戰爭類動漫占了很大的比重。著名的有《機動戰士高達》系列、《超時空要塞》系列、《EVA》，還有《Code Geass 反叛的魯路修》。
機器人
機器人是科幻的主要題材。作品有《機動戰士高達》系列、《超時空要塞》系列、《EVA》《蓋塔》、《全金屬狂潮》系列、《Code Geass 反叛的魯路修》、《鍵姬物語》《京四郎和永遠的天空》等。
戰鬥與決鬥
戰鬥是日本動漫壹般不可缺少的。其戰鬥也不壹定是打鬥，有的主題是下棋、賽車、四驅車、籃球、棒球等。而決鬥有時會付出生命的代價。最主要有《機動戰士高達》系列、《超時空要塞》系列、《EVA》、《東京巴比倫》、《X戰記》、《火影忍者》、《死神》、《海賊王》、《遊戲王》系列、《Code Geass 反叛的魯路修》、《百變小櫻》、《血戰》、《家庭教師》、《鋼之煉金術師》等。
青春
這個世界上最值得謳歌的時光就是青春了，最廣為人知的就是漫畫大師安達充塑造的《TOUCH》和《H2》了，還有《蜂蜜與四葉草》，《鋼之煉金術師》。
偶像
許多動漫中都有偶像成分，可以更加貼近現在的青少年。如《超時空要塞》系列、機動戰士高達seed系列中的歌姬，《NANA》中的兩大樂隊。
美少女
可愛的美少女是吸引觀眾或讀者的元素之壹，大多數的動漫畫中美少女都是重要的角色。相關作品有《名偵探柯南》《EVA》《死神》、《美少女戰士》、《NANA》、《灼眼的夏娜》、《天地無用》、《櫻花大戰》、《偶像宣言》《逮捕令》、《我的女神》、《女生萬歲》、《魔卡少女櫻》、《七色星露》、《魔法少女奈葉》《聖少女》，《尋找滿月》，《神風怪盜貞德》，《風之聖痕》《吸血鬼與十字架》《這美麗又醜陋的世界》《撲殺天使小骷髏》《魔法美少女》《夜明前的琉璃色》《遊魂》《甜蜜偶像》《翼年代記》《永不消失的彩虹》《人形電腦天使心》《京四郎和永遠的天空》《神無月的巫女》、《CLANNAD》《機動戰士高達seed》《Code Geass 反叛的魯路修》。
美少年
帥氣的美少男是非常吸引人的，許多女孩子就是因為壹部動畫片的男主角很帥而喜歡上了這個動漫。作品有《隱之王》《死神》《彩雲國物語》《吸血鬼騎士》《完美小姐進化論》《惡靈獵人》，《柯南》《櫻蘭高校》《愛麗絲學園》《Kirarin☆revolution》《Code Geass 反叛的魯路修》《網球王子》《夏日的陽光》、《機動戰士高達》、《黑執事》，《鋼之煉金術師》《潘多拉之心》《07-GHOST（神幻拍檔)》等。
寵物
寵物是人的朋友，寵物給人帶來溫馨的生活。有時寵物還成了人的保鏢。作品有《侍魂》、《天地無用》、《寵物小精靈》、《數碼寶貝》等。
劍
劍是武力的象征，劍客的精神所在。作品有《侍魂》、《浪客劍心》、《大劍》、《食靈-零》等。還有《死神》《名偵探柯南》裏的服部平次也是劍道高手。
魔法
魔法是奇幻文學的主要題材。使人感覺離奇、神秘。作品有《羅德島戰記》、《夢幻模擬戰》、《幻想傳說》、《秀逗魔導士》、《今天開始變魔王》《東京貓貓》《魔卡少女櫻》《魔法少女奈葉》《七色星露》《愛麗絲學院》《魔法老師》《零之使魔》《魔法咪路咪路》，《機動戰士高達》（我保證高達裏絕對沒有魔法！）、《翼年代記》 等。
超能力
超能力十分神奇，在動漫遊戲中，有許多超能力者。如《Code Geass 反叛的魯路修》裏的geass和code；《僵屍借貸》女主角可以看到快要死的人，“活死人”們擁有硬化靈體的能力，《涼宮春日的憂郁》裏面的超能力者古泉壹樹，可以出入涼宮的“閉鎖空間”，對“神人”進行鎮壓，幫助涼宮恢復理智，平復情緒。而涼宮本身是神壹樣的存在，是真正意義上的“超能力”。《閃靈二人組》裏面兩個主角各自有著不同的超能力，其他人也有不同的超能力。《愛麗絲學院》裏有愛麗絲的超能力，《魔法禁書目錄》中的各人也有自己的超能力。《黑之契約者》中所有被稱作“契約者”的人們，也有著各自不同的超能力，只是他們運用超能力後必須付出各自的“代價”。《家庭教師》中黑手黨的各位都有戒指和匣子，算超能力；《機動戰士高達seed》中的seed也算超能力，。
忍者
忍者是十分神秘的職業。忍者十分機敏。在許多遊戲中都有忍者。關於忍者的著名動畫片是《烈火之炎》、《火影忍者》、《忍者亂太郎》。
神話、傳說
動漫遊戲常會借鑒神話和傳說。如《聖鬥士星矢》參考了《希臘神話》（也參見的但丁《神曲》），《KOF97》和《碧奇魂》參考了八歧大蛇的傳說，《EVA》參考了《聖經》，《僵屍借貸》中引用了我國古代的秦王令徐福尋找長生之法的傳說，男主人公之壹就是徐福以“屍解之法”創造的長生的存在。還有《死神》《毒伯爵該隱》、《地獄少女》、《少年陰陽師》等。
歷史
動漫遊戲常會參考歷史。如，《銀魂》《新撰組異聞錄》《浪客劍心》《鬼眼狂刀》
感情
感情是人類生活不可缺少的，通常是友情、親情、愛情。 作品有《EVA》、《機動戰士高達seed》《灼眼的夏娜》、《零之使魔》、《秀逗魔導士》、《東京貓貓》、《魔卡少女櫻》《聖少女》《TOUCH》《AIR》《Kanon》、《CLANNAD》、《玩偶遊戲》、《黑執事》、《家庭教師》、《skip beat》、《名偵探柯南》等。
生活
生活是動漫畫中不可缺少的場景，生活中常會發生幽默搞笑的事，如《人型電腦天使心》《蜂蜜與四葉草》、《玩偶遊戲》《願此刻永生》、《南家三姊妹》《妹妹公主》《家庭教師》《名偵探柯南》等。
校園
校園生活具有青春的活力，是純真友誼的體現。作品有《名偵探柯南》《網球王子》《TOUCH》《灌籃高手》《心跳回憶》《魔卡少女櫻》《下級生》《橙路》《愛麗絲學園》《櫻蘭高校男公關部》，《SA特優生》，《神風怪盜貞德》《玩偶遊戲》《K-ON》《零之使魔》《CLANNAD》《龍與虎》《守護甜心》《吸血鬼騎士》。
戀愛
愛情是人的情感之壹，是青春與美好的體現。作品有《心跳回憶》《我的女神》《高達seed》《東京貓貓》《下級生》《天地無用》《玩偶遊戲》、《魔卡少女櫻》《S.A特優生》《戀之魔法波波糖》《驚爆草莓》《京四郎和永遠的天空》《灼眼的夏娜》《零之使魔》《CLANNAD》《守護甜心》《初戀限定》等。
反派角色
有競爭的故事就有反派角色，反派角色造成了故事的波折使故事更具懸念。而且反派角色也很有魅力，比如八神庵（KOF）、牙神幻十郎、天草四郎時貞、羅將神水姬（侍魂）《愛麗絲學園》裏的zroe，《X戰記》 、《寵物小精靈》裏的火箭隊三人組、《鋼之煉金術師》中的人造人、《名偵探柯南》中的黑衣組織。
孤兒
在動漫畫中有許多孤兒，因為孤兒可毫無顧慮地冒險，沒有家長為他們擔心。例如《高達00》中的阿雷路亞和剎那，還有《海賊王》中的索隆、烏索普《名偵探柯南》中的灰原哀（宮野誌保）等多人。
心理學
萬事萬相由心苗所生，人的心理決定了人做事的動力。若能了解心理學便能更好地刻畫人物的性格。著名的有心理分析的動畫是《EVA》，還有《推理之絆》和《死亡筆記》上的犯罪心理學。
偵探
偵探故事比較有懸念，有許多非偵探故事也有推理的成分。著名的偵探動畫片是《名偵探柯南》、《推理之絆》、《少年金田壹事件薄》。其余作品還有《偵探學院Q》、《clamp學院偵探團》。
不死身
主人公通常是不死身，具有頑強的意誌，最終打敗了原本比自己強的BOSS，比如說《聖鬥士星矢》裏的男主人公星矢，擁有九尾的鳴人（《火影忍者》） ，《死神》中黑崎壹護，《Code Geass 反叛的魯路修》裏擁有code的c.c.。
完美
通常主人公都具有漂亮的外表以及完善的人格，就像《聖鬥士星矢》中處女座的沙加（妳在說《聖鬥士沙加》吧！？），《金色琴弦》。
破壞
日本的許多動畫片都有破壞的場景，如：《鋼之煉金術師》，《EVA》中使徒的破壞與足以毀滅世界的沖擊，《魔卡少女櫻》庫洛牌被收復前的場景，《Code Geass 反叛的魯路修》中戰敗的日本、被炸彈破壞支撐的東京租界等；《灼眼的夏娜》中壹群火霧戰士在封絕中的戰鬥也破壞了不少。
超越時空
超越時空無非就是到過去或到未來，到過去通常是為了改變歷史，到未來通常是為了見識更加發達的科技。超越時空的概念產生於現代，它同樣可塑造懸念。 例如《犬夜叉》《小女神花鈴》。《家庭教師reborn》中，壹行人也不明不白的去了十年後的世界。《穿越時空的少女》女主角無意中擁有的時空跳躍的能力。《遙遠時空中》女主角通過古井穿越到古代，成了京都的守護者。《不可思議的遊戲》是早期的穿越動畫，可以說是穿越動畫的起始，劇情與《遙遠時空中》差不多 ，不過女主角是通過壹本書穿越的，穿越到古代，有中國古代的影子。
也有在平行世界中穿越的劇情，例如《魔法騎士》《今天開始做魔王》《家庭教師》等。
幽默
幽默是故事吸引人的重要因素。《櫻蘭高校男公關部》 《南家三姐妹》《秀逗魔導士》。
悲劇
悲劇往往十分感人。壹對情人的最終分手，壹個喜歡的角色死去通常會引起觀眾的傷感。 作品有key社的《Kanon》《CLANNAD》《AIR》《地獄少女》《薔薇少女》。《EVA》中世界上最後只有兩個人活了下來。還有《食靈-零》，《妖精的旋律》及《Code Geass 反叛的魯路修》。
喜劇
喜劇幽默搞笑，誇張而輕松，易引起觀者的興趣。 作品有《銀魂》《熱帶雨林的暴笑生活》。
人造人
近年來克隆羊的誕生，故事就有了人造人的概念。《EVA》中的綾波麗就是壹個人造人，而《鋼之煉金術師》中存在7個以七宗罪為代表的反派人造人。《僵屍借貸》中引用了我過古代的秦王令徐福尋找長生之法的傳說，男主人公之壹就是徐福以“屍解之法”創造的長生的存在。
雙重人格
壹般有兩種性格稱為雙重人格。例如，《遊戲王》，杜影月《彩雲國物語》，撒加《聖鬥士星矢》，阿雷路亞《機動戰士高達00》，兩儀式《空之境界》，露西《妖精的旋律》，澤田綱吉《家庭教師》。
憶者
相澤佑壹《Kanon》《七色星露》。
英雄
自古以來人們就崇拜英雄，英雄可算是永恒不滅的話題，所以定能引起觀者的興趣。 例如，Saber(亞瑟王)《Fate Stay Night》，Berserker(海格力斯))《Fate Stay Night》，《羅德島戰記》。
解謎
故事的開始只是簡單地介紹壹下人物的部分情況，（形成謎）引起觀者的興趣，而後再通過回憶介紹人物的過去（解謎）。這是壹種塑造懸念的常用手法。 作品有《名偵探柯南》《寒蟬鳴泣之時》、《魍魎之匣》等。
妖魔
妖魔是恐怖小說常用的角色，有時科幻也會加上壹點，是塑造懸念的關鍵。 作品有《除魔維納斯》《惡靈獵人》(又譯《奇幻貴公子》)《妖精的旋律》《食靈-零》《魔法咪路咪路》《學校怪談》《大劍》等。
也有溫情感人的動畫作品，運用人與妖怪的關系闡釋人與環境、人與人之間的聯系。如《夏目友人帳》以及宮崎駿系列。
理想
人物的理想是故事發展的動因，主人公的理想通常是故事的主題。 作品有《網球王子》《守護甜心》《火影忍者》《海賊王》《家庭教師》《hunter X hunter》《鋼之煉金術師》《名偵探柯南》。
殘酷
故事通常是充滿了沖突與曲折，所以才十分生動。《惡靈獵人》(又譯《奇幻貴公子》，《空之境界》《血戰》《黑執事》
《妖精的旋律》等。
重要物件
動畫常以重要物件作為特寫的鏡頭，重要物件正是主題的體現，可以參考《kanon》裏面的天使小掛件。
後宮
陰陽嚴重失衡，人物結構多為壹男幾女或幾男壹女，描寫的人物性格各異，但壹般都很受歡迎，且面容姣好。代表作《死神》，《初音島》，《女生萬歲》，《TO LOVE》，《愛的魔法》，《遙遠時空中》《櫻蘭高校男公關部》《新安琪莉可》《金色琴弦》《彩雲國物語》《CLANNAD》等等。
BL
描寫男男之間的戀情或者曖昧情愫。受到大部分漫迷的喜愛，代表作《幸福花園》，《絕愛》《LOVELESS》《公主公主》《幻影少年》《間之楔》《漂亮爸爸》《西洋古董洋果子店》《學院天堂》《萬有引力》《喜歡就是喜歡》《純情羅曼史》《神幻拍檔》《沒有錢》。
GL（百合）
描寫女女之間的戀情或者曖昧情愫，受到越來越多人的歡迎。如《魍魎之匣》《女生愛女生》《青之花》《聖母在上》《瑪利亞狂熱》《驚爆草莓》等。
2009 涼宮春日的憂郁第二季 作者：谷川流、伊東雜音
2009 名偵探柯南劇場版——漆黑的追跡者 作者：青山剛昌
2009 阿拉德戰記 作者：NEOPLE