壹開始玩家控制鳴人。按照提示跳過橫桿，往前走壹會兒，遇到勘九郎。這時，突然出現了壹隊混合士兵............
因為是練習關，所以雜兵都是很低級的智障木偶，可以用來讓玩家熟悉操作。推薦使用勘九郎忍術2空襲彈，壹次可以炸飛很多混編兵。混血兒全滅後會存檔進入下壹關(混血兒死後會掉落壹些玉石，黃玉(德玉)可以用來購買忍者，提高人物能量。海藍寶石(查克拉玉)可以補充查克拉，綠玉可以補充體力。翡翠需要自己觸摸才能被吸入，幾秒鐘後就會消失。另外戰鬥中有壹定幾率掉落道具，比如手裏劍)
提示:攻擊敵人或者被攻擊到壹定程度，鳴人的頭會燒起來。當鳴人的頭在燃燒時，按△+○變成九尾！九尾的鳴人完全無敵，攻防速度大幅提升！壹段時間後，會恢復正常狀態。
通過1
從木葉村出發，我們來到了大地圖屏幕前。(在木葉村，玩家可以購買忍者，提升人物能力，還可以存檔。如果玩家在戰鬥中受傷，回到木葉村，可以恢復所有體力和查克拉。)然後去Ruyueの村。(註意途中遇到混戰的幾率很大，也屬於強制戰鬥。)進入後會遇到壹場雜兵戰鬥。摧毀混合武器後，使用鳴人的影子調查周圍。(場景中有些物體被破壞後會掉出查克拉玉)然後按空格鍵爬上屋頂。破壞屋頂上的水桶來滅火。從水桶上跳下來，再次消滅擋路的雜兵，帶著陰影調查周圍，爬到屋頂上打水桶。最後消滅壹群混血兒才能過關。原路返回火影室，進入第二句。
1句後增加了木本櫻、任務模式、挑戰模式等人物。(與前作《渦忍傳》不同，本作中劇情模式和任務模式是分開的，任務模式可以用來賺錢，但不影響劇情模式的流程。)
第二級
來到地圖上方的羅漢湖，會遇到船上的持久戰，需要小心。推薦用寧次的忍者回天，攻擊範圍廣。戰鬥中期會有雜牌軍用飛行道具攻擊岸邊，玩家可以利用部分船艙作為掩護。註意，最好不要在船旁邊打，否則德玉和查克拉玉很容易落水，掉水裏.................................................................................................................................................戰鬥到壹定時間就會出現BOSS賊頭！BOSS戰雖然有時間限制，但壹般不會超時。這個老板手裏拿著壹把長刀，割到就會疼。BOSS戰中也會有混兵幹擾，玩家最好在船尾戰鬥。推薦用鳴人的忍術螺旋丸，傷害相當大。如果之前用德裕的話會更容易提高角色的能力。
第三級
當我去南森的時候，我開始和勘九郎的老板打架。遠程攻擊，如手裏劍和炸彈在勘九郎是非常惱人的。玩家可以利用鳴人的影離術和連續術打壹輪躲。勘九郎在受到壹定程度的打擊後會處於疲憊的狀態。這個時候他可以上去補壹套連續技能，註意不要貪心。娃娃也可以判斷被攻擊，可以好好利用。勘九郎的移動又硬又直，所以球員可以趁機進攻。勘九郎的體力變紅後，他會頻繁使用心靈運輸。這時候他就可以用鹿丸的無限爆破手裏劍和暗影擬人的手法來對付了。
BOSS之後會有壹場雜兵大戰。如果之前戰鬥過的人受了重傷，用勘九郎來處理。這種雜兵戰鬥的力量非常集中，玩家要用跳躍的方式閃開，然後遠距離反擊。徹底消滅雜兵後，這壹關就完成了。通關後，從奈良鹿丸開始，並添加新任務。
四級
當妳去かラクり巖的時候，妳會遇到壹群雜牌軍，用魯馬魯的無限爆破手裏劍就能輕松解決。往前走壹會兒再把壹群雜兵和帶刀的雜兵消滅壹遍。這裏的雜兵比較強，可以多利用瞬間壓X的體術雙殺，避開敵人的攻擊。
來到下壹個現場後，向左走調查。提示:把時鐘調到6點就可以進去了。然後破壞右邊的柵欄，來到鐘的頂端。用普通攻擊輕敲時鐘下的按鈕，調整時間到6點，打開左邊的門。(鐘下暫時進不去)進左門，消滅雜兵，上二樓。發現二樓的門進不去了，就又來到了鐘頂，把時間調整到8點打開二樓的門。來到二樓，按圖中位置踩機關就可以下鐘了(踩別人就沒力氣了)。記得輸入時鐘後先去右邊的錄音點。
進入鐘樓，這裏地形復雜。玩家需要從這些檔位跳下，然後進入頂層房間。進入藍鐘樓，地形和之前差不多。只有部分檔位會轉動，增加了跳躍的難度。而且“獨木橋”處有機關，需要耐心。進入箭頭指示的入口，來到綠色鐘樓。跟著箭頭走。進入下壹個場景，往下走壹會兒就看到錄制點了。存檔後，進入傀儡混戰。
接下來，我們需要銷毀35個娃娃。這些娃娃可不是閑人。我在公共場合什麽都不說，動作特別靈活。尤其是“手刀大輪”攻擊範圍大！而且敵人的攻擊頻率相當高！如果妳有回復道具，就用它。娃娃全毀後過關。
第5級
從寶山寺出發，在山路上會遇到很多娃娃兵。沒關系，跟著箭頭走。走了壹段長長的山路後，鳴人遇到了他們的同伴小李。去木樓梯上的錄音點歸檔。根據箭頭，跳過幾個懸崖，進入壹個紅色的房間。(這裏的兩個高級娃娃極其強悍，攻擊力極高，可以使用遠程攻擊——“離子炮”。最好是走出家門)
進了房間，又有壹群低級玩偶在晃蕩。但是現在有了小李的幫助，就很好對付了。多用忍術離開旋風，2次可以解決壹個。當右上角的樓層進入下壹層時，妳會看到小偷正在被玩偶追趕...沒辦法，誰叫我們木葉忍者是好人呢？這時候玩家的任務就是擊退娃娃，救出小偷(可汗……)。殺了幾個娃娃後，劇情發生了，盜賊被玩家的超強實力嚇跑了。把剩下的娃娃處理掉，然後調查墻上有“開”的字畫，打開樓層的暗門和樓梯上的鐵門。
先靠著右墻跳，增加跳躍力，然後用左搖桿連續按X鍵。成功脫逃後過關。
6級
先去沙隱村，劇情發生後再返回木葉村。木葉村也受到了攻擊，所以玩家要保護木葉村。摧毀妳面前的玩偶，按照箭頭指示跳上屋頂。壹段時間後會發生壹個情節，情節結束後，搭檔會切換到丁基。沿著箭頭指示的方向壹路前行，最後跳下屋頂，進入BOSS戰。
老板:蜥蜴
BOSS壹開始會用180度噴火攻擊，威力大，有多重判斷，但是可以用身雙閃避，移動到尾巴進行反擊。在近距離，BOSS會連續兩次使用撕咬攻擊。BOSS移動時沒有攻擊判斷，可以放心攻擊。普通攻擊對BOSS傷害不大，所以推薦鳴人的忍術螺旋丸。如果之前在商店購買過“真螺旋丸”的技能，可以最大限度的增強螺旋丸的威力。如果查克拉不夠，他會用回復道具補充或者換同伴回復。打敗BOSS後，這壹關就完成了。
7級
來到七眼丘，壹進關卡就有任務:破壞結界，限時奪取念珠！要破壞結界，必須攻擊支撐四角的巨型人偶柱，旁邊會有不斷的人偶幹擾。推薦的方法是用鳴人的暗影分離術牽制人偶的雜兵，然後用螺旋丸攻擊巨型人偶柱。人偶柱被破壞會有大量查克拉藥丸，不用擔心查克拉不足。邊界的破壞之後是BOSS戰。
老板:黃蜂
BOSS壹般飄在空中，普通招式打不到她。BOSS會近距離用尾銷攻擊，遠距離從尾部投四枚炸彈。然而，它們很容易避免，威脅很小。玩家可以先用手裏劍等飛行道具攻擊BOSS，攻擊到壹定程度BOSS就會倒下被屠殺。這時候靠近BOSS，用螺旋丸轟擊。老板起來會掀起大範圍的沖擊波，跳起來躲避。BOSS放出的小黃蜂相當於壹個“移動炸彈”，會主動靠近玩家，遇到就會爆炸！但是可以用飛行道具或者忍術消滅。老板有時會在他身體周圍放電。在使用這壹招之前，BOSS會停止移動，它的翅膀是帶電的，所以要避開並不難。體力下降到壹定程度後BOSS會使用俯沖攻擊，速度快，距離遠。空中還有壹個螺旋丸(跳躍後使用螺旋丸)，BOSS命中後直接掉落。打敗BOSS之後就可以去沙隱了。
8級
來到の夜月村後，找到並銷毀15玩偶的任務出現了。夜月村面積很大，但路線並不復雜。消滅前兩個娃娃，往右走。會有幾個娃娃貼在建築上，然後通過起點向左上樓梯就能找到幾個。這裏有壹座斷橋，不能直接通過。妳需要跳到屋頂上，按照箭頭指示的路線繞到橋的對面。橋對面的廣場上有幾個洋娃娃。然後跳下右邊的欄桿就能找到最後四個娃娃。全部消滅後，可以回到木葉村的火影室發展劇情。劇情結束後，我去神森進行了壹場BOSS戰。
老板:紅藍巨型娃娃
這兩個BOSS的攻擊方式基本相同。紅BOSS用火屬性，藍BOSS用水屬性。BOSS的攻擊方式分為:火焰彈/水滴彈，擺臂攻擊，雙掌攻擊。這些攻擊的範圍很小，在時機合適時可以避免。藍BOSS的絕技“水牢之術”和紅BOSS的“焰推掌”威力無比，尤其是紅BOSS的“焰推掌”，如果被打在空中，會損失大部分體力。如果有傷害，要及時補充恢復道具，用忍術和他們戰鬥。只要我們著力消滅壹個，另壹個基本就無所作為了。通關後增加了赤井這個角色和新任務。
第九級
來到Shaの城巖石後，跟著箭頭走就到了這座城市。在城市中的記錄點存檔後，您將進入連續的強制戰鬥。在妳繼續前進之前，每個部分都需要消滅敵人。這裏有大量逃跑的娃娃，皮糙肉厚，喜歡帶著火到處亂撞。使用忍術前最好先拉開距離，否則很容易被敵人的攻擊打斷。看到娃娃身上的紅色，說明它會用碰撞攻擊，準備躲閃。在徹底消滅敵人後，整個城市已經開始燃燒了！焚城裏面也有很多娃娃和雜兵，還好不是逼戰。註意城市中的火焰同時在攻擊敵人和我們，所以小心不要碰到它們。走樓梯，可以上壹層樓。當妳來到第三層時，會有壹個箭頭指示有兩個地方可以跳到箱子上，通過三角形跳躍穿越火焰，試幾次就可以跳過去了。去四樓的記錄點備案進入BOSS戰。
老板:木本櫻
木本櫻頻繁使用手裏劍和飛踢，只要轉圈跑就能避開。如果落地後飛踢又硬又直，可以抓住機會用忍術攻擊。當然，木本櫻也可以使用忍術，所以不要和她靠得太近。當木本櫻的體力受損到壹定程度，手裏劍就會變成爆破手裏劍，使用忍術的頻率也會增加。當木本櫻全身發光，開始念咒的時候，說明她需要恢復體力。這個時候，她應該立即攻擊並停止。打敗木本櫻之後就是壹場BOSS戰。
老板:黃蜂X3
BOSS攻擊方式和7級壹樣，另外兩個黃蜂分別在BOSS體力為黃色和紅色時出現。(反正那兩個馬蜂肯定會出現！)我愛羅的忍術沙陣墻對BOSS有特效，不如多用用。
打了兩局BOSS還沒完！城市已經開始崩潰了，要在有限的時間內逃出去(幹嘛再說壹遍-)。別理雜兵，直接上樓梯！
註意最後壹個場景，這裏大部分區域都被火焰覆蓋！妳必須用螺旋丸或者普通攻擊來打破柱子作為橋梁繼續前進，順利逃脫！
第10關
前往最終目的地梵天，順著箭頭，通過螺旋樓梯進入寺廟。進寺後，無視雜兵，沖上長長的樓梯！爬了半天樓梯，終於看到錄音點了。然後從通風口跳進下水道，走了壹段路，又看到了記錄點和賣東西的時間。
由於接下來還有幾場BOSS戰要打，建議多買些回復道具，以備不時之需。(復活回復查克拉必須買道具)
老板連戰
1.蜥蜴(增強版)
BOSS增加了大範圍震動攻擊，回天，風火輪等招式。實力有所增強。其他人的處理方式和以前壹樣。
2.火影忍者
鳴人的破折號頻率很高，經常可以看到他在瞬間左右移動。我平時喜歡用暗影分離和身體攻擊。鳴人的身體攻擊超級強大，壹套連續技能可以摧毀幾十個體力值。更可怕的是，鳴人在體力下降到壹定程度時會產生忍術螺旋，不如用卡卡西的萊切來拉開距離。有時候鳴人會用手裏劍來幹擾，這壹點也要註意。
最後的BOSS戰
第壹階段:目前所有攻擊都無法傷害BOSS，現在攻擊它只是為了推進劇情。所以，不要過早使用恢復道具。打到壹定關卡後，劇情會進入第二階段。
第二階段
第二階段，攻擊角落的四個寶珠，破壞四個寶珠的光圈，然後攻擊本體對BOSS造成傷害。建議優先攻擊藍色寶珠，防止BOSS使用快速強力的閃電攻擊。BOSS被打成赤血後，會轉入第三階段。
第三階段
第三階段的戰鬥完全靠實力和恢復道具。BOSS實力大大增強，尤其是從嘴裏吸墨這壹招，壹擊必殺幾率極高！但這壹招有明顯的準備動作，就是突然原地跳躍，落下時變臉，嘴裏含著黑色物體。這個時候，它應該壹直側身繞著BOSS移動，避開它。螺旋丸還是主要技能。打完BOSS所有的體力，又會轉入第四階段...
第四階段
第四階段，變身完成後BOSS會立刻使用超殺“五行八卦陣”+“萬箭穿心”，效果100%。運氣不好的話，會陪葬。要避開這壹招，必須在BOSS出招的時候跑到場景邊緣，遠離這壹招的攻擊範圍。如果真的不行，會被九尾形式的無敵時間抵消。至於其他的攻擊方式，和之前壹樣。嘗試用忍術和恢復道具拼。去掉最後的BOSS就可以享受結局了。