本作除了少數CAPCOM約定的“常駐怪物”，幾乎完全拋棄了1-2代所有的怪物，甚至包括古龍種也壹並舍去，並建立了壹套全新的生態層，從最低級的狗龍王到古龍種的峯山龍等，均是全新的怪物群，而後此怪物群體被稱為“怪物獵人3系怪物”，與1、2系怪物區分。
除此之外，怪物的動作有了很大的變化，很多經典動作被重新設計，與前作相比不再生硬，同時根據生態增加了熔巖，泥塊等新的部位破壞方式，使得狩獵體驗更加新穎。
另外，本作中所有的老地圖均不出現，地圖皆為全新地圖，其中包括散發生命氣息的“孤島”，綠洲與沙漠並存的“砂原”，甚至是常年極端低溫的“凍土”等新圖，都與原先的場景有著很大的不同。而且最具有特色的是兼帶有農場與狩獵區功能的“莫加之森”（使用“孤島”地圖），不僅可以無限制的采集素材，壹些怪物也會隨機在這裏出現，可以打到珍貴的交易特產，用來與交易船進行道具交換。 本作壹***擁有7種類型的武器，取消了銃槍和弓，輕弩與重弩合並並且改為模塊化，新增加了斬斧，斬斧同時具有劍與斧的形態，同時兼帶弓的瓶子系統，可謂操作靈活，易懂難精的新式武器。
除此之外舊武器也有了新的動作：
大劍：橫掃與三段蓄力斬
片手劍：上斬和盾擊
太刀：大氣刃斬與氣刃槽
大錘：蓄力本壘打
長槍：橫掃與防守反擊 本作的怪物中加入了新的種類：海龍種，同時也是配合水中戰鬥而出現的全新物種，與魚龍種同樣為適應水中生活的種族。比較起水棲的魚龍種的話身體的構造接近陸地棲動物，前足是四足步行用的腳，像鱷魚壹樣地在陸上活動也可。遊的時候身體和尾巴起伏使之得推力。
位於生態系統上位，也有大型的種類有把巨大的船破壞的壓倒性力量。 棲息地主要為大海,不過生活範圍廣寬，適應淡水的物種也在，也有與魚龍種的溶巖魚同樣地生活在火山地帶的種類。 怪物獵人系列的家用機版通常只有少量的村任務（單人任務），而多人任務則需要接駁網絡的“集會所”，因為家用機前作在PS2平臺上要進行在線遊戲需要配備PS2 Network Adaptor，並且需要去專門的網站進行月費繳費，如此的高門檻使得家用機版並未出現十分火熱的場面，反而攜帶版系列（PSP）由於可以面對面的多人遊戲而受到了好評 。
本作的在線多人部分為“街”，是米德加爾德最為熱鬧的地區之壹，而怪物獵人3由於轉移至wii平臺，與任天堂自社的Nintendo WiFi Connection（簡稱WFC）高度融合，使得在線遊戲變得十分便捷，不僅不需要購買專門的設備，而且只需要在有無線wifi的環境下即可享受在線遊戲的樂趣，除此之外，日版的在線費用只需要利用wii point即可繳納，而wii point的購買則非常多樣（信用卡購買與專屬充值卡），壹切操作均可在wii主機上完成，日版的月費為3個月1000p（約合1000日元，83人民幣），而美版則為免費。 《怪物獵人3》是系列第壹個，Wii平臺第3個滿分遊戲，也是《怪物獵人》系列目前為止的唯壹壹個滿分作品。整個遊戲繼承了壹如既往的高素質 。