1，中性結尾
只要不是完美或者屠殺的結局，結局都是中性的結局。有21個中性結局，取決於主角和怪物關系的結局。而中性結局永遠是結局。sans呼叫玩家。
2.幸福的結局
也被稱為和平路線。這個結局要求玩家在遊戲中不能殺死任何敵人。此外，玩家還需要同時和紙莎草、昂代恩、阿爾菲思三個索引人物成為好友。玩家得不到任何經驗值，也就意味著主角自始至終都會停留在LV 1。
3.大屠殺的結局
屠殺路線要求玩家殺死所有區域的所有敵人，包括廢墟、雪鎮森林、瀑布、熱點/核心。這也包括殺死所有的首領，也就是首領怪物。
4.偽完美路線
玩家完成屠殺路線後，如果玩家交易了自己的靈魂，那麽遊戲可以重新開始。但是，如果他們接下來玩完美路線，就會有壹個被Chara修改過的結局。
過程和結束:
遊戲開始，主角落在卡爾托加-12島上。此時島內處於正常時間線，因為奇點在1950處爆炸(遊戲背景介紹)，D博士(將軍)在大火中死亡，B博士在沒有D博士的幫助下發明TMD失敗，奇點出現，於是蘇聯放棄了E99的研發，封島。
這時主角進入了K12研究所的廢墟(這裏有個細節要註意，斯大林頭像後面的沙盤後面只有壹堵墻)，然後奇點爆炸了。主角穿越時空來到1950處新爆炸的研究所，在火海中救出了D博士(將軍)，使得整個時間線在1950處急轉直下。
所以當主角再次回到2010的時候，整個島都變了。D博士沒有在大火中死去，E99元素的研究也沒有停止(記得沙盤後面的墻，現在已經變成了壹扇門，說明研究所在1950大火後並沒有被放棄，而是繼續擴張)，而B博士在D博士的幫助下，在65438年繼續擴張。
這時D博士看到了TMD的價值，想把發明據為己有，但是B博士不肯交出TMD。結果D博士發動政變，占領了小島，殺了b博士，沒得TMD的D博士轉而研究其他，獨自研發了E99炸彈，把奇點改造成了反應堆。他還試圖用E99改造人體，制造出超級士兵。於是，各種怪物出現了。
當主角從1950回到改變後的2010，看到到處都是怪物，MIA12士兵和之前不在的反應堆的光束，主角的任務也從調查小島變成了阻止反應堆爆炸。主角在去反應堆的路上被MIA12的將軍(D博士)俘虜。將軍向他要TMD，但主角根本不知道他在說什麽，在即將被槍斃的時候被女主角救了出來，並給主角看了壹個預言，說主角會得到TMD，回到1955去救B博士，阻止將軍。
於是主角在預言的指引下拿到了TMD，致命的跑回1955救下了B博士，然後在B博士的指揮下穿梭於1955和2010之間收集物品，升級TMD，順便打小怪訓練新老戰士，壹路跌跌撞撞的來到反應堆，然後把E99炸彈帶到了反應堆沒有崩潰。
然而，當主角回到現代，他發現反應堆仍然即將崩潰。壹轉身就發現將軍在b博士身邊，壹堆廢話下來，主角才知道，原來壹切的起因是他在1950的大火中救了將軍。要結束這壹切，他還得回到1950殺掉救將軍的自己。
這個時候，故事就告壹段落了。根據妳的選擇，遊戲有三個結局，1個無限循環:如果妳殺了B博士，妳將幫助將軍修復E99反應堆，用妳自己的TMD征服世界。MIA12先解決蘇聯，再吞並世界。最後將軍覺得主角高度成功，於是在被征服的美國發展了自己的TMD，世界進入新的冷戰格局。
如果妳殺了將軍和醫生，沒人能阻止反應堆的爆炸。爆炸摧毀了阿拉斯加和西伯利亞。MIA12的殘余到處尋找將軍的殺手(主角)。E99的傳播導致怪物劇增，最終毀滅了美國和蘇聯。主角在殺死醫生和將軍後消失了。後來，在被毀滅的美國出現了壹個救世主，據說是壹個有上帝之手的人。
最後的結局和無限輪回並存。主角殺了將軍，然後回到1950的地獄，看到自己背著D博士(將軍)。此時他有兩個選擇，不開槍，於是現在的主角死在了火海中，而過去的主角會重復妳所經歷的壹切，進入無限輪回；如果開槍自殺，會發現自己在登島前在直升機上，然後基地傳來通訊，取消登島探索任務，壹切結束，時間回到正常軌道。