連擊數等綜合計算出的。如果是無傷害通關的話，還可額外獲得50分的獎勵。具體如下。
S級：分數要求不詳，屬於終極評價!
AAA級：≥241
AA級：201～240
A級：101～200
B級：51～100
C級：1～50
D級：0
遊戲在關卡中不能隨時存盤，只有在壹關任務結束後回到研究室才可存盤。而壹旦在任務中死掉，Easy模式下可無限續關，Normal模式下只有5次續關機會。