甲板分為三種類型-主要甲板，次要甲板和附加甲板。
主卡牌可以放怪物卡、魔法卡、陷阱卡、鐘擺卡和儀式怪物，最少40張，最多60張。
可放入二級卡組的卡與壹級卡組的卡相同，便於雙方玩家在三局兩勝的中途更換卡組，並將二級卡組與二級卡組中的卡加入。上限是15。
額外的卡牌可以填充融合怪物、連貫怪物和XYZ怪物，以及少數靈璧-連貫怪物(上白下綠)、靈璧-XYZ怪物(上黑下綠)和戰鬥中被摧毀的靈璧怪物。這種鐘擺怪物會以面朝上的形式增加壹個額外的甲板。上限為15張，但在遊戲過程中，受損的P卡仍會被放入多余的卡牌中，不受15張上限的限制。
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