劇情不同：《口袋妖怪日月》與《口袋妖怪究極日月》的劇情大致相同，但《口袋妖怪究極日月》中二周目與究極洞的劇情更多。
畫面不同：《口袋妖怪日月》畫面變化較明顯，二島之後變化少，但整體畫面的彩度有加強，《口袋妖怪究極日月》則沒有這些特點。