在主角完成任務後不久，FSA政府意識到像主角這樣的生化改造的特工可能對國家安全造成威脅，因此推出了所謂的Bionic Purge（生化戰士肅清）政策：拆除那些退役軍人的生化改造部件。這壹政策自然引起許多經過生化改造的軍人的不滿，因此在發生了壹系列的暴動，暗殺，審判，肅清的事件後，很多Bionic戰士被關進監獄或判處死刑，剩下的流亡在外的人則成立了對FSA懷有極大敵意的組織：BioReign，生化戰士聯盟，也就是遊戲初期用核彈引爆了城市的恐怖組織。
我們的主角Nathan Spencer並沒有參與到這個組織中，當年的信天翁計劃中救回的Super Joe陷害了他，給他下達了壹個刺殺任務，Spencer因為這個任務卻被判了謀殺罪因此被判處死刑關進了監獄。
這裏不得不先說壹下Super Joe,他在Capcom早期的很多遊戲中都出現過，原型是來自當時火得不行的美國動畫片： G.I.Joe這個名字，也就是80後都應該熟知的“特種部隊”，（原著中G.I.Joe是壹項計劃的名字，而非單個人物），因此本作開始時得知 Spencer被他陷害入獄的時候還是相當的震驚的，自然，後面的反叛劇情也有相同的效果，因為這個角色基本上就是類似奧特曼那樣的典型正義形象。此外，在任務過程中的通訊來看，Joe在肅清政策時候的行為是在極力保護生化戰士，忍辱負重的維護生化戰士應得的權益。
Spencer對FSA和Joe沒有好感，但是Joe卻說他知道Spencer當年失蹤了的妻子Emily的下落，稱如果任務完成就可以告訴他找到妻子的線索，此外Spencer也不認同恐怖組織傷害無辜百姓的行為，因此接下了這個任務開始潛入計劃。
在過程中Joe所隸屬的組織，TASC（戰略安全委員會）的Armstrong將軍指出Spencer的任務是回收收藏在已經被bioreign摧毀並占領的城市中的某個Item，而此物的真實信息是連 Joe的職位都不能得知的高度機密----從最後來看，這東西貌似就是壹個能量核，可以啟動成千上萬的禿鷲機器人（也就是遊戲中提到的Project Vulture）。很明顯bioreign的人也在搜索這個東西，這也是他們本次行動的根本目的。
任務過程中Nathan遇到了同是生化人的前下屬Mag：她的改造部位是腿部，由於政府的Bionic Purge政策只能導致她重新坐上輪椅，因此加入了BioReign，此外從Hack的信息得知，Mag應該是壹直暗戀著Nathan，並且對可能因為 Nathan的改造事件而離家出走的Emily非常不屑。-----這個角色很可惜，最後死得毫無價值，編劇實在是......(此外, Nathan還遇到了原先隸屬於TASC的神秘狙擊手-----應該是戰場之狼那個遊戲裏面的Tom)
從Hack的信息得知,Nathan的妻子當年留下了壹張紙條後離開,雖然Nathan說那是偽造的,因為語氣不正常,但是由於鄰居稱他們夫妻曾經有過激烈的爭吵,警方還是放棄了搜索行動; 此外Nathan在關押期間的錄像曾拍下他撫摸著拆除了生化手臂後的插槽,露出某種類似相思病的花癡表情........
最後階段, Nathan終於得知Joe就是那個利用政府職務之便,暗中成立BioReign的幕後黑手,他的目的其實是利用禿鷹計劃用武力奪取政權, 因此他利用了那些被迫害的憤青生化人，同時也壹早就計劃好要利用Nathan，通過Spencer的任務讓那個Armstrong將軍暴露了能量核的真實地點。
跟他合作的那個生化人Boss從檔案中可以得知，應該是當年信天翁計劃中Imperial中的壹名幹將，印象中FC原作中沒有登場，在重制版中登場過,典型的武力至上的腦殘軍人。
當年的生化人改造計劃Joe也是發起人之壹, Emily是在他的勸誘之下參與了試驗, 用某種方式成為了當時在戰場被手榴彈炸掉左臂的Spencer的生化改造的催化劑。遊戲這裏沒有明說，但是從Joe的描述“最像人類的機械其實是用人類造的；生化部件需要和本體有著精神上的強烈牽絆”來看，Emily應該是被他們殺死從而使用她的腦細胞之類的東西成為了這個生化手臂的組成部分。
最終, 憤怒Spencer的撞毀了Joe駕駛的禿鷲, 萬念俱灰的從空中墜下.........字幕過後,大家再次聽聽片頭帶著點憂郁的鋼琴版主題曲, 細細品味壹下吧......