口袋妖怪火紅的樹葉綠色設置在虛構的官渡，壹個基於日本關東的島嶼。官渡是神奇寶貝世界中的壹個獨立區域，包括很多神奇寶貝的棲息地、人類的聚居地以及地方之間的道路。有些區域只能在玩家獲得玩家神奇寶貝家族的特定物品或特定技能後才能到達。在劇情的最後，主角可以去紅綠版中沒有出現的七個島嶼進行冒險。七個島，尤其是三個小島，基本上都居住著城市特有的神奇寶貝，島上主要是通關後的劇情任務。以上任務完成後，玩家可以與豐原交換神奇寶貝。火紅葉綠版遊戲的主角是壹個住在小鎮的不知名的小孩。當主角開始旅行並步入草叢時，達木博士攔住了主角，並解釋說，這樣的草叢中居住著野生神奇寶貝，遇到它們非常危險。他把同樣是神奇寶貝訓練師的孫子小茂介紹給了主角，兩人選擇了各自的新手神奇寶貝，互相對戰——這種情況在隨後的旅程中時有發生。
來到下壹個城市後，主角被要求為達木博士帶壹個包裹，來到達木博士的實驗室後得到壹本神奇寶貝繪本，裏面可以記錄遇到的神奇寶貝。達木博士要求主角實現他的夢想，為他收集遊戲中所有關於神奇寶貝的信息。
主角在前往地區各個城市的過程中，會遇到被稱為道觀的設施。在道場中，有道場訓練師，主角需要在神奇寶貝遊戲中擊敗他們才能獲得道場徽章。贏得八個會長後，主角就有資格進入由當地最優秀的訓練師組成的神奇寶貝聯盟。在那裏，玩家將挑戰四大天王。在遊戲中，主角還需要對抗濫用神奇寶貝力量的敵對組織火箭隊，並面對和擊敗該組織的首領阪木。