作為第9部寵物小精靈電影，本作是以廣大的海洋為舞臺的幻想冒險巨作！這次，籠罩著神秘面紗的新小精靈——瑪娜菲終於誕生了。
而且，在TV版和遊戲中引人註目的寵物小精靈守護者第壹次在劇場版中露面！在動感的畫面與宏大的音樂表現下魄力十足的戰鬥、冒險，令人感動的情節！
在這個夏天，妳也在電影院向有史以來最大的使命挑戰吧在這世界的海洋中的某處，人們未知的傳說中的小精靈即將誕生……
在廣大的海洋的舞臺上，小精靈們有史以來最大的使命開始了！
迷失在荒地裏的小智和皮卡丘壹行人在“水上小精靈巡演”中遇見了遊艇劇團的名演員宏美。
宏美有著與水系小精靈心靈溝通的能力，是被稱為“水之民”的壹族的後裔。
小智他們從宏美那裏聽得了“水之民”世代相傳的傳說。
在這世界的海洋的某處，坐落著他們“水之民”建造的“海之神殿亞克夏”，在那裏藏著被稱為“海之王冠”的秘寶。但是，據說從來沒有人見到過……
在那裏，出現了追尋著傳說之謎的寵物小精靈守護者——傑克·奧加（昵稱：傑奇）。
據說傑奇有壹個機密的使命，就是保護海裏小精靈的領袖——被稱為“滄海的王子”的小精靈瑪娜菲的蛋，並把蛋帶到海之神殿亞克夏。宏美和小智他們決定協助他完成這項使命。
途中，覬覦蛋的海盜·幻影乘著大型潛水艇來襲。
幻影企圖利用傳說中的秘寶“海之王冠”的力量來征服世界。
而且，貌似要揭開秘寶之謎，那個蛋是關鍵。連火箭隊也來到了那裏，引起了大騷動！
傑奇利用捕獲裝置借用小精靈的力量趕去。
小智和皮卡丘也加入戰鬥。但是，操控著高級技術機械的幻影比預想的要強大的多！出現大危機！
那時，蛋發出耀眼的光，瑪娜菲終於誕生了！傳說中的秘寶究竟是什麽？瑪娜菲到底有怎樣神秘的力量呢？!