2014年8月14日，五甲萬京信息產業集團以3862萬元成功收購北京中科紅旗軟件技術有限公司，使得持續半年的中科紅旗事件終於有了完美的結局。
2014年2月10日，中科紅旗貼出公司清算公告。
2009年6月，發布紅旗Linux桌面版6.0。
2006年全年，中國31省市的政府采購中，80%的省市選擇了安裝紅旗Apatite，占Linux安裝總量的95%。
2006年9月，戴爾和惠普宣布，在中國銷售的臺式計算機和筆記本電腦上預裝紅旗Linux 桌面版5.0。
2006年3月，發布紅旗Linux桌面版5.0（代號Apatite）。
2005年12月，紅旗數據中心服務器5.0榮獲中國計算機報社的編輯選擇獎。
2005年8月，紅旗軟件召開Red Flag World大會，並同時發布服務器5系列產品。
2005年5月，紅旗軟件加入長風產業聯盟。
2005年3月，紅旗軟件、Miracle、韓軟（Haansoft）***同預發布基於2.6內核的Asianux2.0版本
2005年1月13日，紅旗軟件董事長、中科院軟件所副所長孫玉芳因腦溢血在醫院辭世。時年58歲。新任董事長李玉成是中科院軟件所研究員、黨委副書記兼副所長。標誌著紅旗軟件走向後孫玉芳時代。
2005年1月，紅旗軟件宣布2004年度實現盈利。
2004年10月，紅旗軟件推出紅旗Linux桌面版4.1。
2004年6月，在紅旗軟件的倡導下，Asianux 1.0發布。
2004年2月，紅旗Linux服務器版4系列榮獲《e制造》2003年度編輯推薦獎。
2004年1月7日，紅旗軟件宣布與日本Miracle Linux株式會社成立聯合小組，合作開發名為Asianux的Linux解決方案。
2004年1月，紅旗Linux被中國計算機用戶協會授予《中國信息業2004年度行業采購首選品牌》，北京中科紅旗軟件技術有限公司被同時授予《中國信息業2003年度行業用戶誠信企業》獎。
2003年12月，紅旗Linux高級服務器版4.0榮獲《中國計算機報》2003編輯選擇獎。
2003年11月，紅旗Linux成為廣東省電子政務系統平臺指定產品。
2003年10月，紅旗軟件名列由《互聯網周刊》舉辦的“2003年中國電子政務IT100強”名單。
2003年9月，紅旗Linux桌面產品被《中國電腦教育報》評為“2003年中國最佳OEM軟件品評選”Linux操作系統獎。
2003年8月，紅旗軟件與中國惠普宣布建立戰略聯盟。
2003年7月，紅旗Linux推出紅旗Linux4系列。
2003年6月，紅旗Linux得到英特爾的認證，成為英特爾安騰2處理器（Itanium 2）和超線程技術的支持廠商之壹。
2003年5月7日，甲骨文中國公司與北京中科紅旗軟件技術有限公司宣布建立戰略夥伴關系，並推出了***同開發的紅旗數據中心服務器版4.0。
2003年3月25日，紅旗Linux在“二十年的信賴”----中國計算機用戶協會成立二十周年的慶典活動上，榮獲“20年用戶信賴的IT產品品牌調查活動”操作系統軟件產品的信賴品牌。
2002年12月，中標國家郵政局“郵政綜合網郵區中心局設備生產作業系統”。
2002年10月，助力西部大開發；與寧夏自治區生產力促進中心簽署技術聯盟合作協議，並與當地政府合作，建立了 “紅旗Linux操作系統國產NC機應用示範教室”。
2002年8月，中標國家經貿委重點企業信息化工程2002年3月，紅旗Linux桌面版3.0推出。
2002年2月，中標廣東省南海市電子政府系統。
2001年12月，中科紅旗中標北京市政府桌面操作系統產品正版軟件采購，微軟在此次競標中失利。2001年12月，紅旗企業級服務器3系列推出，開始進入企業市場。
2001年7月，紅旗與PC硬件廠商的OEM協議超過100萬套。
2001年6月，紅旗安全服務器通過公安部計算機信息系統產品質量監督檢驗中心安全認證，達到國標第三級。
2001年4月，用於彩票機的紅旗嵌入式操作系統推出，並在江蘇、沈陽等省份廣泛推廣。
2001年4月，IBM、惠普等廠商開始在其服務器系列預裝紅旗服務器產品。
2001年3月15日，信息產業部通過中國電子信息產業發展研究院下屬控股的北京賽迪創業投資有限公司註資中科紅旗。
2000年12月，紅旗Linux桌面版2.0榮獲“計算機世界2000年度Linux操作系統產品獎”。
2000年11月，總裁兼CEO劉博當選世界經濟論壇2001年科技先鋒。
2000年10月，紅旗Linux發布嵌入式解決方案，包括機頂盒、PDA、瘦客戶機等。
2000年9月，教育部考試中心指定紅旗Linux為國家NIT體系的Linux模塊的考試模板。
2000年9月，紅旗發布了基於IBM S/390主機的紅旗Linux操作系統。
2000年8月4日，紅旗Linux桌面版2.0發布；TCL同時發布預裝紅旗Linux桌面版的個人電腦。
2000年7月，紅旗Linux與香港新華集團簽署了在東南亞地區建立培訓、技術支持、銷售中心的協議，啟動紅旗Linux全球化策略。
2000年6月6日，北京中科紅旗軟件技術有限公司正式成立。
2000年6月，紅旗Linux被軟件行業協會評選為創新產品
2000年4月27日，與英特爾、軟件行業協會***建Linux技術支持中心
2000年3月28日，與康柏聯合發布了紅旗Linux ISV計劃，試圖推動更多的應用軟件開發商將其解決方案移植到紅旗Linux平臺上。
1999年10月20日，服務器版1.0正式上市。
1999年8月10日，紅旗Linux誕生。