德斯蒙德劇情:德斯蒙德作為壹名擁有遠古第壹文明血統的刺客，曾經被聖殿騎士組織asir go作為實驗體逮捕，目的是通過他的血液尋找祖先記憶中金蘋果下落的片段(所謂的金蘋果就是遊戲開始沒多久就被boss搶走的球體)。後來，德斯蒙德被另壹名刺客露西救出，並開始與另外兩名刺客合作，準備利用該裝置先得到金蘋果的下落，以防止其落入聖殿騎士手中。德斯蒙德在探索中接連獲得重要信息，並通過塞爾吉奧在奧迪托雷莊園留下的信息，最終在鬥獸場的秘密通道中找到了金蘋果。但當德斯蒙德得到金蘋果後，第壹文明的祖先朱諾開始操縱德斯蒙德殺死露西，隨後德斯蒙德陷入更深的昏迷，開始探索自己的晚年生活...(註:露西是聖殿騎士成員，刺客組織中的叛徒，所以朱諾會。)
喬治的劇情:跟隨第二代的劇情，喬治成功擊敗了教皇亞歷山大六世·羅德裏戈·博卡，獲得了金蘋果和權杖，開啟了第壹文明的廢墟(也就是最初那個未來感很強的小空間)，並在裏面結識了朱諾，但很明顯朱諾的出現是為了正在回憶的德斯蒙德，喬治完全被忽略了。在艾吉奧未能獲得任何有用的信息後，他不得不和他的叔叔馬裏奧壹起回到奧迪拖雷莊園。然而，回到奧迪托雷莊園後不久，教皇的私生子凱撒·波吉亞開始帶領羅馬軍隊進攻奧迪托雷莊園，殺死馬裏奧，搶走金蘋果，重傷塞爾吉奧。不得已，阿吉奧只好帶領剩下的人及其家屬和刺客通過秘密通道逃離奧迪托雷莊園。艾吉奧傷心欲絕，決心讓波吉亞王朝徹底滅亡，於是踏上了前往羅馬的旅程。
在羅馬，塞爾吉奧接觸了馬基雅維利、拉沃爾佩和巴爾托萊梅烏·德·阿爾維亞諾等政界領袖、市民和雇傭兵，先後獲得了三方的支持和信任，從而形成了全民對抗博爾吉亞王朝的陣線。為了進壹步瓦解波吉亞王朝，喬治開始了四步(遊戲中主線和支線是交替的，比較混亂，我給妳整理壹下):1。清除所有的監控塔，復興羅馬廢棄的產業，成為羅馬最大的經濟操縱者(他家原來是搞財務管理的，所以天賦異稟~ ~)，這其中還包括殺死主線中凱撒最大的財源。2.解救被俘的女領主和羅馬執政官，從外部獲得壹方的支持，從合法政府獲得另壹方的支持，徹底把凱撒變成了賊，人人倒戈；3.招募反抗羅馬暴政的人，通過下水道建立強大的刺客網絡和軍事力量；4.除去凱撒賴以在羅馬生存的蠻族部落羅穆裏奧部落，使凱撒失去對叛軍的支持。
在獲得如此強大的權力後，阿吉奧開始準備去偷金蘋果，卻發現凱撒和他的私生父教皇因為權力分配的矛盾而大打出手，甚至凱撒殺了他的父親，還試圖殺死和他亂倫的親生妹妹(凱撒是他父親和孫女的私生子，這個家族...).於是Eggio斷定凱撒已經窮途末路，輸掉了比賽。得到金蘋果後，他用它們摧毀了自己最後的幾支部隊，並在羅馬領事的幫助下將他流放。後來，當愷撒中途逃脫，開始纏住其他城邦的軍隊進攻另壹個城邦時，他被壹個早已得知消息的刺客所帶領(歷史上愷撒被長矛刺死，在遊戲中因其與物理相通而將他推下城墻，使他自己體會到了生死)。就這樣，西歐的聖殿騎士團全軍覆沒，艾吉奧建立了橫跨歐亞非的刺客組織，建立了現在的王朝。
這就是全部的故事。不懂就問~ ~睡覺去~ ~ ~