劇情方面，迷宮系列的主角因為壹些特殊原因暫時變成了口袋妖怪。這個遊戲也不例外。遊戲主線中的主角在壹次意外中變身PM。主要情節是在探索的同時試圖找出這壹切的原因。在此期間，主角會陪伴其他口袋妖怪，甚至組建探險隊挑戰從未到達的地區，揭開各種傳說。遊戲開始會有性格測試，主角變成什麽樣的口袋妖怪由測試結果決定。遊戲中有16個主角可以選擇。
探險隊中還引入了WIFI通訊系統，讓玩家可以互相幫助，克服在迷宮中遇到的困難。這部作品還保留了密碼拯救的形式。
當時探險隊有491個PM，都是可以捕捉到的(少數需要版本交互才能讓PM出現在特定的迷宮中，部分需要連接WIFI才能激活。
與前作相比，系統也有了很大的進步，其中之壹就是增加了孵化系統。遊戲中可以通過各種方式獲取彩蛋，壹定時間後會孵化。孵化獲得的PM會自動加入隊伍，可以掌握普通手段無法獲得的基因技能，能力值更強，有時還會攜帶非常稀有的道具。
當然這部作品基本上包含了之前作品中幾乎所有的元素，比如招募系統，技能連接系統，訓練大廳系統，智商系統，營救任務等等。總之，如果妳接觸過之前的救援隊，這項工作非常容易上手。
與正統遊戲中的捕捉和戰鬥不同，在冒險系列遊戲中，玩家扮演的是口袋妖怪的角色，而不是訓練師。由於某種不為人知的目的和原因，主角從壹個人類變成了壹個怪物。在遊戲中，主角首先要在怪物的世界中生存，和夥伴壹起探索，壹起幫助其他怪物。隨著遊戲的進行，會有越來越多的怪物願意與主角同行。在遊戲中，主角需要作為怪物慢慢發現自己成為怪物的原因，了解自己的過去，從而找到這壹切背後的兇手，與夥伴們壹起打敗它。
迷宮是遊戲的精髓，所有的戰鬥和冒險都將在迷宮中完成。玩家在迷宮中的目的是通過迷宮或完成指定的任務。因為每次進入壹個迷宮，它的地圖都是完全隨機的，玩家需要通過自己的努力找到每壹層的出口(樓梯)才能完成任務。在迷宮裏，會有各種各樣的野怪和主角壹起戰鬥。遊戲中途會加入天氣、陷阱等因素，壹些後期的迷宮甚至會在進入時附加苛刻的條件。迷宮的難度壹步步增加。剛開始的迷宮很簡單，後面的迷宮難度會壹步步增加，直到幾乎無法完成。