這個故事的背景已經從Joyville搬到了另壹個安靜而陌生的小鎮。細心的朋友會發現，小鎮中心的小柱子(就是貼著木偶打折海報的柱子)就是出現在《木偶劇1:喬伊維爾之謎》歡迎主界面的柱子。不僅如此，遊戲的背景音樂也是《歡樂谷之謎》的“深度版”。這壹切似乎都預示著《無邪之魂》將延續《歡樂谷之謎》奇特而刺激的冒險故事。
在這次冒險中，妳將繼續以偵探的身份出現在遊戲中，遊戲是12章。故事開始於壹個小鎮上孩子們的靈魂被“蜘蛛木偶”吸走。看起來眼熟嗎？沒錯，就是那個出現在《歡樂谷之謎》裏被大火毀容的女孩研發的機器人木偶。原來她之所以要吸走孩子們的靈魂，是因為純潔的靈魂會讓她半毀容的臉重新煥發光彩...歷經千辛萬苦，雖然毀容女孩的計劃還是失敗了...但在額外的內容中，毀容的女孩乘著氣球逃走了...未完待續~ ~
值得註意的是，在《木偶戲2之無邪之魂》中，首次使用了WMA視頻來代替原來用圖片幻燈片播放的部分章節和插曲。雖然這樣會提高凝聚力，但畫面質量似乎有些打折扣。這可能是和歡樂谷之謎最大的不同。可以關註壹下:到了毀容少女的老巢，辨認“蜘蛛傀儡”進廠的場景和《終結者之救贖》(終結者2018)挺像的...