（加上帶“★”表示特別篇，帶“◆”表示動畫原創，即漫畫中沒有的，※表示主線劇情）
1996年(001~042)
※001 雲霄飛車殺人事件
002 社長千金誘拐事件
003 偶像密室殺人事件
004 大都會暗號地圖藏寶事件
※005 新幹線大爆炸事件
006 情人節殺人事件◆
007 每月壹份禮物威脅事件
008 美術館殺人事件
009 天下第壹夜祭殺人事件
010 足球選手恐嚇事件
011 鋼琴奏鳴曲月光殺人事件★
012 步美被綁事件
013 奇怪的尋人事件
014 謎樣的訊息狙擊事件◆
015 消失的屍體殺人事件
016 古董收藏家殺人事件
017 百貨公司挾持事件◆
018 六月新娘殺人事件
019 電梯殺人事件◆
020 鬼屋殺人事件
021 電視臺外景隊殺人事件◆
022 豪華客輪連續殺人事件(前篇)
023 豪華客輪連續殺人事件(後篇)
024 喪失記憶的美少女事件 ◆
025 真假人質綁票事件◆
026小五郎同學會殺人事件(前篇)
027 小五郎同學會殺人事件(後篇)
028 愛犬約翰殺人事件◆
029 計算機殺人事件◆
030 不在場證明殺人事件◆
031 電視臺殺人事件
032 咖啡廳殺人事件
033 偵探團生還事件◆
034 山莊繃帶怪人殺人事件(前篇)
035 山莊繃帶怪人殺人事件(後篇)
036 星期壹晚上7:30殺人事件◆
037 仙人掌花殺人事件◆
038 紅鬼村火祭殺人事件
039 優勝錦旗被割事件◆
040 企業家千金殺人事件(前篇)
041 企業家千金殺人事件(後篇)
042 卡拉OK廳殺人事件
1997年(043~085)
043 江戶川柯南誘拐事件
044 三兄弟殺人事件◆
045 敷面膜殺人事件◆
046 雪山山莊殺人事件
047 健身俱樂部殺人事件◆
048 外交官殺人事件(前篇)
049 外交官殺人事件(後篇)
050 圖書館殺人事件
051 高爾夫練習場殺人事件 ◆
052 霧天狗傳說殺人事件★
053 神秘兇器殺人事件 ◆
※054 電玩公司殺人事件
055 列車手法殺人事件 ◆
056 清潔車殺人事件 ◆
057 福爾摩斯迷殺人事件(前篇)
058 福爾摩斯迷殺人事件(後篇)
059 第壹次購物殺人事件 ◆
060 插畫畫家殺人事件
061 幽靈船殺人事件(前篇)◆
062 幽靈船殺人事件(後篇)◆
063 大怪獸哥斯拉殺人事件
064 第三個指紋殺人事件 ◆
065 螃蟹和鯨魚綁架事件 ◆
066 夜路殺人事件 ◆
067 舞臺女演員殺人事件 ◆
068 暗夜公爵殺人事件(事件篇)
069 暗夜公爵殺人事件(疑惑篇)
070 暗夜公爵殺人事件(解決篇)
071 癡戀狂殺人事件 ◆
072 三胞胎別墅殺人事件
073 少年偵探團遇難事件◆
074 死神陣內殺人事件◆
075 金融公司社長殺人事件
076 柯南VS怪盜基德★
077 名門連續慘死事件（前篇）
078 名門連續慘死事件（後篇）
079 銀行搶匪殺人事件◆
080 流浪畫家殺人事件◆
081 當紅歌星綁架事件（前篇）
082 當紅歌星綁架事件（後篇）
083 綜合醫院殺人事件 ◆
084 滑雪別墅殺人事件(前篇)
085 滑雪別墅殺人事件(後篇)
1998年(086~128)
086 誘拐現場特定事件
087 白鶴報恩殺人事件 ◆
088 德休拉別墅殺人事件(前篇)◆
089 德休拉別墅殺人事件(後篇)◆
090 花香殺人事件 ◆
091 強盜犯人住院事件
092 恐怖登山殺人事件(前篇)◆
093 恐怖登山殺人事件(後篇)◆
094 雪女傳說殺人事件◆
095 小五郎約會殺人事件◆
096 走投無路的名偵探！連續兩大殺人事件★
097 離別美酒殺人事件◆
098 名陶藝家殺人事件（前篇）
099 名陶藝家殺人事件（後篇）
100 初戀情人回憶事件（前篇）
101 初戀情人回憶事件（後篇）
102 古裝演員殺人事件（前篇）
103 古裝演員殺人事件（後篇）
104 盜賊集團別墅事件（前篇）
105 盜賊集團別墅事件（後篇）
106 新聞照片殺人事件◆
107 鼴鼠星人之謎事件(前篇)◆
108 鼴鼠星人之謎事件(後篇)◆
109 偵探團大追擊事件 ◆
110 烹飪教室殺人事件(前篇)◆
111 烹飪教室殺人事件(後篇)◆
112 帝丹小學七大離奇事件
113 白色海灘殺人事件
114 有氧潛水殺人事件(前篇)
115 有氧潛水殺人事件(後篇)
116 推理小說家失蹤事件(前篇)
117 推理小說家失蹤事件(後篇)
118 浪花連續殺人事件★
119 假面超人殺人事件◆
120 蜜蜂雞尾酒殺人事件◆
121 浴室密室事件(上集)
122 浴室密室事件(下集)
123 天氣預報小姐誘拐事件◆
124 神秘的狙擊者殺人事件(前篇)◆
125 神秘的狙擊者殺人事件(後篇)◆
126 旅行戲團殺人事件(前篇)◆
127 旅行戲團殺人事件(後篇)◆
※128黑衣組織10億元搶劫事件
1999年(129~173)
※129 來自黑暗組織的女子 大學教授殺人事件★
130 競技場無差別脅迫事件(前篇)
131 競技場無差別脅迫事件(後篇)
132 魔術愛好者殺人事件(事件篇)
133 魔術愛好者殺人事件(疑惑篇)
134 魔術愛好者殺人事件(解決篇)
135 消失的兇器搜索事件 ◆
136 青色古堡探索事件(前篇)
137 青色古堡探索事件(後篇)
138 最終播映殺人事件(前篇)
139 最終播映殺人事件(後篇)
140 SOS！步美傳達的訊息◆
141 結婚前夜密室事件(前篇)
142 結婚前夜密室事件(後篇)
143 疑惑的天體觀測 ◆
144 上野出發的北鬥星3號(前篇)
145 上野出發的北鬥星3號(後篇)
146 本廳刑事戀愛物語(前篇)
147 本廳刑事戀愛物語(後篇)
148 路面電車緊急煞車事件 ◆
149 遊樂園高空彈跳事件 ◆
150 汽車爆炸事件的真相(前篇)◆
151 汽車爆炸事件的真相(後篇)◆
152 神秘老人失蹤事件 ◆
153 園子的夏日海灘冒險物語(前篇)
154 園子的夏日海灘冒險物語(後篇)
155 水中的鑰匙密室事件◆
156 本廳刑事戀愛物語2(前篇)
157 本廳刑事戀愛物語2(後篇)
158 沈默的環狀線 ◆
159 詭異的五重塔傳說(前篇)◆
160 詭異的五重塔傳說(後篇)◆
161 流過流水亭的殺機 ◆
162 飛天密室 工藤新壹最初的事件★
163 月亮、星星與太陽的秘密(前篇)
164 月亮、星星與太陽的秘密(後篇)
165 少年偵探隊消失事件 ◆
166 鳥取縣蜘蛛公館的怪事(事件篇)
167 鳥取縣蜘蛛公館的怪事(疑惑篇)
168 鳥取縣蜘蛛公館的怪事(解決篇)
169 維納斯之吻 ◆
170 黑暗中的死角(前篇)
171 黑暗中的死角(後篇)
172 復活的死亡訊息(前篇)
173 復活的死亡訊息(後篇)
2000年(174~218)
174 二十年的殺意 聖佛尼號連續殺人事件★
175 慘遭四次殺害的男子◆
※176 與黑暗組織的再會(灰原篇)
※177 與黑暗組織的再會(柯南篇)
※178 與黑暗組織的再會(解決篇)
179 咖啡廳卡車撞入事件◆
180 紅色的殺機夜想曲(前篇)◆
181 紅色的殺機夜想曲(後篇)◆
182 第九個門大搜查 ◆
183 危險的處方箋◆
184 詛咒假面的冷笑★◆
185 被狙擊的名偵探(前篇)◆
186 被狙擊的名偵探(後篇)◆
187 在黑暗中傳出的神秘槍聲 ◆
188 危命的復活 洞窟內的偵探團
189 危命的復活 負傷之下的名偵探
190 危命的復活 第三個選擇
191 危命的復活 黑衣騎士
192 危命的復活 新壹回來了
193 危命的復活 約定的場所
194 別有玄機的八音盒(前篇)
195 別有玄機的八音盒(後篇)
196 看不見的兇器，小蘭的初次推理 ◆
197 超級汽車陷阱(前篇)◆
198 超級汽車陷阱(後篇)◆
199 嫌疑犯，毛利小五郎(前篇)
200 嫌疑犯，毛利小五郎(後篇)
201 第10個乘客(前篇)◆
202 第10個乘客(後篇)◆
203 依卡路斯的黑色之翼(前篇)◆
204 依卡路斯的黑色之翼(後篇)◆
205 本廳刑事戀愛物語3(前篇)
206 本廳刑事戀愛物語3(後篇)
207 太過順利的推理 ◆
208 迷宮的入口 巨大神像的憤怒★◆
209 龍神山墜落事件 ◆
210 五彩傳說的水底龍宮(前篇)◆
211 五彩傳說的水底龍宮(後篇)◆
212 松茸、熊與偵探隊(前篇)
213 松茸、熊與偵探隊(後篇)
214 懷古飯店的神秘事件◆
215 復仇海灘(前篇)◆
216 復仇海灘(後篇)◆
217 目暮塵封的秘密(前篇)
218 目暮塵封的秘密(後篇)
2001年(219~262)
219 被召集的名偵探！工藤新壹VS怪盜基德★
220 滿口謊言的委托人(前篇)
221 滿口謊言的委托人(後篇)
222 人魚失蹤記(事件篇)
223 人魚失蹤記(推理篇)
224 人魚失蹤記(解決篇)
225 生意興隆的秘密 ◆
226 格鬥遊戲的陷阱(前篇)
227 格鬥遊戲的陷阱(後篇)
228 暗藏殺機的陶藝教室(前篇)
229 暗藏殺機的陶藝教室(後篇)
※230 謎壹樣的乘客(前篇)
※231 謎壹樣的乘客(後篇)
232 公寓墜落事件 ◆
233 無法消滅的證據(前篇)
234 無法消滅的證據(後篇)
235 酒窖密室事件 ◆
236 南紀白濱的神秘之旅(前篇)◆
237 南紀白濱的神秘之旅(後篇)◆
238 大阪3K事件(前篇)
239 大阪3K事件(後篇)
240 新幹線護送事件(前篇)
241 新幹線護送事件(後篇)
242 元太少年的災難
243 毛利小五郎的冒充者(前篇)
244 毛利小五郎的冒充者(後篇)
245 向日葵公館的槍聲 ◆
246 纏在網中的謎團(前篇)
247 纏在網中的謎團(後篇)
248 治愈之森的不在場證明 ◆
249 偶像們的秘密(前篇)
250 偶像們的秘密(後篇)
251 OK牧場的悲劇 ◆
252 在圖畫裏的綁架犯 ◆
253 本廳刑事戀愛物語4(前篇)
254 本廳刑事戀愛物語4(後篇)
255 松江玉造連句十四回合定勝負(前篇)◆
256 松江玉造連句十四回合定勝負(後篇)◆
257 奇怪的天譴 ◆
※258 來自芝加哥的男子(前篇)
※259 來自芝加哥的男子(後篇)
260 搖晃的餐廳◆
261 降雪之夜的恐怖傳說(前篇)◆
262 降雪之夜的恐怖傳說(後篇)◆
2002年(263~303)
263 大阪雙重謎團 浪花劍士和太閣之城★
264 法庭上的對決 妃VS小五郎 (前篇)◆
265 法庭上的對決 妃VS小五郎 (後篇)◆
266 情人節的真相(事件篇)
267 情人節的真相(推理篇)
268 情人節的真相(解決篇)
※269 犯罪的遺物 (前篇)
※270 犯罪的遺物 (後篇)
※271 隱藏匆忙中的省略(前篇)
※272 隱藏匆忙中的省略(後篇)
273 猜謎婆婆失蹤事件 ◆
274 幽靈屋的真相(前篇)
275 幽靈屋的真相(後篇)
276 警察手冊丟失事件 ◆
※277 英語教師VS西部名偵探(前篇)
※278 英語教師VS西部名偵探(後篇)
※279 迷宮的陰暗(前篇)
280 迷宮的陰暗(後篇)
281 年幼的目擊者 ◆
282 水流石庭的玄機(前篇)◆
283 水流石庭的玄機(後篇)◆
※284 中華街 雨中的似曾相識(前篇)
※285 中華街 雨中的似曾相識(後篇)
※286 工藤新壹紐約事件(事件篇)
※287 工藤新壹紐約事件(推理篇)
※288 工藤新壹紐約事件(解決篇)
※289 迷惘森林中的光彥(前篇)
※290 迷惘森林中的光彥(後篇)
291 孤島的公主與龍宮城(事件篇)
292 孤島的公主與龍宮城(追求篇)
293 孤島的公主與龍宮城(解決篇)
294 愛與決心的粉碎(前篇)◆
295 愛與決心的粉碎(後篇)◆
296 屋形船海釣記 ◆
297 法庭的對決II 妃英理VS九條(前篇)◆
298 法庭的對決II 妃英理VS九條(後篇)◆
299 友情與殺意的關門海峽(前篇)◆
300 友情與殺意的關門海峽(後篇)◆
301 惡意與聖者的行進(前篇)
302 惡意與聖者的行進(後篇)
303歸來的受害者
2003年(304~344)
304 震動警視廳 1200萬名人質★
305 看不見的嫌疑犯（前篇）
306 看不見的嫌疑犯（後篇）
※307 無聲的證據（前篇）
※308 無聲的證據（後篇）
※309 與黑暗組織的接觸（交涉篇）
※310 與黑暗組織的接觸（追蹤篇）
※311 與黑暗組織的接觸（決死篇）
312 夕陽染紅的女兒節人偶(前篇)
313 夕陽染紅的女兒節人偶(後篇)
314 扶手損毀的僚望臺◆
315 陽光普照的地方◆
316 玷汙的假面英雄(前篇)
317 玷汙的假面英雄(後篇)
318 幸運的香煙盒(前篇)◆
319 幸運的香煙盒(後篇)◆
320 不在場證明的隱身術 ◆
321 消失的綁架逃逸車(前篇)◆
322 消失的綁架逃逸車(後篇)◆
323 服部平次的壹籌莫展(前篇)
324 服部平次的壹籌莫展(後篇)
325 火焰中的紅馬(事件篇)
326 火焰中的紅馬(搜索篇)
327 火焰中的紅馬(解決篇)
328 生日酒之謎 ◆
329 金錢買不到的友情(前篇)
330 金錢買不到的友情(後篇)
331 疑惑的咖喱飯(前篇)
332 疑惑的咖喱飯(後篇)
333 相似的公主(前篇)
334 相似的公主(後篇)
※335 東京現影所的秘密(前篇)
※336 東京現影所的秘密(後篇)
337 墜落事件的內幕 ◆
※338 四輛保時捷(前篇)
※339 四輛保時捷(後篇)
※340 廁所裏隱藏的秘密(前篇)
※341 廁所裏隱藏的秘密(後篇)
342 豪斯登堡的新娘★◆
※343 便利店的陷阱(前篇)
※344 便利店的陷阱(後篇)
2004年(345~383)
※345 與黑衣組織直面對決 滿月之夜的雙重謎案★
346 尋找屁股上的印記(前篇)
347 尋找屁股上的印記(後篇)
348 愛、幽靈與地球遺產(前篇)◆
349 愛、幽靈與地球遺產(後篇)◆
350 被遺忘的手機(前篇)
351 被遺忘的手機(後篇)
352 釣魚大會的悲劇(前篇)◆
353 釣魚大會的悲劇(後篇)◆
354 小小的委托人(前篇)
355 小小的委托人(後篇)
356 怪盜基德令人驚異空中漫步★
357 戀人是春天的幻影◆
358 本廳刑事戀愛物語5(前篇)
359 本廳刑事戀愛物語5(後篇)
360 不可思議的春天甲殼蟲 ◆
361 帝丹高中的學校怪談(前篇)
362 帝丹高中的學校怪談(後篇)
363 都市的烏鴉 ◆
364 ***時性事件(前篇)◆
365 ***時性事件(後篇)◆
366 可遇見的碼頭慘劇(前篇)
367 可遇見的碼頭慘劇(後篇)
368 魔女棲息的糖果之家 ◆
369 幸運兒歷險 ◆
370 四處輾轉的遊戲軟件 ◆
371 沈默的航線(前篇)
372 沈默的航線(後篇)
373 巨毒蜘蛛的陷阱 ◆
374 星星和香煙的暗號(前篇)
375 星星和香煙的暗號(後篇)
376 限時15時 ◆
377 桃太郎解密之旅(前篇)◆
378 桃太郎解密之旅(後篇)◆
379 神秘溫泉雪夜振袖事件(前篇)◆
380 神秘溫泉雪夜振袖事件(後篇)◆
381 誰的推理秀(前篇)
382 誰的推理秀(後篇)
383 甲子園的奇跡！絕不能輸給看不見的惡魔★
2005年(384~424)
384 目標毛利小五郎 ◆
※385 斯特拉迪瓦裏小提琴的不和諧音(前奏曲)
※386 斯特拉迪瓦裏小提琴的不和諧音(間奏曲)
※387 斯特拉迪瓦裏小提琴的不和諧音(尾奏曲)
388 醉倒在薩摩的小五郎(前篇)◆
389 醉倒在薩摩的小五郎(後篇)◆
390 本廳刑事戀愛物語6(前篇)
391 本廳刑事戀愛物語6(後篇)
392 謎樣的身長相差20厘米 ◆
393 疑似誘拐事件 ◆
※394 奇異屋宇大冒險(封印篇)
※395 奇異屋宇大冒險(操縱篇)
※396 奇異屋宇大冒險(解決篇)
397 辛辣苦口卻又甘甜的湯◆
398 奇妙壹家的委托(前篇)
399 奇妙壹家的委托(後篇)
400 心存疑惑的小蘭
401 寶石搶匪現行犯(前篇)
402 寶石搶匪現行犯(後篇)
403 不可思議的天使之館(前篇)◆
404 不可思議的天使之館(後篇)◆
405 呼叫救護車的男子 ◆
406 柯南和平次的推理魔術(裝置篇)
407 柯南和平次的推理魔術(公館篇)
408 柯南和平次的推理魔術(解決篇)
409 同時進行的舞臺表演和綁架(前篇)◆
410 同時進行的舞臺表演和綁架(後篇)◆
411 神社鳥居之驚悚暗號(前篇)
412 神社鳥居之驚悚暗號(後篇)
413 完全壹半犯罪之謎 ◆
414 追逐藍色小鳥的少年偵探團◆
415 出現在不祥之日的惡靈(事件篇)
416 出現在不祥之日的惡靈(疑惑篇)
417 出現在不祥之日的惡靈(解決篇)
418 米花町閣樓之家 ◆
419 八歧大蛇的劍(前篇)◆
420 八歧大蛇的劍(後篇)◆
421 銀杏色的初戀(前篇)
422 銀杏色的初戀(後篇)
423 偵探團和毛蟲四兄弟◆
424 小醜發來的彩信
2006年(425~459)
※425 黑色的沖擊！組織之手逼近的瞬間★
426 給蘭的情書◆
※427 充滿神秘的上學路(前篇)
※428 充滿神秘的上學路(後篇)
※429 無法回頭的二人(前篇)
※430 無法回頭的二人(後篇)
431 本廳刑事戀愛物語7(前篇)
432 本廳刑事戀愛物語7(後篇)
433 柯南 奇怪的孩子◆
434 名犬COOL立大功◆
435 以偵探團為題材的專訪(前篇)
436 以偵探團為題材的專訪(後篇)
437 上戶彩和新壹 4年前的約定◆
438 魚郵件的追蹤
439 然後誰都無須存在了◆
440 極限賽車表演◆
441 通向死亡的“啊”◆
442 被鋼筋阻止的男人 ◆
443 嘆氣拾潮(前篇)
444 嘆氣拾潮(後篇)
445 俄羅斯藍貓的秘密
※446 被封印的歐式窗(前篇)
※447 被封印的歐式窗(後篇)
448 目黑的秋刀魚事件 ◆
449 本廳刑事戀愛物語8 虛假的婚禮★
450 詭計VS魔術(前篇)◆
451 詭計VS魔術(後篇)◆
452 金比羅劇院的怪人★◆
453 因緣和友情的試映會
454 顛倒的場景(前篇)
455 顛倒的場景(後篇)
456 我喜愛的推理◆
457 園子的紅手帕(前篇)
458 園子的紅手帕(後篇)
459 怪人 循規蹈矩的男人◆