序章 歡迎回家 鳴人
開頭和動畫裏面壹樣，長大後的鳴人和自來也（好色仙人）回到了木葉村，第壹個遇到就是櫻。壹段劇情後就可以自由的行動了。(其中會有各項提示如按SELECT可以查看地圖)
地圖上面的紅色標記為目的地，很方便的指路方式。如果不知做什麽任務時可以站住不動壹會就回顯示任務了。
第壹個任務：Meet with tsunade in hokage‘s room(按著右上角小地圖前往火影辦公室找綱手）
見到綱手後，鳴人就會遇到自己第七班的導師旗木卡卡西。最後卡卡西會對鳴人和小櫻說他會在訓練場上等他們。
第二個任務： Go to training field (前往訓練場）
從綱手處出來後，出個木葉村大門後來到野外玩家迎來第壹場戰鬥。對手為小櫻（主要是讓玩家熟練下戰鬥的方法和技巧，無任何難度）
戰鬥條件為：不能覺醒 報酬為1000兩和NINJA PILLS 2個
戰鬥結束後小櫻會送給鳴人3個Ointment 和2個Paper bomb ，然後就可以前往訓練場了。到訓練場口時小櫻會問壹下，妳準備好了嗎？準備好了那就開打了。
雙方為鳴人加小櫻VS旗木卡卡西
戰鬥條件為：不能奧義（無法用終極忍術）和覺醒還有對方免疫所有負面效果
當把卡卡西打到壹定血量時，會出現QTE。（當然這個QTE有點報復的味道）最後小櫻打壞地面後，就進入第二階段水上戰鬥了。此時卡卡西會用雷切攻擊水面出面全屏的雷擊效果，當然玩家站在有陸地的地方就不會被攻擊到，而當卡卡西站在最上面的石頭時，就可以使用援護小櫻把卡卡西打下來。當最後壹條血的四分之壹時，就會出現QTE了，當QTE的星星達到壹定程度時就出現隱藏劇情（就是卡卡西的雷切與鳴人螺旋丸對拼時，卡卡西回想起以前的第七班。）
序章完
然後回到綱手處（Report to tsunade in hokage‘s room）
這裏有二個支線小任務
01. Advice session
按著地圖上的紅色標記走，走到山中家的花店前有壹個頭上有紫色標記的人（以後接支線任務頭上都會有這個標記）對話後，回到Leaf highway（與小櫻戰鬥的那裏）會看到壹個假的鳴人。戰鬥後壹路返回，在橋上會遇到My sterious man。花店門口發生對話後直接返回綱手那裏。
02. Licensing work
與靜音姐姐對話後入手3個Trading license離開後前往三個地方為：GEN STORE CARD SHOP 和BARBE-Q全部給完後回到火影綱手處完成任務。
從綱手處出來後，路上遇到了鹿丸和手鞠。和鹿丸談話時伊魯卡老師也到了。這時第壹章開始了。
第壹章 砂之國搶救
來到壹樂拉面處與伊魯卡老師發生對話，而同壹時間蠍與迪達拉也進入了砂之國，但是潛入失敗與風影我愛羅進行戰鬥。
戰鬥條件：不能奧義和覺醒還有對方免疫所有負面效果
第壹階段迪達拉壹直飛在空中。妳靠近後使用小奧義把迪達拉打下來。再用普攻攻擊，最好不要用小奧義血太少。（打到壹定血後出現QTE）
第二階段進入讓人十分開心的空中戰。打完壹定程度後進入QTE，然後再壹次空中戰。再把血打到壹定程度後進入QTE。按O（B）擊中後開始風影保護村子的QTE。
場景回到木葉，回到綱手處，得知砂之國被襲擊。然後跟著紅色標記來到砂之國(路上會遇到手鞠)。
到達風影辦公處得知我愛羅被俘。另壹方面綱手讓凱小隊前往砂之國支援隨地圖來到Land of Rivers遇見幹柿鬼鮫，並與他戰鬥。
戰鬥條件：勝利。（寧次與天天VS幹柿鬼鮫）
戰鬥條件：勝利。（凱和小李VS幹柿鬼鮫）
然後回到鳴人這裏，出砂之國時千代婆婆前往剛才打幹柿鬼鮫的地方。遇到了木葉村的叛忍宇智波鼬並發生戰鬥。
戰鬥條件：80秒內結束戰鬥、不能使用增大忍術、不能使用奧義
戰鬥結束後，來到曉這裏。曉完成了壹尾的封印。然後回到鳴人這裏，卡卡西班和凱班匯合後得知此地有結界封印。於是天天和寧次找出兩張印符並於自己戰鬥。
戰鬥條件：80秒內完成戰鬥。
凱和小李這裏也是兩張並於自己戰鬥。
戰鬥條件：80秒內完成戰鬥。
結界打開後，小櫻轟開巨石，但是只有蠍與迪達拉。先戰鬥是小櫻和千代婆婆VS蠍
戰鬥條件：不能用奧義、對方免疫所有負面效果。
小櫻的攻擊力極高，直接近身幾下△+O（Y+B）就可以打出QTE。QTE結束後來到戰鬥的最好看的地方。二人對戰百人眾。先於Y+A的方面近身按B把蠍打下來。註意的是第二階段的蠍的防極高。當他使用百人眾時註意回避或是用千代婆婆幫忙打散。但是他噴火時那妳只有回避了。最後壹條血的最後三分之壹時出現QTE。伴著小櫻的重磅的重擊後蠍被轟殺了。
回到鳴人這裏與迪達拉的戰鬥也開始了。
戰鬥條件：70秒內結束戰鬥、不能覺醒。
戰鬥結束後，我愛羅救出。但小櫻無法救治。最後千代婆婆用自己的生命換取了我愛羅的生命。
到此第壹章完結
和風影我愛羅分別後，眾人壹起回到木葉後。卡卡西前往報告，小櫻也離開了。然後鳴人前往綱手處，在壹樂拉面那裏會遇到自己的老師伊魯卡老師並發生劇情。
然後會接到第三個任務A certain match(前往訓練場)
來到訓練場會遇到牙壹行人，並發生戰鬥。
戰鬥條件：70秒內結束戰鬥、不能覺醒。
與牙的壹行人戰鬥結束後，再回去的路上會遇到鹿丸和丁次。再與丁次的聊天的時候，神秘人物出現並攻擊鳴人，發生戰鬥。
戰鬥條件：不能覺醒。
第二章 他們的聚會
來到綱手處發現上次戰鬥人名叫佐井，是第七班的新成員。當然新的老師也來報到了。是有初代火影細胞的大和隊長。並從小櫻那裏得知佐助的下落，眾人前往天地橋追捕佐助。
在來到森林後，大和為了更好的了解自己的隊友與佐井壹組和鳴人小櫻的壹組戰鬥壹次。
戰鬥條件：連協槽恢復速度減、不能回復隊伍防禦值、不能覺醒
當眾人來到天地橋時，發現大蛇丸和兜在那裏等候眾人了。
先進行的是鳴人與大蛇丸之間的激戰。
戰鬥條件：不能使用奧義和覺醒、對方免疫壹切負面效果
在戰鬥中大蛇丸血傷到壹定程度時，因為當處的事情和現在大蛇丸的話語讓鳴人心中的怒火爆發變成四尾鳴人狀態。此時就進入了射擊遊戲了。然後最後鳴人以超大的虛狗炮轟爆大蛇丸。
轟掉大蛇丸的三重羅生門後，劇情來到大和隊長這裏，用大和去尋找失控的鳴人並發生戰鬥。
戰鬥條件為：不能使用奧義
戰鬥結束後成功封印鳴人。並向大蛇丸的老家前進，但佐井離隊獨自前往。
來到最深處前，佐井出現，並聲稱自己殺死了佐助。並與鳴人發生戰鬥。
戰鬥條件為：不能覺醒。
戰鬥結束後，兜出現並說明了壹切並發生戰鬥。
戰鬥條件為：勝利。
戰鬥結束後，來到最深處，佐助出現，在壹段劇情後，正式開打。
戰鬥條件為：不能使用奧義和覺醒、對方免疫壹切負面效果。
在戰鬥過程中，會出現兩人在小時候的戰鬥。讓人感覺十分的給力。也體驗兩個真正友情的基礎。
正當佐助要用終結技時，大蛇丸出現阻止，並和佐助還有兜壹起消失。就這樣鳴人和眾人壹起回到木葉村。
至此第二章完結
眾人回到木葉村，伊魯卡老師對話完成以後。前往綱手處，壹路上佐井和小櫻都會歸隊。在綱手看到卡卡西和報告完成大和隊長。對話後卡卡西和大和要求鳴人前往訓練場，來到訓練場對話後並於卡卡西戰鬥。
戰鬥條件為：不能覺醒
戰鬥結束後畫面來到野外，此時曉的飛段和角都出現了。
第三章 曉的攻擊，阿斯瑪戰死
畫面來到鹿丸和阿斯瑪處，兩人對完話後，玩家控制阿斯瑪前往訓練場與鳴人戰鬥。
戰鬥條件為：勝利
戰鬥結束後，回到木葉村。和夕日紅對話（人妻的樣子真是好看呀。）道別後，與眾人會合。
劇情過後回到鳴人這裏，前往壹樂拉面處，並和紅對話。只後出現劇情，阿斯瑪等人與飛段和角都的戰鬥開始。
戰鬥條件為：勝利
壹段劇情後，阿斯瑪輸了，此時丁次和井野前來支援。並和飛段進行戰鬥。
戰鬥條件為：不能使用奧義
戰鬥結束後，鹿丸發現阿斯瑪已經戰死了。
畫面回到鳴人處，準備完成後並於卡卡西戰鬥。
戰鬥條件為：不能覺醒
戰鬥結束後，回到綱手處，對話後回到鹿丸處，追蹤飛段之死之森，並發生戰鬥。
戰鬥條件為：不能使用奧義
戰鬥後鹿丸與飛段脫離戰場，其他人與角都戰鬥。
戰鬥條件為：不能使用增加忍術
結束後回到鳴人處，鳴人接到任務前往死之森支援，劇情後回到鹿丸和飛段的戰鬥中。
戰鬥條件為：勝利。
解掉飛段後，鹿丸也為自己的老師完成的報仇。現在輪到鳴人這邊了。
戰鬥條件為：不能用奧義和覺醒、對方名疫所有負面效果。
角都HP壹定程度出現QTE，角都變身第二階段。角都第二階段防禦力非常低，很容易下血。不過要小心其空氣炮，擊中就會吹飛。HP壹定程度後進入第三階段。此時的角都攻擊有：空中吐火，風屬性的三條沖擊波，地面突刺和巨大的線壓下來（有時候壓下來還會橫掃），風火屬性的火焰橫掃。躲避其攻擊間隙，可用△+方塊風魔手裏劍攻擊。打掉壹點HP後，會出現QTE將其拉出來。這時候可以痛扁他，ooo上o系接xxoooo可以最大傷害。然後角都會變成火屬性狀態回到巨大心臟下。回避其攻擊後他會再次回到空中。反復即可。最後條HP1/3的時候出現QTE，最後用華麗的風遁螺旋手裏劍轟殺角都。
戰鬥完成後，大家壹起回到木葉並就地解散，接下來就是鹿丸和人妻紅的對話了。
至此第三章完結
第四章 鶴壁形成
劇情來到佐助這裏。在打敗大蛇的後，佐助開始他的復仇計劃的第壹步。殺死大蛇丸，並發生戰鬥。
戰鬥條件為：不能使用增大忍術。
戰鬥結束後，壹段劇情後大蛇丸就地反擊想奪取佐助的身體，卻被佐助反噬後並將其殺死。
從大蛇丸那裏出來後，按著紅色標記走沒多少時間就會發生劇情。蛇小隊的第壹位成員水月出現。水月為了驗證佐助的實力，與其發生戰鬥。
戰鬥條件為：不能使用增大忍術。
戰鬥結束後，水月認可佐助的實力，加入小隊。按著紅色標記進入洞穴，並找出三個紫色的封印，找出來後就可以和自己的幻影戰鬥。
戰鬥條件為：不能使用增大忍術。
戰鬥結束後，壹路來到大蛇丸的監獄，遇到了小隊的第二隊員香磷。按著指示的尋找小隊的第三個隊員也是最後的壹員：重吾。那時候應為重吾失控。與水月和佐助戰鬥。
戰鬥條件為：水月為勝利、佐助為不能使用忍術。
戰鬥結束後，重吾因為君麻呂的原因和佐助承諾加入小隊。就此蛇小隊全員到齊。
於此同時，曉再次出現，這次是迪達拉和阿飛（日後的宇智波斑）得知大蛇丸被佐助擊殺。所以準備尋找佐助來到曠地發生劇情。
戰鬥條件為：不能使用增大忍術。
戰鬥完成後馬上進入第二場戰鬥
戰鬥條件為：不能使用增大忍術、不能使用奧義。
戰鬥勝利後，迪達拉近乎瘋狂的狀態，想於佐助同歸於盡。
至此第四章完結
劇情後眾人得知佐助在最後壹刻從萬蛇王那裏得救。隨後朝著提示前往發生於宇智波鼬的劇情
戰鬥條件為：不能使用增大忍術、不能使用奧義和覺醒。
戰鬥劇情後佐助回想讓自己恐怖的記憶至此第五章開始。
第五章 兄弟
前往宇智波鼬的秘密基地，在路上遇見的了鬼鮫，水月讓佐助壹個人前行。讓他和鬼鮫交流交流。
戰鬥條件為：勝利
戰鬥結束後佐助來到宇智波鼬這裏發生劇情。壹場宇智波壹族的死鬥開始了。
戰鬥條件為：不能奧義和覺醒、對方免疫所胡負面效果。
接下來就是經典的壹段了，這裏符合原作控制佐助向後逃，也可以往前走。佐助絕望的喊著來るな、走到最後劇情發生。
戰鬥中最後部分佐助開始慢慢了解了這個讓他愛讓他恨的哥哥。然後哥哥戰死，佐助暈了過去。當佐助醒來後發現了阿飛，但是此時他的真實身份是宇智波壹族最強的忍者宇智波斑。並與佐助進述了宇智波壹族的真實情況。並把鼬的叛逃的真實原因告知佐助，讓佐助出現了報復木葉村的想法。
至此第五章完結
第六章 作者：自來也的英勇故事
畫面來到曉的佩恩和小南處，至此第六章開始了。
綱手與自來也的對話中得知曉的大本營在雨隱村，此時自來也決定壹個人獨自前往。壹路來到前往天地橋的分岔口處，出現劇情然後就是自來也回憶與鳴人的訓練的記憶。
戰鬥條件為：不能覺醒
然後自來也來到天地橋處發生劇情，自也來混進了雨隱村。但是佩恩還是感覺到自來也老師的到來。同時自來也也回憶遇到小南、佩恩、彌彥的時候。根據劇情提示發生對話，跟著就是於小南的戰鬥。
戰鬥條件為：不能覺醒
戰鬥結束後遊戲會問妳準備好了嗎？好了的話就選YES直接下去發生劇情，與佩恩進行死鬥。
戰鬥條件為：不能奧義和覺醒、對主免疫所有負面效果
戰鬥中，出現三個佩恩時，壹定要三個人同時擊倒才可以用決定性的QTE。戰鬥結束後出現劇情，自來也不敵被重創，重創後的自來也與佩恩的六道纏鬥，但此時只能移動和用普通攻擊。也許正想自來也自己所說的：ワシは諦める訳にはいかん。就這樣自來也用盡自己最後的壹點力量用超大螺旋丸轟殺掉壹個佩恩。這裏的BGM是讓人十分讓人悲傷的。
至此第六章完結
劇情來木葉的綱手處，接到第四個任務Secret mission（前往木葉之森）
路上妳會遇到壹個老婆婆發生劇情，然後在木葉之森先會有壹個人站在那裏不讓鳴人進去。此時妳要答對他的三個問題。順序為第壹個、第四個、第三個。完成後就可以進去了。然後會遇到好友風影我愛羅。發生戰鬥。
戰鬥條件為：不能覺醒。
特殊獎勵為：使用2次忍術、使用1次奧義。
戰鬥結束後，鳴人回到木葉。從卡卡西那裏得知綱手有事和他說。前往綱手處得到的是自來也戰死的消息。此時的鳴人完全崩潰了。只是慢慢的走出綱手處，此時綱手也哭了。鳴人慢慢的走向那個地方。
最終章 漩渦鳴人的故事
鳴人回想結束後來到木葉大門找深作，選擇YES前往妙木山，發生與卡卡西和小櫻的戰鬥。
另壹方面來到佩恩處，佩恩準備開始攻擊木葉村。
深作鳴人自然能力和仙術，壹路走來到訓練場，與幻影自來也戰鬥。
戰鬥條件為：不能覺醒
戰鬥結束後劇情來到砂之國，卡卡西從砂之國返回火之國。在火之國與砂之國交際處發生劇情。曉組織開始攻擊木葉。
壹路返回木葉村，發生劇情。當回到木葉時，木葉已被大規模破壞，卡卡西與佩恩戰鬥。
戰鬥條件為：勝利
戰鬥結束後，井野和丁次前來支援。再次與佩恩纏鬥。
戰鬥條件為：勝利
戰鬥條件結束後，劇情出現卡卡西被佩恩擊殺。
視線來到小櫻處，按紅色提示來到牙之裏。與其壹起與小南戰鬥。
戰鬥條件為：勝利
戰鬥結束後，繼續想前走。之至劇情處。
五代目綱手與佩恩戰鬥
戰鬥結束後，綱手不敵。小櫻根據地圖追上佩恩發生劇情。
此時佩恩使用神羅天征將整個木葉摧毀了。此時在小櫻的呼喊中鳴人以仙人模式降臨，與佩恩開始最終決戰。
戰鬥條件為：不能奧義和覺醒、對方免疫所有負面效果
戰鬥中將佩恩的血量打到壹定程度出現QTE，但是最後因為仙人模式壹下解除了。鳴人處於下風，但是雛田替鳴人檔下了致命的壹擊。鳴人憤怒了變為六尾的狀態。戰鬥進入第二階段，遠處躲避佩恩的石頭攻擊，可以用?遠距離攻擊，將其打至氣絕後上去QTE。幾回合後佩恩會使用地爆天星飛至空中，還會使用更巨大的石頭攻擊，註意提前回避。地爆天星飛來的石頭可以QTE回避。HP再打至壹定程度會再次出現QTE，出現劇情，鳴人與四代目波風水門的對話，緊接著開始最後的戰鬥，HP打到壹定程度出現QTE，之後仙人模式消失。佩恩最後壹條血1/5HP時出現QTE，最後以螺旋丸結束了佩恩。
戰鬥結束後，鳴人找到了長門，用自己的忍道讓長門看到了以前的自己。長門用最後的力量恢復了木葉的人和物。鳴人回到村子裏，所有人都來迎接他們的英雄—漩渦鳴人。
至此最終章完結了。手打的加分。