火車系統:《軌跡》和歷代塞爾達傳說最不壹樣的設定大概就是火車的存在了。與他之前的作品《風之杖》和《沙漏》不同，林克沒有在海洋上航行，在島上冒險，而是變成了鐵軌上的火車，在停靠點冒險。軌跡是系列中第壹次出現車輛“火車”。在遊戲中，玩家可以操縱林克在遍布鐵軌的平原上航行。《軌跡》的火車行程受到路線上鐵路軌道的限制，如果撞上敵方火車，會立刻打過去，比前作自由度小。
在與列車相關的輔助任務方面，軌道列車增加了接送乘客和運輸貨物的輔助任務。在遊戲中，有些NPC會要求搭載Link的列車或者運送貨物到其他車站，滿足他們的要求，就可以解鎖全新的軌道。這個設定完成度挺高的，任務量也挺大的。其中有些是可以重復播放的——但這也導致了遊戲“軌跡”的大部分全過程都是在列車啟動中完成的，這是不可避免的。
說到火車，就會提到本的名字。《大地之哨》的日文翻譯和《靈魂軌跡》的英文翻譯雖然不同，但都擊中了遊戲的中心思想，那就是在大陸上開火車的冒險。有的解釋簡單地把“哨子”這個詞解釋為火車哨子，強調這個哨子在遊戲中的各種用途，這是完全錯誤的；這裏的汽笛指的是火車。
火車零件系統:這個系統可以說是繼承了沙漏的船零件系統。在這款遊戲中，林克將在他的冒險中獲得壹些寶物，這些寶物可以用來換取新的火車部件，包括車頭、乘客車廂、貨物車廂和大炮。壹整列火車只需要四個零件，比之前遊戲“壹艘船需要八個船零件”簡單多了。這種用寶物換零件的方式，也比之前“打開寶箱隨機獲取”的方式更人性化，讓火車零件的收集更有目的性。而火車零件除了改變火車外觀，增加火車的耐用性外，沒有多余的用途。這也是之前作品的問題，Trajectory壹直沒有改進。
樂器演奏:《軌跡》的樂器演奏是迄今為止整個系列中最接近真實樂器演奏的。在遊戲中，林克可以演奏壹種叫做“靈笛”的樂器，通過演奏特定的曲目來解謎。這種設計在《塞爾達傳說》系列中很常見，但《軌跡》將它帶到了壹個新的高度:演奏樂器時，我們需要在觸摸屏上“觸摸”笛子來控制樂器的位置，並且必須向ds的麥克風吹氣，笛子才會發出聲音——相當於整個手持設備變成了壹個可以演奏的樂器。此外，《軌跡》首次在遊戲中加入了“合奏”系統。在劇情中，林克需要和公主、賢者壹起演奏壹些感人的音樂，無論是樂感還是節奏感都是對玩家的考驗。每壹次表演都有很強的代入感，每壹次合奏都有很出色的編曲，相比之前的作品《沙漏》有很大的進步。
雙重謎題:說到軌跡，就不得不說說《軌跡》中林克和塞爾達公主的互動。這部作品中的迷宮“靈魂之塔”繼承了《沙漏》和《海王神廟》中“幻影騎士”的敵人，但在這部作品中，林克可以通過攻擊幻影騎士讓塞爾達的靈魂融入其中，從而同時操控林克和幻影騎士。沙漏中首次出現了這種兩個人的觸屏操作，軌跡將其推廣到了遊戲主線中的解謎部分，設計了壹些精彩的雙人拼圖。遊戲中，不同的幻影騎士效果不同，有的可以點亮平臺，有的可以瞬移，有的可以滾動。有些謎題只有特殊的幻影騎士才能解開。林克可以騎在幻影騎士身上，和幻影騎士壹起推門，甚至可以用鞭子抽打幻影騎士...很多樂趣都在等待玩家去發現自己，值得壹試。
隱藏站挑戰:說到軌跡的側面任務，除了火車載客載貨，還得說說‘隱藏站’。在軌跡地圖上有壹些隱藏的站，可以通過解鎖新的軌跡到達。這些站壹般都有珍貴的收藏寶藏，但都需要鏈接解決壹些謎題才能到達。這種迷宮般的邊拼圖有時甚至比主拼圖還要耗時，在某種程度上非常具有挑戰性。
Boss Rush挑戰:壹款在《軌跡》中相當出彩的小遊戲，Boss Rush(boss Sweep)遊戲。遊戲分三關，讓林克挑戰壹群群敵人，有點類似於《風之杖》和《黃昏公主》系列中的“試煉洞”。但不僅如此，這款遊戲還允許林克反復挑戰迷宮中出現的boss，為遊戲增加了重復玩法的可能性——在第三關結束時，還可以挑戰隱藏的boss，經典的暗影林克。這種對boss設定的反復挑戰，在之前的遊戲中是沒有的。這個設定在後來的《時笛3d》和《天空之劍》系列中得到了繼承。