事件的開始可以從幾百年前說起。在遠阪本家族控制的土地上，有壹條名為“東木鎮”的礦脈，連接著無窮無盡的魔法之源。要使用這些魔法陣，除了表面的巨大魔法陣，還需要兩個必要條件:打開魔法陣的鑰匙和輸出魔法陣的流管。具體實現的話，就是聚集七靈所蘊含的魔力作為開啟魔法陣的鑰匙，然後通過聖杯輸出魔力。最後，另外兩個魔術師家族也參與了這個項目:元板家族提供了土脈；愛因斯坦家族制造了聖杯；智通家族發明了壹套咒語系統，可以控制靈魂。(某種意義上，我覺得可以看做是元板氏族負責修建水庫，埃茲本氏族負責制造水龍頭，智通氏族開發制造可以命令工人打開水龍頭的雇傭制度...)
換句話說，對於聖杯戰爭來說，只有精神是必須的，魔法師只是壹個讓召喚出來的精神附體的道具。即使魔術師在下壹場戰鬥中死亡，只要擁有強大的靈魂，計劃也能正常實施。只要戰鬥發生在東木鎮的自然魔法陣中，戰敗的精靈就會被聖杯自動收回，儲存起來作為啟動連接的能量。
第壹次聖杯召喚儀式是以“合作召喚”的形式開始的。然而，聖杯開啟了與魔法之源的連接後，局勢演變成了元班、艾因茲本、智通三大家族對獨占權的爭奪，結果立刻以失敗告終。從此三大家族組成了聖杯盟約，制定了沿用至今的規則，召集其他魔法師，然後讓他們為了聖杯的目的自相殘殺——除了他們自己，所有能召喚神靈的魔法師都是阻撓者，就讓他們死在戰鬥中吧——如果壹開始就是這個想法，整個操作過程的效率會更好；從三大家族的立場來看，能夠合法擺脫自己之外的合作者，也是他們自己的本意。另壹方面，東木鎮礦脈需要60年才能積累到足夠召喚神靈的魔力，這就決定了聖杯戰爭只能60年舉行壹次的事實。
時間流逝到了第三次聖杯戰爭。為了贏得戰鬥，第壹次和第二次都以失敗告終的埃因茨伯恩家族召喚出了“第八種”精神，復仇者？復仇者——反英雄，即“最純粹的魔鬼”。但由於種種原因，戰鬥壹開始，復仇者就被打敗，回收到了聖杯。然而，這場戰爭的勝利者和童家的主人有他自己的計劃。不想死卻渴望永生的間桐臟硯向聖杯連接的魔法源頭許願:讓“最純潔的惡魔”在60年後的第四次召喚中通過第四個聖杯來到人間。屆時，他將通過靈魂轉移的“魔法”，擁有這個完美、永恒、強大的身體。
又壹個六十年過去了。第四次聖杯戰爭終於開始了。不願意再次失敗，為了獲勝，艾因茨伯恩家族雇傭了壹位名叫衛宮切嗣的魔術師。就魔術師的純實力而言，切嗣並不是最佳人選，但他有冷靜冷血的頭腦，有為了個人正義而犧牲其他壹切利益的決心——這意味著他不在乎為了實現長久的“正義”而犧牲眼前的生命。為了成為第四個聖杯的勝利者，他用盡了所有合法的、不人道的短手(比如魔戰中用遠程狙擊槍暗殺；甚至拿對手的親人愛人當人質，甚至在對手投降後，毫不留情的結束了對手的生命，最終結束了聖杯戰爭。在聖杯召喚儀式開始時，衛宮切嗣發現即將降生於世的惡魔正在聖杯中活動，它就是間桐臟硯60年前召喚的“純粹的邪惡”。就在他的出生即將完成之前，衛宮切嗣用壹項法令強迫他的下屬靈魂，劍之騎士？軍刀-摧毀被汙染的聖杯。偉大的魔法在瞬間顯現，失去了通往真實物質世界通道的復仇者——聖杯？復仇者再次回到了孕育它的魔法源頭，等待下壹次東木鎮積累魔法的時候。當那壹刻到來的時候，也將是第五次聖杯戰爭的開始。
——因為聖杯破碎後的魔法泄露，僅僅過了十年，魔法又回來了，充滿了東木鎮的礦脈。由於聖杯被毀的巨大詛咒，衛宮切嗣已經緩慢而痛苦地死去了。但他收養的壹個孤兒現在已經長大，成為壹個渴望像他的養父龔偉·施瑯壹樣堅定地生活的少年。艾因茨伯恩家族以“黃金聖鬥士”為原型，創造了壹個由純魔法回路組成的少女玩偶聖杯，這樣即使戰鬥失敗，在接下來的活動中依然可以控制魔法連接通道(聖杯)。與此同時，為了最大限度地爭取最終的勝利，強大的狂戰士精神被召喚出來為其提供保護。這個銀發女娃娃名叫——伊利亞斯維爾·馮·艾因茲本。
——十年前的第四次聖杯戰爭中，遠阪本氏族死去的魔法師的女兒始終沒有忘記“必勝”的執念，成為遠阪本氏族唯壹繼承家族姓氏的後代——遠阪凜。
遠阪凜的孿生妹妹，第五次聖杯戰爭中的關鍵人物，十年前為了“建立”和“證明”同祖族與元板族的“聯盟關系”，被抹去了元板族的身份，被“交”給了同祖族，成為同祖族名義上的“女兒”。但實際上，出於和艾茲伯恩相同的考慮，間桐臟硯需要為即將過聖杯的惡魔之身將聖杯捧在手中——最簡單的辦法就是自己制作壹個假聖杯，收集戰敗英雄的靈魂。結果，遠阪凜的妹妹被間桐臟硯植入了上百個刻字蟲，強行破壞了原本的身體，被改造成了壹個內部帶有魔法電路的偽聖杯——由於功能缺失和技術缺陷，她不得不忍受從身體到精神的巨大痛苦。在間桐慎二眼裏，遠阪凜的妹妹只是他發泄憤怒和欲望的工具。——由於被迫的蛻變和內在的侵蝕，遠阪凜姐姐的發色已經完全不同，於是她獲得了第二個身份——壹個將伴隨她壹生的正式身份——間桐櫻。
對間桐櫻隱藏的情況壹無所知的龔偉·施瑯和間桐櫻確認了他們的戀愛關系，但間桐櫻仍然不得不忍受從間桐臟硯植入的刻字蠕蟲和間桐慎二日益嚴重的性虐待給身體帶來的不斷腐蝕。而另壹方面，從未公開過血緣關系、態度異常苛刻的遠阪凜，卻總是在展現著她好到難以企及的方方面面，甚至連遠阪凜對魏公石郎的態度也漸漸變得曖昧起來——
間桐櫻的自卑和痛苦最終變成了仇恨，魔源中孕育的惡魔瞬間控制了她的心——最糟糕的是，這壹切的發展都是間桐臟硯壹手策劃的。間桐櫻，失控的黑暗，瞬間肢解了間桐慎二。為了繼續聚集使魔鬼誕生的力量，間桐櫻每天晚上都不自覺地外出獵取普通人的生命。當然，即使是精神也無法抵擋來自相連的無盡魔源的聖杯——甚至是假聖杯釋放出來的黑暗力量。施法者、槍騎兵、刺客甚至軍刀都被間桐櫻的影子吞噬了。
間桐櫻在黑暗中的下壹個目標轉移到了伊利亞斯維爾，森林深處真正的聖杯。在假聖杯面前，狂戰士·狂戰士也被吸進了陰影。然而，前去阻止的元阪口和衛公石郎遇到了最可怕的敵人:黑暗之劍，壹個在假聖杯控制下從骯臟魔法之源誕生的精靈。在來自影子的巨大沖擊中，遠阪凜的跟隨者阿徹擋住了魏公石郎的致命壹擊。這場戰鬥的結果是，施瑯失去了壹只完整的手臂，阿徹除了壹只手臂的殘肢之外，完全被假聖杯吞噬了。為了暫時延長龔偉·施瑯的生命，他的身體被迫與阿徹的手臂進行交流。因失血過多而避免死亡的龔偉·施瑯必須時刻防範脆弱的人體被強大的弓箭手的手臂吞噬。
雖然接下來的大決戰可以說幾乎所有有名字的角色都被作者寫死了，但我覺得這樣的發展還是比較理想化的。魏公石郎拋棄了最初天真的想法，但他有決心保護間桐櫻，即使他成為全人類的敵人，即使有可能把世界帶入地獄——阿徹的相反決定。對他來說，最重要的是人能活下來，這是以生命為代價去奮鬥的最值得的目標。(其實畢竟在前兩個故事裏，施瑯身邊有幾個厲害的朋友，在這樣的支持下，不需要太多考驗就能完成那個奇怪的理想；第三個故事，我覺得他作為壹個普通人，面對前所未有的壓力，做出了最艱難的選擇。)
在東木鎮的礦脈中心，在地下的大洞裏，間桐臟硯終於被無法控制的黑暗間桐櫻撕成了碎片。被Saber擋在暗處的龔偉·施瑯用自己的身體做了壹個“無限劍系”作為劍鞘，無數誕生於體內的刀刃最終摧毀了Saber的身體。黑暗中的Saber也許終於回到了最初的記憶，沒有任何掙紮，沒有對眼前的施瑯說壹句話，而是睜著眼睛默默消失在物質世界裏...遠阪凜復制了擁有第二大魔法的寶石劍，以自己身體的崩潰為代價摧毀了間桐櫻身邊的骯臟魔法，但就在寶石劍即將砍下間桐櫻的頭顱時，遠阪凜讓間桐櫻不顧壹切的反擊貫穿了他。在最後時刻，遠阪凜終於擁抱了震驚的間桐櫻，並承認無論如何也無法下定決心結束妹妹的生命...
最後的時刻終於到來了...“世界上最純粹的邪惡”最終脫離了間桐櫻，開始在物質世界中形成新的軀體。魏公石郎讓幽靈騎士把奄奄壹息的遠阪凜和昏迷不醒的間桐櫻帶出大洞，準備留下來讓弓箭手的手臂自己咬下去，從而制造出壹個足夠大的“無限劍系”，與出世的惡魔同歸於盡。這時，伊利亞斯維爾的突然出現，廢掉了施瑯的最後壹個動作，然後以自身意識的分解為代價，啟動了作為真正聖杯的功能，逆轉了“時間最純粹之惡”的魔法，推出了第三個魔法“天堂之杯”，抽取了身體已經完全崩潰的韋公石郎的靈魂，重塑了物化的身體..............
遠阪凜被世界魔術師協會以“留學”英國的名義任命的300人調查小組調查、彈劾和審判。各部門以“擅自發動第二大魔法”為契機和借口，試圖爭奪元板家族名下所有財產和土地脈絡的所有權。然而，遠阪凜卻出人意料地被第二大魔法的真正主人和使用者——壹個可以在平行世界旅行的老年魔術師——寶石翁——收為弟子，同時強烈保證自己的清白被協會赦免。
間桐櫻接管了佟氏家族和阪口元家族名下的所有企業，並頑強地生存了下來。因為刻字蟲的自我融合，它的身體還有偽聖杯的技能。不管是不是自願的，還是可以和壹個巨大的魔法源頭聯系在壹起的。然而，依靠無盡魔法的支持，間桐櫻仍然可以維持生命的延續和騎士的物化。後來將童氏家族名下的書籍全部賣給了魔術師協會，並得以私人購買中世紀流傳下來的空白玩偶，以承載從地下洞穴中取回的衛公師郎的物化靈魂。
龔偉·施瑯很幸運地被騎手接走，並在壹個空白的娃娃身體裏活了下來。發生在東木鎮關系到世界命運的事件已經結束，他和間桐櫻的人生才剛剛開始...