美國軍事陰謀:
在美軍劇情中，玩家可以控制三個人。壹個是約瑟夫·艾倫，壹個是詹姆斯·拉米雷斯，還有壹個是空間站的宇航員。
遊戲開始時，玩家控制著隸屬於美國第75突擊隊的約瑟夫阿倫，在阿富汗執行任務。後來因為表現出色，被謝潑德將軍招募加入141特別小組，被任命為潛伏在馬卡羅夫極端組織的美國中央情報局臥底。隨後，由馬卡羅夫組織，艾倫在紮卡耶夫國際機場實施恐怖襲擊，向平民開槍。但後來艾倫的身份暴露，從機場撤退時被馬卡羅夫殺死。馬卡羅夫以此為“口信”，把責任推給美國。果然，俄方在對機場事件進行調查後，認為此次恐怖襲擊與美國有關。之後俄羅斯利用ACS模塊(見141特種兵的劇情段落)癱瘓美軍衛星網絡，對美國發動了戰爭。此時，玩家開始控制第75遊騎兵團的列兵詹姆斯·拉米雷斯(James Ramirez)，並跟隨福利中士的領導在華盛頓附近抵抗俄軍精銳部隊。戰鬥中，拉米雷斯的隊伍遭遇伏擊，陷入危機。此時視角轉向太空，玩家控制壹名在空間站執行任務的宇航員在太空中“觀看”壹顆原子彈在高層大氣中爆炸的場景(見141的特戰隊劇情段)，隨後空間站被原子彈產生的沖擊波摧毀，宇航員不幸遇難。原子彈爆炸後產生的強電磁脈沖(EMP)使美國東部所有電子儀器(包括俄羅斯的)癱瘓。拉米雷斯的軍隊得到了戲劇性的保存(此時激光瞄準鏡等電子產品因EMP攻擊無法使用)。但美國空軍誤以為華盛頓淪陷，準備對華盛頓發動空襲。拉米雷斯的部隊在俄羅斯車輛癱瘓並發射照明彈的情況下奪回白宮，導致美國空軍終止空襲任務。
141特戰劇情:
在141的故事中，玩家可以控制加裏·“小強”·桑德森中士或船長約翰“肥皂”塔維什。
141特戰隊的劇情開始於哈薩克斯坦天山。玩家控制的角色是加裏·“小強”·桑德森中士(以下簡稱蕭薔)和索普上尉，他們前往天山某俄軍機場回收衛星的ACS模塊，以防止機密落入敵人手中。然而，俄羅斯在141特別小組之前破解了該模塊，並在機場事件發生後，利用模塊中的相關信息癱瘓了美國的衛星，發動了針對美國的戰爭。141特戰隊判斷馬卡羅夫是這場戰爭的主謀，於是他們開始調查馬卡羅夫的蹤跡。141特別小組找到了壹個可能與馬卡洛夫有關系的軍火商，於是他們去了巴西，但沒有得到任何有價值的信息。在壹次人質解救任務後，謝潑德將軍讓索普等人去俄羅斯“古拉德”監獄解救壹名罪犯，說馬卡羅夫非常痛恨這名罪犯。激戰之後，原來罪犯是《使命召喚4:現代戰爭》的普萊斯隊長，已經蹲了好幾年監獄。索普歸還了普萊斯的槍(前作中殺死紮卡耶夫的手槍)。營救成功後，謝波德將軍要求141特別小組繼續追查馬卡洛夫的下落，但普萊斯要求先用極端手段解決美俄之間的戰爭，與謝波德將軍的聯系中斷。隨後，141特種部隊劫持了壹艘俄羅斯潛艇，並向美國華盛頓高層大氣發射了壹枚戰略導彈。原子彈爆炸後，141特戰隊分成兩隊執行任務。壹隊由索普和普萊斯組成的隊伍進軍阿富汗，第二隊由幽靈和蕭薔在馬卡洛夫的壹座別墅中聯合偵查，截獲了非常重要的情報，但蕭薔在撤退時被前來迎接他的謝波德將軍出賣並殺害，情報也落入了將軍手中。之後，鏡頭轉向索普的部隊。普萊斯和肥皂在阿富汗機場遭到襲擊(包括俄軍和美軍)，最後被前來迎接他們的尼古拉解救。這時，謝潑德將軍把普萊斯和肥皂列為世界頭號通緝犯。普萊斯和索普最終意識到謝潑德將軍是這場戰爭的幕後黑手，所以他們決定為“幽靈”和蕭薔報仇。他們潛入謝波德將軍居住的軍事基地。經過壹系列激烈的戰鬥，謝波德將軍被頭部受重傷的“肥皂”飛刀殺死。隨後尼古拉乘坐“鳥”直升機去見普萊斯和索普，並說要帶他們去壹個“好地方”，141特別小組的故事到此結束。
關於真相:
謝波德將軍是五年前《使命召喚4:現代戰爭》中負責美軍線路作戰的總指揮官，他也是壹個極端的愛國者(類似於前作中的紮卡耶夫)。在那次原子彈事件中，他目睹了數萬士兵的突然死亡，美國的形象也受到了極大的影響。謝潑德將軍更不滿極端組織奪取俄羅斯控制權後美國政府的軟弱態度，以及原子彈事件後美國海外駐軍的尷尬處境。他決定利用馬卡羅夫發動壹場戰爭(即美俄之間的戰爭)，希望改變美國的腐朽現狀，重塑美國在俄羅斯夾擊下的世界霸主形象，然後想辦法鏟除馬卡羅夫。參考資料:
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