繼續說劇情——壹開始設計師的腦袋好像只有壹根筋。他設計的矩陣中的壹切都是可計算的，也就是在數學上是完美的，人類也必須在這個完美的數學模型中運行，但顯然人類不是這樣的。奇思妙想太多，所以第壹代黑客帝國崩潰了。他沒有放棄，以為是因為人類不適應新環境，所以以人類歷史為背景重寫了《黑客帝國》，但是這壹代《黑客帝國》又失敗了。高層管理程序(或設計者)不得不編出另壹個研究人類心理的超級程序——它是先知。在她的提示下，設計師的腦子開始有點轉了。他讓matirx裏的人有了選擇，讓矩陣更貼近現實世界，但這個矩陣還有兩個問題:第壹，總有1%的人不那麽誠實，他們總認為矩陣不真實。如果他們窒息而死，矩陣仍然會崩潰；第壹，由於Matrix系統的不斷完善，壹些老程序會時不時的被刪除，但總有壹些程序不想被刪除，於是躲在Matrix裏(法國人是這些程序中最好的)，成為非法程序。如果這樣的程序不能刪除，矩陣也有崩潰的危險。為了解決這兩個問題，設計師想了壹個壹舉兩得的辦法:壹方面，他讓這1%不誠實的人覺醒，擺脫母體，讓他們在現實世界的地下建造壹座名為錫安的城市，成為母體的黑客，進行抵抗運動。其實這是完全在設計者的控制之下的，只是壹種迂回的控制，因為如果把這些人強行壓制在母體裏，就會適得其反。另壹方面，設計者收集他所能找到的所有非法程序的原始代碼(應該是原始代碼，因為如果設計者直接知道非法程序的代碼，直接刪除就可以了)編寫壹個名為“救世主”的程序(代碼)，這個程序顯然可以發展成非法程序的最終形式，這個程序被植入了《黑客帝國》中壹個人類的精神(電影中並沒有提到最後如何選擇這樣壹個人)。然後這個人就成了救世主。之所以稱他為救世主，是因為它的壹個作用就是它是錫安那些覺醒人類的“救世主”，因為每次錫安的力量強大到開始威脅機器的時候，黑客都會遇到先知(這也是設計者的安排)。先知會告訴他們去找救世主，說救世主可以幫他們打敗機器。找到救世主不久，正好是它超能力蘇醒的時候。事實上，他身上那些非法程序的代碼終於成熟了。就這樣，在先知的指引下，黑客和救世主來到了矩陣代碼的源頭。當救世主遇到設計者，得知真相後，救世主不得不帶著非法程序代碼，按照設計者的指示回到代碼的源頭，這樣就可以升級母體的代碼庫，並在此基礎上重載母體，讓重載的母體處理原來的非法程序(救世主的身份只是為了替他尋找返回的代碼)當救世主遇到設計者時，機器人大軍也在毀滅錫安。在救世主完成他“升級代碼庫”的任務後，還有壹個任務是從母體中挑選23名男女來重建被摧毀的錫安。當然，也許幾代之後，這23人的後代會在先知的指引下尋找新的救世主。可悲的是，救世主往往只能選擇這條路，因為如果他不這麽做，設計者就會毀滅全人類。對了，救世主是人還是程序？其實母體裏的程序和人類的精神(靈魂)差別已經很小了。就像第三集的印第安人壹樣，都有人類的愛和親情。他們的區別可能只是載體。程序的載體是芯片，靈魂的載體是人腦。所以程序和靈魂是可以結合的。救世主其實是以人腦為載體的人類精神和“救世主密碼”的結合體。精神和代碼不再相同。
以上是前幾代救世主的命運。等到矩陣升級周期到第六代的時候，預言者程序可能已經被研究人員深入研究了，它變得人性化了，逐漸變成了壹個好人(確切的說是壹個善良善良的程序)。她開始接壹些非法節目，有些是她養的，有些成了她的保鏢。也開始憐憫覺醒的人類的反抗和壹次次被毀滅的結局。於是，先知開始有了打算，她想通過壹個方法，結束矩陣在這壹代的升級。她的計劃包括兩個方面:壹方面，她想讓這壹代的救世主在遇到設計者的時候不要選擇輸入代碼的來源。她的方法是讓設計師稍微修改救世主的代碼，讓他愛上壹個黑客(當然這個意圖不能讓設計師知道。先知可能跟設計師說過，她只是想做壹個小實驗，比如觀察救世主加入愛情後的反應。第二集的時候，設計師自己也說“觀察妳的反應很有意思。”所以我覺得neo對trinity的愛是預言家和設計師安排的，很可悲但也在情理之中。)於是救世主為了救自己的心上人，放棄了進入源代碼。在第二集的結尾，先知的計劃成功了，但是僅僅這壹步是不夠的，因為如果救世主不進入代碼的源頭，那麽設計者就會毀滅全人類，錫安也會被毀滅。所以另壹方面，先知必須為救世主準備壹個籌碼，與機器皇帝(設計者)講和，這個籌碼就是史密斯。先知說，史密斯是救世主計劃的反面。我覺得這樣的節目是不可能自己形成的。斯密應該被先知改寫。按照設計者的說法，prophet的程序要定期檢查，否則會危及系統，這說明Prophet在Matrix中的能力(或者權威)是相當大的，她很可能在某些方面改寫了smith的程序(連法國和印度的女孩都能寫程序，何況是奇跡般的Prophet？)，而且是用救世主程序的逆向改寫的，所以當史密斯是合法程序的時候，他強烈的表現出了非法程序的“氣質”(在對墨菲斯的審問中，他離開母體的欲望比尼奧更強烈)，當救世主上的非法程序代碼醒來(力量醒來)的時候，史密斯上的非法代碼也被激活。如果說救世主是設計者可以控制的非法程序的最終形態，那麽史密斯就是設計者沒有預料到的最可怕的非法程序。事實上，史密斯是先知計劃中壹個非常重要的棋子。預言家想把史密斯強大到設計師無能為力的地步。只有尼奧可以用體內與史密斯相反的代碼中和它，尼奧可以以消滅史密斯為條件獲得安寧。——以上是先知的壹廂情願。其中的壹些過程可以通過她在矩陣中的精確計算和對人類心理的深刻理解來預測。還有人聽天由命，就像設計者最後對先知說的:“妳玩了壹個很危險的遊戲”。先知基本上是壹場賭博。
整個《黑客帝國》系列似乎基本上就是預言家，人類拯救計劃的實施過程。這壹代黑客的代表，墨菲斯和三壹，找到了這壹代的救世主載體Neo。尼歐在經歷了苦難之後終於成為了救世主(其實這是必然的)，他也愛上了三壹(其實先知很久以前就告訴三壹了，基本上是先知安排的——我們常說的“大自然捉弄人”其實是不是在我們的腦海裏寫進了程序？)。(第壹集)
Simith被Neo殺死後成為非法程序，能力開始增長(復制能力)。然後neo等人從非法程序的精神領袖那裏搶走了知道如何進入代碼源頭的程序。從這位精神領袖的話裏，似乎每壹代救世主都想找他的麻煩，似乎這也是設計者的安排。墨菲斯和其他人在得到尼奧後變得越來越勇敢。原來看到特工就像看到貓壹樣，現在不那麽害怕了，還能跟他們玩幾招。後來neo終於見到了設計師，三壹“及時”脫險。尼歐得知救世主的真相後，為了拯救心上人或拋棄全人類，決定拯救三位壹體，回歸現實。得知真相的莫斐斯也受到重創，從此榮耀盡失。這時，neo突然擁有了在現實中摧毀電子章魚的能力。當然，他用了壹次就暈倒了。(第二集)
這個時候，擁有復制能力的史密斯，居然復制到了壹個錫安人類，摧毀了所有的人類飛船。這些船上有人類最厲害的武器(按下機器人就死的那個東西，我忘了叫什麽了)。此時，只有兩個航天器與近地天體及其行動合作。壹艘飛船返回錫安支援人類軍隊，人類軍隊只有非常簡陋的機器人和電子章魚，已經絕望了。另壹艘飛船帶著尼奧和崔妮蒂去機器城見機器-機器皇帝的老板。途中，尼奧遭到了史密斯復制人的攻擊，眼睛被刺傷，但他在現實中感知和破壞代碼的能力被徹底喚醒。其實這是因為在第二集的結尾，neo接觸了《黑客帝國》的最高管理程序——設計師，成長起來了。他以前只能感知矩陣中的代碼，現在因為學習可以感知現實中的代碼，不得不接觸矩陣。現在可以遠程感知了(所以neo在現實中擁有超能力，並不是說錫安也是虛擬世界，而是neo的能力從外掛進化到了遠程控制，他在現實中的超能力還僅限於代碼)。他們殺了這個史密斯，最後闖入了機器城，但是三壹死了。此時的《黑客帝國》中的史密斯確實已經將《黑客帝國》中的幾乎所有人和程序復制到了自己身上，包括先知本人，正如先知所料(至於為什麽史密斯在吸收了先知後不知道這是先知的計劃，可能是因為即使吸收了先知的程序，它還有保護代碼，史密斯也無法完全破解——只能這樣理解，否則我的文章就白寫了)。尼奧與機器皇帝達成協議，進入母體消滅史密斯，以換取人類與機器的和平，機器皇帝同意了。結果尼奧和史密斯在無數史密斯的關註下決戰了。當然，尼奧打不過史密斯，但是當史密斯同化尼奧的時候，尼奧放出了自己的代碼，和史密斯壹起死了。這時所有被史密斯同化的人都恢復了原狀，和尼歐戰鬥的史密斯成了先知(這個很好理解，因為吸收了先知的史密斯顯然是所有史密斯中最強的，所以同化了先知的史密斯就是代表無數史密斯和尼歐的那個。從躺在地上的先知的笑臉來看，先知應該是被史密斯吸收後自覺了，她知道自己的計劃終於實現了)。這時，攻擊錫安的機器大軍也撤退了。第二天，先知會見了設計者，設計者答應遵守諾言，不再迫害那些覺醒的人類。從此，人類可以在《黑客帝國》和《錫安》之間自由選擇。母體中第壹次升起了沒有綠色的朝陽，地球變成了人類與機器、機器城與錫安、覺醒的人類與母體中的人類、合法程序與非法程序並存的和諧世界。革命成功了！(第三集)