標題 遊戲分類 首次發售時間
神奇寶貝紅藍寶石版 主系列RPG 2002
神奇寶貝彈珠臺 紅寶石·藍寶石 彈珠臺系列 2003
神奇寶貝火紅葉綠版 主系列RPG 2004
神奇寶貝綠寶石版 主系列RPG 2004
神奇寶貝不可思議的迷宮 赤之救助隊 迷宮系列 2005
神奇寶貝紅寶石版（日文︰ポケットモンスター ルビー Pocket Monsters Ruby，英文︰Pokémon Ruby Version）與神奇寶貝藍寶石版（日文︰ポケットモンスター サファイア Pocket Monsters Sapphire，英文︰Pokémon Sapphire Version）是任天堂公司發售的第八/九款神奇寶貝主系列遊戲。與之前版本相同，冒險地點選在了壹個全新的地區，豐緣地方。初學者神奇寶貝也與之前不同。
與金銀版壹樣，本作中加入了135種新神奇寶貝，將全國圖鑒擴充至386號。但是，這兩個版本無法與前作通信來獲取前作的神奇寶貝。
本作中加入了神奇寶貝華麗大賽，允許玩家用神奇寶貝在外貌上與他人壹較高下。並且對戰塔從水晶版保留下來。
從城都地方搬來的主角首先來到了豐緣地方的未白鎮，展開了他/她的旅程。主角的父親是橙華道館的道館訓練家，千裏。剛進入家裏，可以看到許多豪力正在幫助搬東西。調好時鐘後，主角的母親會要求主角到電視前面觀看父親的采訪。等主角匆匆趕到電視前，采訪卻結束了。於是主角的母親建議主角去拜訪父親的朋友：小田卷博士。
到達了小田卷博士的家裏，他的妻子和孩子（如果玩家選擇小遙，則是祐樹；如果玩家選擇祐樹，則是小遙）在家，但小田卷博士卻不在家。拜訪之後，主角前往101號道路，發現小田卷博士正被壹只土狼犬追擊。他要求主角從落在壹旁的背包裏的木守宮，火稚雞，水躍魚中選擇壹只神奇寶貝來打退土狼犬。之後，小田卷為了感謝主角救他，會將主角選擇的神奇寶貝贈送給主角。然後他告訴主角前往103號道路來學習如何成為壹個訓練師。
首次來到103號道路時，主角會與勁敵展開對戰。之後，回到小田卷博士的研究所，主角會收到神奇寶貝球。離開研究所後，主角的媽媽還會贈送給主角風速鞋。
主角首次到達橙華市時，千裏很高興自己的孩子已經成長為壹個訓練師了。這時，壹個叫做小光的孩子來請求千裏來教自己捕捉神奇寶貝。千裏給了他壹只蛇紋熊和壹個神奇寶貝球，並讓主角陪他前去。在102號道路，他捕獲了壹只拉魯拉絲，然後兩人返回了道館。千裏要求主角去豐緣地方旅行，收集八個徽章。道館的館主分別是杜娟，藤樹，鐵旋，亞莎，千裏，娜琪，楓和南，米可利。
主角隨後來到104號道路並要穿過橙華森林。在森林出口處，主角遇見了火巖隊R或水艦隊S隊員。在對戰後，那個隊員說明了壹些關於自己組織的事情。
在卡那茲道館，主角與館主杜娟對戰並獲得了巖石徽章。之後，主角遇見了得文制造股份有限公司的社長。他說他被火巖隊R/水艦隊S搶劫，希望主角能幫他拿回自己的東西。主角追著敵對組織來到116號道路，發現壹個叫做哈奇老人的人，他的長翅鷗也被敵對組織搶走。氣憤的主角沖進了卡綠隧道，與對方展開了對戰，獲勝並取回了東西和長翅鷗。
在將得文制造股份有限公司的社長的物品交換之後，玩家可以收到壹個神奇寶貝領航員，並收到茲伏奇社長的壹封信，需要轉交給大吾。主角回到104號道路，並搭乘哈奇老人的船穿過105號水道與106號水道，來到武鬥鎮。主角得知茲伏奇大吾在石之洞窟中，於是向洞穴趕去。在入口處，主角收到了壹個秘傳技學習器05（閃光），但在打敗武鬥道館前無法使用。在輕松擊敗道館訓練家藤樹獲得拳擊徽章後，主角來到了石之洞穴，打開了閃光，在黑暗的洞穴內部輕松地行走，並最終找到了大吾。大吾拿到信後，為了感謝主角，贈送給主角技能學習器47（鋼翼）然後告訴主角他們可能在神奇寶貝聯盟再見。
離開武鬥鎮後，哈奇老人帶著主角越過107號水道，108號水道，109號水道，來到了凱那市。在主角下船之後發現，火巖隊R/水艦隊S隊員封鎖了海之科學博物館的入口。當主角來到庫斯諾吉造船廠時，發現庫斯諾吉館長在海之博物館內。在主角找到庫斯諾吉館長時，他正被兩個敵對組織的隊員圍住。在主角打敗他們後，赤焰松R或水梧桐S會出現，告訴主角他們的目標並且警告主角不要再影響他們。
神奇寶貝彈珠臺 紅寶石·藍寶石（日文︰ポケモンピンボール ルビー&サファイア，英文︰Pokémon Pinball: Ruby&Sapphire）是對應第三世代遊戲的神奇寶貝彈珠臺遊戲。 本作是時隔4年後的彈珠臺作品，與前作的區別在於神奇寶貝擴充到第三世代水平，而且畫面變為彩色，並且有了更多的模式。
神奇寶貝火紅版（日文︰ポケットモンスターファイアレッド，英文︰Pokémon FireRed Version）與神奇寶貝葉綠版（日文︰ポケットモンスターリーフグリーン，英文︰Pokémon LeafGreen Version）是神奇寶貝第三世代主系列遊戲。這是紅綠版的重制版本。
神奇寶貝綠寶石版（日文︰ポケットモンスター エメラルド，英文︰Pokémon Emerald Version）是第三世代中的第五部，也是最後壹部主系列遊戲。
在2005年，它是北美銷量第二高的電子遊戲。它也是Game Boy Advance上銷量第三的遊戲，僅僅輸給紅藍寶石版與火紅葉綠版。綠寶石是Game Boy系列掌機上的最後壹款主系列遊戲。
與紅藍寶石版的不同
原作中由豪力幫助玩家搬家的情節修改為過動猿幫助玩家搬家。
道館迷宮重新設計。
冠軍的房間的顏色將紫色變更為了藍色。
主線變更
火巖隊與水艦隊都變為了敵對組織。
遊戲變更
固拉多與蓋歐卡的捕獲地點變更，等級提升。
將前作的對戰塔擴大為新的對戰開拓區。
新增加與火紅葉綠版壹致的肚臍巖、誕生之島、邊境的小島三個地點，這三個地點都是用來捕獲傳說中的神奇寶貝的地點。
人物變更
改變了小遙和祐樹的衣著。
將神奇寶貝聯盟冠軍由大吾替換為前水系道館訓練家米可利，水系道館訓練家則替換為米可利的老師亞當。
前神奇寶貝聯盟冠軍大吾在主角成為新壹屆冠軍後出現在流星瀑布深處，主角可以挑戰壹次。
神奇寶貝不可思議的迷宮 赤之救助隊（日文︰ポケモン不思議のダンジョン 赤の救助隊，英文︰Pokémon Mystery Dungeon: Red Rescue Team）與神奇寶貝不可思議的迷宮 青之救助隊（日文︰ポケモン不思議のダンジョン 青の救助隊，英文︰Pokémon Mystery Dungeon: Blue Rescue Team）是壹款同時發表於NDS和GBA上的RPG遊戲，也是首個神奇寶貝不可思議迷宮系列遊戲。2005年11月17日在日本正式發售。分別在2006年9月18日在美國，2006年9月28日在大洋洲，2006年11月10日在歐洲發售。