“嘿，孩子，小心草地！”聲音是奧基德博士的。
正當年輕的洪要獨自離開村子時，醫生攔住了他，告訴他草叢裏住著野獸。除非妳有自己的小精靈在身邊，否則會很危險。把這個少年帶到了他的研究所。
故事就這樣開始了。玩家扮演的角色是壹個住在馬薩拉村名叫紅/綠/藍(當然，妳可以選擇自己的名字)的少年。先跟著博士讀研究生，同時偷偷和博士的孫子打壹架，給他生個小男孩，叫紅/綠/藍(當然妳可以自己選名字，就叫情敵)。醫生讓妳從他擁有的三個精靈中選壹個(小火龍、傑尼龜和妙蛙種子可以進化兩次)，所以選壹個妳喜歡的。選擇了壹個之後，小茂也選擇了壹個並向我挑戰。作為開場戰，難度不是很大，先試試戰鬥系統。然後他就走了，但這只是開始，以後他還會煩妳。
再見，醫生。妳可以離開村子。果然如醫生所說，草叢裏確實藏著很多怪物。大家好好練吧。很快我來到了永恒村。在商店裏，我收到了店主的郵件。趕緊回研究所交給博士，所以說明書裏有插圖，說明可以開始收集精靈了。對了，我再去鄰居家，拿壹張鎮上的地圖，我們就可以正式出發了。
《西遊記》行軍時，壹座大房子擋住了去路。只有穿過常綠林，才能找到出路。妳會在森林裏第壹次遇到怪物教練，和他戰鬥是找到大部分怪物的重要手段，千萬不要錯過。
我走出森林，發現自己來到了尼維村。村裏有個博物館，花50元就能進去大開眼界。另外，我還發現了壹個標著健身房的房間，推門進去才知道世界八大主人之壹住在這裏。打敗他，得到34號機器作為鼓勵。在雕像處找到了對手的簽名，才知道他已經先到了，而且還打敗了主人。這時候村子右邊的路可以通行了，來到了沖見山腳下。洞口有壹個戳，會遇到壹個鯉魚王賣家。雖然以後可以用其他方法獲得，比野生的長得快，但是要多花500塊錢。這就是傳說中的鯉魚王。目前質量極差，攻擊力只有10，但20級後進化成霸王龍，攻擊力很強。
到了山洞，我就戰鬥前進。雖然有點累，但是收獲很大。在途中獲得的寶物中，有壹種名叫月亮石的石頭，可以讓壹些精靈立刻進化。擊敗這裏的主人後，他讓我在他身後的兩個古物種化石中選壹個(以後會大有用處，保管好)。當妳出山洞的時候(註:皮卡丘版本出山洞前要打壹場突如其來的火箭火，贏了才能出去)，就是寶蘭村。不出所料，第二任主人來了。上門求教。村裏有個自行車店，但是絕對買不起(以後可以免費得到)。
正要過村北的橋時，遇到了久違的對手，不得不再戰。還好我在他前面，還是贏了。過了橋，來到海角的小屋，看到了變成怪物的真木。在交談中，我了解到他制造了壹臺機器來恢復他的人形。答應幫他後，正木走進機器，我去操作桌上的主控電腦。壹陣喧嘩之後，正木成功恢復人形，走了出來。為了表示感謝，他給了我壹張船票，然後回了寶蘭村。他發現右邊房子門口的門衛讓開了，就進去看了看。房間亂七八糟。問了主人才知道有人來鬧事，然後破墻逃走了。我立即追上他，果然，我發現房子後面有壹個形跡可疑的人(火箭隊的)。沒說幾句話，他就原形畢露了。我狠狠地揍了他壹頓，從他身上搜出了28號機。
壹路往南看到了兩間房，但是通往李堂村的路已經被封鎖了。我們先走隧道吧。穿過隧道，然後穿過壹大片草地，到達枯葉村。妳可以在村子裏的壹個房間裏得到壹張兌換券。馬上回寶蘭村給自行車店老板看，就能得到壹輛嶄新的自行車，這樣走路就快多了。在村子的另壹個房間裏，妳會得到壹根魚竿。用的方法不用多說，就是用道具“魚竿”逆水。村裏有個港口，現在船票可以派上大用場了。出示船票，上豪華遊輪。機艙裏有相當壹部分乘客是怪物教練，要小心(別忘了多買點藥)。在船長室前面的通道再次遇到對手，戰鬥結束後再去找船長。耐心聽完他的話，他很開心的把他珍藏已久的01密傳機(剪)送給了我。離船上岸。船啟航了。裝備此寶，將擁有合住斬能力(功能:毀樹開道，用法:調出精靈命令，此命令會出現在裝備的怪物處)。記得村裏有個健身房嗎？妳現在可以進去了。
有了同居和切割的能力，有很多地方可以去。但我決定先去村子右邊的山洞。穿過山洞，我發現了壹座小房子。如果目前有10種怪物，我可以從屋子裏的助手那裏拿到05號密傳機(能力:閃現，功能:大放異彩。據山洞)。再回到寶蘭村，出村往右，壹路穿過9號，10區域，到巖石隧道。山洞裏很暗，我們來點光線吧。用閃光燈，真的是壹片光明，找到壹個出口。幸好洞裏沒有主人，所以要出來還有點麻煩。
去美麗的錫安村。村民們建造了壹座口袋妖怪塔來悼念死者。我從壹個村民那裏得知富士不見了，於是我決定去找他。回想起來，我覺得那座塔有些可疑。在塔的第二層，我了解到唯壹能讓塔裏的鬼露出真面目的方法就是依靠西爾維鐵鏟的力量。但是這個寶藏在哪裏？好像不會在這個村。我從西邊離開了村子，在第八區發現了另壹條隧道，這條隧道通往於沖村。沿著隧道去村莊，在遊戲中心的櫃臺找到壹個火箭玩家。打他，他會逃到地下室。對墻上的畫進行調查後，發現這是壹個隱藏的機關，啟動後出現了壹個通往二樓的樓梯。爬樓梯，打到某壹層樓火箭再仔細問。他會乖乖的交出壹把電梯鑰匙。來到電梯，選擇目的地的4樓，然後打門衛。(註:皮卡丘的版本會在這裏遇到火箭，但是他們的怪物對我來說只是小菜壹碟)遇到首領Toarey Yang。來壹場比武，贏了西爾維的鐵鏟，趕緊回錫安村救富士。
再壹次進入口袋妖怪塔，鬼鬼原形畢露。我在五樓到六樓的樓梯旁邊遇到壹個30級的鬼，但是我也把他打了壹頓。在塔頂找到了失蹤的富士，壹起回到了自己的家，還帶著貴重物品。這就是口袋妖怪笛子，有經驗的朋友應該猜到它是幹什麽用的了。還記得錫安村南邊的水上棧道嗎？有壹個昏昏欲睡的卡比獸躺在地上擋住去路，用笛子喚醒它。現在它醒了，但也生氣了，難免要打壹會兒。然後在路上的壹個小屋裏拿到了壹個神奇的魚竿，比上壹個好多了。
壹路來到石柱村，第五任主人已經在這裏等候多時了。他手下都是搞笑的水晶球，神秘的家夥。另外，老板的房間裏有壹個若隱若現的結界，我只能沿著靠近右墻的路繞到他身後才能對抗。如果妳有50種精靈，妳可以去村口外的房子二樓，妳會得到壹個寶藏學習裝置，用來獲得更多的經驗值。玩家可以自己研究細節。
下壹個目的地是於沖村。可以在左上角房間獲得密傳機02，只有鳥類可以裝備(功能:移動到妳去過的村子的PC門口)。要在遊戲中心玩吃角子老虎機，妳必須先去酒吧，從壹個酒鬼那裏得到壹個裝硬幣的口袋，然後在遊戲中心的櫃臺買硬幣來玩。(先在遊戲中心仔細搜壹下，和大家聊聊，可以省不少錢。)在中心旁邊的房間裏，妳可以用妳的硬幣兌換相應的道具或精靈。去村裏的商店，壹直走到頂樓。貨架上陳列著三種道具(都是很好喝的汽水)。妳可以和屋裏的人換三個不同的機器，但是記得多買壹個第壹類的汽水(也是精靈的良藥)。
出了村子往右走把汽水交給警衛，他就被釋放了(腐敗？)，於是我來到了裏塘村。村裏有壹棟樓，11層。妳會在三樓拿到壹張鑰匙卡來開門。再次對戰對手和首領Toarey楊，然後和房間裏的人對話獲得主球(只要扔出去就會抓到小精靈)。出了樓，老板家門前沒人攔，又是壹場戰鬥。村裏還有壹個老板房，但是無效。如果妳有興趣打敗裏面的主人，可以從兩個精靈中選壹個。
來到石竹村，到村子上方的狩獵區(必須進入)，花500元買30個獵球進行狩獵。這裏的妖怪都是好的。值得壹提的是池中迷妳龍現在弱了，兩次進化後妳會很驚訝。絕對值得培養。(攻擊力最高)還有很多其他地方絕對沒有的怪物。用心抓住它們。對了，抓的時候有四個指令，包括餵食和扔石頭。必須采取不同的手段才能順利抓到不同的怪物(我的方法是不管三七二十壹直接扔獵球)。先在狩獵區找到壹對黃金假牙(很有用)，然後交給POKE右邊房間裏的人。他感激地把04號密傳機給了我(能力:蠻力；作用:力量爆發推動巨石)讓我再次尋找狩獵區寶庫中的人。我還要再花500塊錢，找到就能得到03號密傳機(能力:乘風破浪；功能:發射；裝備:水產)，現在有了新去處。
從村子往南，遊到雙子島，穿過島上的山洞。洞內的機制必須利用精靈的能力將巖石推到最低，當兩塊都掉下來擋住水流時，才能出洞。此外，山洞裏還有壹只凍僵的鳥。動動腦子去拿！再次下水，遊向綠色的村莊。第七個老板來了。村裏的研究所可以通過壹系列高科技技術，從以前獲得的化石或琥珀中提取細胞，培育出史前怪獸，其中化石可以進化。老板的房子被鎖上了。先去左邊那棟樓找鑰匙。那些雕像是用來控制門的開關的。經過反復撥弄，他們終於拿到了秘鑰，可以進入老板房間了。打了老板卡拉，沿著上遊水路回到了我家。
我們現在應該去哪裏？對了，是永恒村。妳還記得嗎？我早就找到老板屋了，就是放不進去。現在好了。再次祝賀楊！不過他和他的訓練師這次實力確實有所提升，不可掉以輕心。戰敗後不忘再談，然後他...退休了？！
到目前為止，我們已經打敗了所有八個圖書館員，但這還沒有結束。去西北的影村，途中會遇到對手。但他不再是我的對手了。很好解決，嘻嘻。
到達宮殿後，他依次向衛兵們展示了他通過苦心經營獲得的勛章，然後來到迷宮。機關還需要推石頭壓住，仔細看會發現壹個火焰鳥，最後到達暗影村，在這裏可以購物，休息，照顧好玩家！加完道具，我們上路了。
進入房子的後門。這是第壹個檢查站。天啊，第壹個太好了。如果沒有50級以上的實力，那就關機重新開始，好好訓練，等到實力大增，再來挑戰。連續四個跨欄後，妳將與小茂進行最後壹場冠軍爭奪戰。經過壹場暗戰，終於打敗了對手的65級恐怖怪物。然後醫生來了，宣布我成為了新的冠軍，然後就是壓軸。