在之前的作品中，謝潑德拯救了城堡之後，人類贏得了壹個議會席位。為了安撫民心，要塞元老院宣布死神不存在，威脅已經完全解除。為了消滅剩余的Geth分子，議會派Shepard在整個銀河系巡邏並包圍剩余的分子。在壹次秘密巡邏中，諾曼底號被壹艘早已埋伏好的未知巨艦當場抓獲。那艘不知名的船用幾門光速炮把諾曼底撕裂了。幸運的是，大部分船員都得以逃脫，謝潑德為了救小醜不幸犧牲。[6]
委員會宣布謝潑德在戰鬥中陣亡已經兩年了。在此期間，Cerberus和Liara合作(詳見漫畫《質量效應:贖罪》)不僅找到了謝潑德的遺體，還計劃讓他/她復活。