然而，哈利很快發現了在霍格沃茨的墻壁中，有壹些很不尋常的聲音。這聲音另哈利恐懼，因為聲音說：它要殺人。可是羅恩和赫敏卻聽不到這種聲音。學生中有壹個泥巴種被石化，加上馬爾福的宣傳，引起了霍格沃茨學生們的猜疑，他們認為是斯萊特林的繼承人打開了密室導致的。哈利羅恩和赫敏打算揭開誰打開了密室，他們懷疑是馬爾福，於是他們在壹個廢棄的女廁所中制作了復方湯劑，成功地使哈利和羅恩變成了馬爾福的兩個同夥的樣子，但他們通過詢問馬爾福，得知馬爾福並非斯萊特林的繼承人。霍格沃茨繼續發生泥巴種學生被石化的情況，而哈利波特也由於暴露出自己懂得蛇語而被學生們認為他是斯萊特林的繼承人。
哈利無意在煉制復方湯劑的女廁所找到壹本日記本，哭泣的桃金娘（住在女廁中的幽靈）告訴哈利有人想沖掉這本日記本。但哈利發現這日記本依然像新的壹樣。他帶回去，發現能夠通過在日記本上寫字與日記的主人對話。日記的主人叫湯姆裏德，他告訴哈利，50年前，是海格打開了密室，他飼養的巨型蜘蛛殺死了人。為此海格被關進了阿茲卡班監獄。
哈利和羅恩想去找海格問明情況，卻發現馬爾福的父親以學校董事會的名義要求校長辭職，並且海格也被魔法部的人帶走了。哈利和羅恩因為躲在隱身衣下，所以沒有被發現，海格臨走前告訴哈利，要想知道情況，就跟著蜘蛛走。哈利羅恩跟著蜘蛛到了禁林中巨型蜘蛛的居住地，巨型蜘蛛告訴他們，這不是蜘蛛幹的，而是壹種蜘蛛最怕的東西。但巨型蜘蛛也絕非善良之物，他們準備吃了哈利和羅恩，就在緊急關頭，那輛飛車及時趕到，救了他倆。赫敏也被石化了，這才使得壹度懷疑哈利是斯萊特林繼承人的學生消除了對哈利的懷疑，因為他們知道哈利不會害赫敏。在石化的赫敏手中，哈利發現了壹張紙條，解釋了斯萊特林繼承人從密室中放出來害人的怪物是蛇怪，壹種大蛇，誰看到它的眼睛就會被殺死。而哈利等人繼續分析得知，迄今只有學生被石化而沒有被殺死，是因為這些學生都是通過鏡子、倒影、鏡頭等物品間接看到了蛇怪的眼睛，而非直視它的眼睛。他們繼續分析後得出，哭泣的桃金娘就是50年前被蛇怪害死的女孩，因此他們去找她問了些情況，進壹步確認了密室的入口就在這間廢棄的女廁中。羅恩的妹妹金妮失蹤了，哈利他們找到教授們，說出蛇怪的事情，而教授們這要求羅格哈特教授去解決蛇怪救出金妮，因為他是黑魔法防禦術的老師。可羅格哈特教授卻準備打包逃走，因為他根本不會降伏蛇怪。哈利和羅恩逼著羅格哈特教授到了女廁所，哈利用蛇語打開了密室，他們進入密室後，羅格哈特企圖用羅恩的魔杖對哈利和羅恩施遺忘咒，可羅恩的破魔杖導致咒語反彈到羅格哈特自己身上。而施咒產生的巨大沖擊力也導致密室的壹些地方被炸，羅恩被掉下的石頭擋住了路，哈利只能單身匹馬去救金妮。哈利看到金妮躺在地上昏迷不醒，這時湯姆裏德出現了，湯姆裏德告訴哈利，他才是真正的斯萊特林的繼承人，也是他50年前放出了蛇怪，並陷害了海格，還是他通過日記控制了金妮，是金妮放出了蛇怪。而且他就是後來殺害哈利父母以及眾多有正義感的魔法師們的伏地魔。湯姆裏德企圖通過金妮來復活自己，他之前的身影模糊，但隨著時間的流逝，正在漸漸清晰起來，哈利知道救金妮的時間不多了。而此時湯姆也準備召喚出蛇怪來解決掉哈利。這時鄧布利多校長的鳳凰帶著分院帽飛來，鳳凰啄瞎了蛇怪的眼睛，使得哈利可以睜開眼睛挑戰蛇怪，而哈利從分院帽中抽出了格蘭芬多寶劍，經過壹番鬥爭，解決了蛇怪，而他自己也被蛇怪的毒牙刺中。鄧布利多的鳳凰用眼淚滴在哈利的傷口上，解了蛇怪的毒。但湯姆的身影越來越清晰了，準備加害金妮和哈利，哈利急中生智，用蛇怪的毒牙向湯姆的日記本刺去，日記本流出了血，而湯姆的影子也消失了，金妮醒了過來。回到學校後，被蛇怪石化的學生們也隨著草藥學老師種植的解毒草藥的成熟而被救醒。哈利記起那本湯姆的日記本是馬爾福的父親丟進金妮的書包的，而此時馬爾福的父親正在學校施加壓力準備迫使鄧布利多下課，他碰了壹鼻子灰。哈利看到小精靈多比在老馬爾福身邊，明白了它是馬爾福的家養小精靈。哈利準備給小精靈自由身，於是把襪子放在日記中還給老馬爾福，而老馬爾福又隨手給了小精靈，小精靈驚奇地發現裏面有壹雙襪子，而根據規定，主人如果賜給精靈衣物的話，精靈就獲得了自由。