1499年12月文藝復興時期，40歲的艾齊奧於放棄刺殺教皇亞歷山大六世羅德裏格·波齊亞，聖殿騎士團之首，後回到蒙特裏久尼。1500年1月，教宗之子西澤爾·波奇亞壹天晚上領兵對城市發動攻擊。西澤爾於城破之時奪回艾齊奧伯父馬裏·奧奧迪托雷保管的古代遺物“伊甸碎片”、將之槍殺並命士兵槍傷艾齊奧。艾齊奧負傷帶領傭兵及家人逃走後獨自前往意大利首都羅馬，並發現波奇亞家族已幾乎完全控制了整個羅馬市，市區百業蕭條，市民被剝削而生活困苦。以市內臺伯河上的小島臺伯島為基地，艾齊奧聯結市內妓女、盜賊及傭兵勢力，以及招攬反抗的市民加入其刺客兄弟會以解放在教宗勢力控制下的羅馬。於各方協助下，艾齊奧得知西澤爾的財政由其兄長胡安·波奇亞負責，而西澤爾則欲借助法國瓦盧瓦公爵路易十二的軍事力量以及發明家達芬奇之戰爭機器以征服意大利。
在把西澤爾的財源和軍隊瓦解以及把達芬奇制造的的戰爭機器毀滅後，艾齊奧於1503年潛進梵蒂岡聖天使城堡。在欲與教皇對質時得知“伊甸碎片”已落入教皇手上，而教皇因不滿其子無窮的野心（包括對蒙特裏久尼發動攻擊）而對西澤爾下毒。西澤爾得知後反用毒蘋果殺死教皇並到聖彼得大教堂奪回碎片但被艾齊奧先行奪得。同年12月教皇儒略二世即位並下令拘捕西澤爾。1507年3月艾齊奧前往西班牙維安納並於圍城戰中與西澤爾進行最後決鬥，艾齊奧把西澤爾擊敗後將其從城墻投下，最後把碎片藏在羅馬鬥獸場的壹個密室內。
主角等四人在找出密室密碼後前往正進行工程的鬥獸場，並從地下通道進入天壇聖母堂。在啟動教堂內機關後戴斯蒙四人成功進入位於教堂地底之朱諾神殿（就是伊甸碎片所在地），但在戴斯蒙拿起伊甸碎片時，被稱為朱諾（就是赫拉）的立體影像（遠古時期第壹文明種族）控制了其身體使其對露西（貌似變壞人了）腹部刺了壹刀，至此遊戲主線劇情結束。刺客信條啟示錄：露西死了，戴斯蒙發現自己被困在破碎的意識裏了，他必須重整祖先記憶才能出去（就是醒來），其中16號實驗者（戴斯蒙是17號，16號已經掛了，只是意識還在）還幫助了他。戴斯蒙重整記憶，都五六十歲了的艾吉奧追隨阿泰爾的足跡來到了中東，遇到十字軍殘余勢力埋伏，被抓後又輕松逃走，並且殺了十字軍首領，找到壹本阿泰爾的書，裏面藏有阿泰爾圖書館6把鑰匙的位置（聖殿騎士已經拿到壹把鑰匙了）。沒辦法艾吉奧到了伊斯坦布爾（土耳其首都），聯合地方刺客把當地聖殿騎士給廢了，集齊鑰匙，打開了圖書館。其實圖書館中沒有書，只有阿泰爾的遺體和壹個金蘋果。隨後艾吉奧拜跪阿泰爾，卸下袖劍，做回普通人（有壹個外傳視屏，很短，那是艾吉奧老得快死的時候，裏面還有中國刺客哦，lz有興趣可以看看）。同時戴斯蒙記憶重整完成，蘇醒過來，旁邊是他老爸（現代刺客首領）老媽。他們來到北美繼續...刺客信條3還沒發行，網上有介紹，我就不打了，lz有興趣自己搜著看吧。