故事發生在壹代大爆炸前30分鐘，壹代主角在追捕Paxton Fettel過程找到的各類證據，都證明ATC總裁Genevieve Aristide有罪。二代主角Becket是三角洲部隊的成員，他和隊友前往Genevieve Aristide的住所，逮捕她。但是Genevieve Aristide的住所，正被ATC董事會雇傭的傭兵攻擊。當主角找到Genevieve Aristide時，她對主角說起Harbinger計劃， 並稱主角和他的隊友是對付Alma的唯壹希望。當她要詳細解釋時，壹代主角引爆了反應堆，產生了巨大的爆炸，而主角則被震暈。
主角蘇醒時，發現Genevieve Aristide指揮的幾個醫生正對他進行手術。當他完全醒來後，他發現他在壹個地下醫院，而ATC董事會的雇傭兵正在準備炸毀醫院，以毀屍滅跡。在逃往地面的過程中，主角遭到Alma的襲擊，而壹個自稱Snake Fist的人，對他提供幫助，並告訴他因為手術，主角的精神力量大大增加，變得更加醒目，造成Alma要吸收主角。
逃到地面後，只剩下四人的隊伍，前往Snake Fist藏身的Wade小學。在小學中，主角發現這裏是ATC “Paragon“計劃的實驗場所。同時主角還得知所謂的”Harbinger“計劃就是制造類似壹代中Paxton Fettel的精神力量指揮官，以控制克隆士兵。而主角和另壹幸存隊友Keegan是最有希望成功的。在地下實驗室，主角找到了實際上是ATC研究人員的Snake Fist。被克隆殺手殺死之前Snake Fist告訴主角，要戰勝Alma，就需要Still Island上（壹代中囚禁Alma的地方）的精神力量加強器，加強主角的精神力量，戰勝Alma。
在趕往Still Island途中，Keegan獨自壹人離開了，主角追了上去。但是因為克隆士兵的攻擊，而壹直沒追到。最後主角與隊友會合後，與女上尉壹起前往精神力量加強器。當上尉要開啟加強器時，Genevieve Aristide出現，打死了上尉，阻止加強器的運行。她告訴主角因為Origin計劃的敗露，她對董事會已經失去了利用價值。為了擁有與董事會談判的砝碼，她要囚禁Alma。以Alma作為談判籌碼。而方法就是將Alma關在這個加強器中，遊戲開始時手術就是加強主角的精神力量，而Alma對精神力量極其敏感，這樣主角就成為了誘餌，將Alma引到Still Island。 這時Alma突然出現，Genevieve Aristide將Alma和主角壹起關在了加強器裏。
主角發現自己處在壹個幻境之中，當他要開啟加強器時，Keegan突然出現攻擊主角，同時叫嚷著為什麽不是我最後主角擊敗了Keegan並啟動了加強器。這時主角發現自己退出了幻境並被封在加強器內。突然加強器打開，主角發現Alam站在他面前，身後是壹片廢墟。而且Alma懷孕了。Alma走向主角，把他的手放在肚子上，主角聽到了壹個女聲叫喚”Mummy“（結局很OX...很和諧...是主角把Alma的肚子搞大了...很狗血的結局- =打半天等於白打）