男女主角都有新的設計，分別是小湘和秦音。
遊戲音樂被重新編排以適應DS平臺。遊戲中可以獲得壹個GB音樂盒，切換回金銀版的音樂風格。
音效在遊戲中被廣泛使用，比如水流聲、風吹過的聲音、主角走進草叢的音效等。
神奇寶貝設備采用了全新的設計，界面風格可以根據玩家的選擇而改變。
城市首都的插圖略有變化，增加了壹些第四代出現的神奇寶貝進化。
就像火紅葉綠版壹樣，進入特定地點會顯示場景，有些地方的場景會隨著時間的推移而不同，有些地方還會顯示出現在這個地點的某種神奇寶貝。
火箭隊成員有了新的設計，新的火箭隊幹部有四個，分別是阿波羅、雅典娜、拉姆達和蘭斯。正如星系幹部的名字與行星有關，火箭幹部的名字與現實世界的火箭有關。
洛奇亞和鳳凰王有他們自己的戰鬥音樂，而雷公、顏地和水軍在水晶版本中使用了戰鬥音樂的復制版本。
以前的樹和果樹都變成了圓圓的橘黃色的果樹。
和白金版壹樣，道場訓練師、四大天王、對手、小智都有動態的戰鬥形象和導入形象。許多道場大廳也有新的設計和新的謎題。
碎石從技能學習者變成了秘傳學習者，清濃霧不再是秘傳學習者，對應的秘傳學習者05變成了潮湧。
攀巖和秘傳技能學習者08的鉆石珍珠白金版壹樣，需要長盤道場的綠色徽章才能在戰外使用。同樣的洞穴和懸崖可以通過攀爬到達。
磁懸浮列車的軌道可以在32號公路和金曼市看到。
朋友公園位於淡紅市的野元野區。
玩家可以看到自己的官渡徽章，金銀版只能看到成都的徽章。
朱元城和蔚藍城曾經有相同的主題音樂，但現在他們使用不同版本的主題音樂。
官渡的壹些音樂發生了變化，簡悅山和雙子島分別成為了與互聯洞和冰雪通道相同的音樂。花藍城、淺紅城、紅蓮島、24號路不再使用與尼碧城、彩虹城、黃金城、3號路相同的音樂，而是回歸到紅綠藍黃版本和火紅葉綠版本所使用的音樂。但是，Road 2的音樂不同於以往任何壹部作品；金銀晶使用的長盤森林音樂重制版是紅綠藍黃版和紅紅綠版的路1的音樂，心金魂銀版使用的是路3的音樂。
可以通過電梯登上金色接待塔的觀景臺，代替第二個錄音棚。
若葉鎮和14路出現了風力發電機。
在觀察神奇寶貝在戰爭之外的能力值時，由於性格的影響，能力值下降的會有藍色標記，能力值上升的會有紅色標記。
二。地點變更———
空木研究室有二樓，空木博士壹家住在裏面，而尹琴/瀟湘壹家住在原來的房子裏。
淺黃城西的水晶版戰鬥塔變成了和白金版壹樣的戰鬥發展區。
蔚藍城西，新建47路、48路兩條道路，通往野元野地區、葬塔、崖洞。
白音山變得比以前大了，長盤林恢復了原貌。
華蘭洞和雙子島保持了和火紅葉綠版壹樣的存在(雖然夏波還需要在雙子島挑戰)，可以和其中傳說中的神奇寶貝對戰。之前出演過《冠軍之路》和《登登山》的火焰鳥，在《心、金、魂》銀色版中出演了《白音山》。
黃金城的格鬥道場和深澳差不多，可以再和道場訓練師打壹次。
ⅲ遊戲過程變化————
和皮卡丘版本中的皮卡丘壹樣，所有493只神奇寶貝都可以跟在主角身後，閃現會保留下來。玩家可以按A鍵與神奇寶貝交流，查看心情。戰時會從側面出現神奇寶貝，而不是寶寶球。除非有壹些特定的情況，比如騎自行車，或者較大的神奇寶貝進入較小的空間。
在兩個版本中都可以遇到鳳凰王和洛奇亞，只有和心金版的鳳凰王和魂銀版的洛奇亞對戰才能參加神奇寶貝聯盟，魂銀版和紅藍翡翠版，鉆石，珍珠，白金版差不多。在原著中，沒有必要與鳳凰王或洛奇亞作戰。
來自朱元舞廳的五名舞者已經多次出現在遊戲中，並將尋求主角的幫助。在接到空木博士的頭球後，每個舞者將與主角對打。通過比賽後，他們將前往塔格，鈴鈴或SS，漩渦群島，並通過跳舞分別召喚鳳凰國王或洛奇亞。
此外，在原著中，主角需要在朱元舞廳與五名舞者比賽，並獲得深奧的學習裝置03(沖浪)。《金魂銀心版》裏，是和壹個闖入圓朱舞池的火箭球員的戰鬥。
鋼鐵，圓橙果和對應的神奇寶貝球會出現在心魂銀版，圓橙果可以放在圓橙盒裏。水晶版可以讓鋼鐵同時做多種寶貝球，但是沒有加到心、金、魂銀版。
彩虹之羽和銀色之羽只能讓主角分別進入鈴鈴塔和漩渦群島，舞者獲得透明鐘或海鐘後才能分別召喚鳳凰王和洛奇亞。但由於心金版無法獲得海鈴，魂銀版也無法獲得透明鈴。進入神殿後，妳不需要鈴鐺道具來分別對抗洛奇亞HG或者鳳凰王SS。
和原著不同的是，只有完成了壹些特定的任務，比如拿到了魔法裝備的接收卡，才可以繼續遊戲，才可以挑戰小西。
生氣饅頭成了重要道具。
把官方送來的不同顏色的投球帶到桐樹林神社會引起事端，會有穿心的投球。
神奇寶貝存儲系統，背包，團隊界面，遊戲菜單的操作完全可以使用DS的觸摸屏。
其他地區的傳奇神奇寶貝，包括蓋歐卡HG和豐原的古拉多SS，都可以在《心、金、魂》銀色版中獲得。把古拉多和蓋歐卡帶到同壹個遊戲中，帶他們去見達木博士，然後得到烈空坐。在與大武交談後，雷神HG或拉帝歐斯SS將在官渡附近漫遊。在官渡的某些地方可以遇到火焰鳥、冰封鳥和閃電鳥，在華蘭洞還會出現超夢。
辛西婭將出現在與阿爾宙斯有關的事件中。帶著阿爾宙斯去阿盧夫廢墟，然後妳可以進入沈度廢墟，獲得等級為1的帝牙盧卡、帕路奇犽或螯合蒂娜。因為白金玉魂是不能帶到神奇寶貝上進行交流和交換的，所以只能通過白銀版的心金魂來獲得白金玉魂和原騎拉蒂納。
神秘之水晶是壹個類似於無限票的道具，可以再獲得壹個無限神奇寶貝(拉帝歐斯為金色版的心，拉帝亞斯為銀色版的魂)。
用鐵頭技能打到特定的樹還是可以遇到野生的神奇寶貝，但是在得到心金魂銀版的國民繪本之後也可以在豐原和深澳的地方遇到神奇寶貝。
把遇到命運的潔咪帶到金曼市的花店，妳就可以得到Gracetia鮮花。
水晶版出現的米那君，心金魂銀版也出現了，追水軍。
在金曼市的西北部，有壹個新的競技項目，神奇寶貝全能比賽，類似於其他遊戲中的華麗比賽。
與火紅葉綠版自帶的GBA無線通訊器類似，心金魂銀版會附帶壹個神奇寶貝球形狀的魔法計步器，可以與遊戲連接，並在其中存儲壹個神奇寶貝。用魔法步伐行走可以增加經驗和對神奇寶貝的親和力。壹些神奇寶貝可以在魔法步驟中被帶進遊戲。
銀版心金魂中的果實可以與桔梗城和淺紅城的魔法師交換，在魔法計步器中獲得，藏在地上，或者在媽媽幫助購買後送到友好的商店。因為有些水果是不能直接獲得的，需要從紅葉綠版之類的其他版本中兌換。雖然這種水果不能像在那些有豐富的利潤和神聖的奧林匹克運動會的地方那樣在地面上生長，但它可以在傑尼龜的水果種植園裏生長，並用灑水車澆水。
風速鞋可以在季華市場獲得，可以在菜單中選擇，然後不用按住B鍵就可以使用。重要的註冊道具(原來按Y或SELECT使用的道具)也可以直接在觸摸屏上選擇。兩個重要道具可以註冊銀版心金魂。
因為沒有戰鬥探測儀，魔具的電話功能可以讓訓練者無限次戰鬥，但是能不能再次戰鬥的訓練者取決於時間和星期。
擊敗小智後，可以分別從達木博士和大武處獲得官渡和鳳園的初級神奇寶貝。
出現在城市和官渡的攝影師，可以為訓練師和隊伍拍照，也可以為道教訓練師和壹些名人拍照。
受賽事限制雪拉比可以讓前火箭隊領隊、前長盤道場訓練師阪木出場。
很多神奇寶貝可以學習新技能。例如，鮑比可以通過遺傳學習神奇的力量。
獲得16徽章後，可獲得壹個GB音樂盒，切換背景音樂風格。新音樂，比如47路和48路的音樂，也有GB風格的版本。壹些GB風格的音樂，比如《遊戲怪胎》的片頭曲，可以通過Magic Gear的播放功能收聽。
在戰外使用潮汐漩渦時，漩渦不會像金銀版那樣消失，而是直接穿過漩渦。
用壹定的基礎道具下蛋，可能會繼承神奇寶貝的個體價值。
長盤城的訓練師之家將會是壹個通過兩個神奇步驟進行交流的訓練師。
當它第壹次與它的主要對手作戰時，它的名字顯示為壹個路過的少年，而不是在原版中？。回到若葉鎮後，我們還是要給他起名。
在桐樹林提供鐵頭功夫技能學習者的人成為了技能老師，可以教神奇寶貝無限次習得鐵頭功夫。
與水晶版類似，雷公、顏地、水軍依然會離開燒焦的城樓，然後雷公和顏地會在城府四處遊蕩，水軍會出現在城府和官渡的很多地方，最後在25號路上相遇而不是鈴鈴城樓。
類似於神奇寶貝手表的標記地圖功能，魔法裝備的地圖可以追蹤神奇寶貝的位置，不需要先和雷公、顏地(還有拉迪亞斯HG、拉帝歐斯SS)見面就可以追蹤到。
在原著中，真正的Janine在道場的左下角，而不是在正中央；心中，金魂銀版，Janine位於道觀中心。
在《心金魂》銀色版中，妳可以飛到神奇寶貝聯盟的接待處，從接待處或應時高原飛到官渡或成都的任何地方。有意思的是，在26路可以飛到京城，而在更往西的27路只能飛到官渡。另外，火紅葉綠版可以飛的4路和10路的神奇寶貝中心，心飛、金魂銀版都無法到達。
參考資料:
神奇寶貝百科全書