院校成立於1958年9月，院校在湘鄂渝黔四省(市)邊區的具備地區性、民族化的湖南屬綜合類大學，由吉首教學區和湖南張家界教學區構成，也是四省份邊區經營規模較大、整體實力最牛。2011年，國務院辦公廳、發改委將吉首大學列入我國區域發展戰略布局基本建設高校，2012年，吉首大學當選我國主要修建的100所“小211工程項目”高校。
院校包含工科、理學類、醫藥學、文學類、法律學、社會經濟學、哲學思想、農學專業、社會心理學、歷史學、企業管理學、設計學等十二大學科門類，內設23個二級學院，大學本科專業71個，在其中3個國家級別重點學科，2個我國大學本科專業綜合性改革創新示範點技術專業，1個我國“非凡醫師培養教育方案”技術專業，8個省部級重點學科，8個省級重點技術專業;1個省部級優點特點重點發展學科，5個省部級重點發展學科。2013年經國家教育部準許新增加招收技術專業：金融工程、商務溝通、電氣專業以及自動化技術。
吉首大學有國家級別重點學科3個：音樂專業、生物技術專業、工商管理專業，國家級別大學本科專業綜合性改革創新示範點技術專業1個：軟件開發，“非凡醫師培養教育方案”技術專業1個，“非凡農業和林業優秀人才培養教育方案”技術專業1個：園林景觀，重點學科技術專業（新聞學、中國語言文學、體育教學、食品科學與工程項目、物理、分子生物學、工商管理專業、音樂專業）、重點學科（新聞學、體育教學、音樂專業、舞蹈學、食品科學與工程項目、生物技術專業、工商管理專業、網絡營銷）和綜合性改革創新示範點技術專業12個。