學院以市場需求為導向，以發展應用技術教育為主，努力辦好與地方特色產業和國 內特色行業接軌的特色專業。現開設有藥學院、管理學系、信息工程系、電子與電氣工程學系、建築工程系等5個院系34個專業。 藥學院中藥護理藥品經營與管理中藥制藥技術藥物制劑技術藥品質量檢測技術藥學中藥鑒定與質量檢測技術管理學系物流管理旅遊管理酒店管理營銷與策劃（超市管理方向）連鎖經營管理（商業連鎖方向）導遊連鎖經營管理（醫藥連鎖方向）信息工程系計算機應用技術動漫設計與制作電子商務軟件技術（計算機網絡方向）市場營銷（企業形象設計與辦公自動化方向軟件遊戲信息安全技術電子與電氣工程學系電子信息工程技術應用電子技術電子工藝與管理機電壹體化技術電氣自動化技術藥劑設備制造與維護醫用電子儀器與維護醫學影像設備管理與維護礦山機電 建築工程學系建築工程技術建築裝飾工程技術房地產經營與估價室內設計技術 建築工程系是學院重點建設的系部之壹,現開設專業有建築工程技術、建築裝飾工程技術、房地產經營與估價等專業。專業教師24人，高級職稱4人，半數以上具有中級以上職稱，雙師型教師達80%以上，外聘教師（技術指導專業人士）5人，外聘教授8人,多名教師擁有註冊監理工程師、壹級建造師等執業資格證書。擁有建築與環境藝術實驗實訓中心，中心下設建築材料實驗室、土力學實驗室、建築設備實訓室、美術畫室、建築與裝飾實訓基地以及計算機輔助設計室等。與合肥南巽監理公司、安徽建科監理有限公司、北京百度家裝亳州分公司、亳州天韻裝飾有限公司等十幾家單位建立長期合作關系。
我系以生產壹線的工程師和工程管理人員為培養目標，課程設置既強調夯實基礎，又立足於市場對人才的需求，註重學生的實踐能力的提高和相關能力的拓展。歷屆畢業生深受亳州市建委、建築企業、裝飾工程公司及社會各界的壹致好評和歡迎。
隨著中國加入WTO和人們對居住條件、居住環境的要求不斷提高以及西部大開發戰略的實施，建築類專業前景將更加廣闊。
現開設專業：建築工程技術、房地產經營與估價、建築裝飾工程技術、室內設計技術。 原名藥學系，於2003年7月成立，2010年1月正式更名，是學校最早成立的二級院系之壹。成立以來，藥學院立足“服務地方經濟發展”的辦學理念，依托亳州中藥資源和中醫藥文化優勢，辦學規模迅速擴大，辦學特色日趨鮮明。至2012年，***培養從事藥品生產、藥品調劑、藥品質量檢測、藥品營銷等方面工作的高素質、高技能、應用型人才6000多人，為學校特色院校建設和服務區域經濟發展做出了顯著貢獻。
藥學院現有在校生3000余人。開設中藥、藥學、中藥制藥技術、藥物制劑技術、藥品經營與管理、藥品質量檢測技術、中藥鑒定與質量檢測技術、食品分析與檢驗、護理等9個專業，其中中藥為中央財政支持專業，中藥、藥學、中藥制藥技術為省級特色專業。
藥學院現有專任教師71人，兼職教師38人，其中教授及正高職稱3人，副教授及副高職稱10人，講師及中級職稱35人，碩士研究生以上學歷37人，省級專業帶頭人1人，省級教壇新秀2人；設有中藥、制藥技術、藥學綜合、藥學經濟、護理5個教研室。教師隊伍學歷職稱結構合理、業務素質較高、教學經驗豐富、科研能力較強，承擔省部級以上教研科研課題20多項，主編或參編國家規劃教材10余部，每年公開發表教研論文30余篇，承擔中央財政支持建設項目2項。
藥學院現已建成並投入使用的校內實驗實訓基地有30多個。其中省級示範實驗實訓中心2個：中藥炮制實訓中心和中藥制劑實訓中心，裝備有制備中藥飲片炮制、中藥提取及中成藥片劑、膠囊劑、丸劑、顆粒劑、滴丸劑、口服液等劑型的大型制藥機械60余臺；藥物制劑檢測實訓中心1個，擁有高效液相色譜儀、氣相色譜儀、紅外光譜儀等精密儀器；中藥標本中心1個，現收藏數千種動植物標本，標本館正在規劃建設中；藥用植物園1個，占地面積10余畝，種植藥用植物600余品種；中藥材栽培試驗田8塊，***15畝，已投入實訓教學。
藥學院始終秉承“弘德、篤學、強能、拓新”的校訓，堅持“地方性、技能型、開放式、職業化”的人才培養理念，建立並逐步完善了“院校—市級—省級—國家級”藥學專業人才技能提升機制。僅2012年，獲省級以上技能大賽獎勵5項，其中獲國家級中藥傳統技能競賽個人二等獎1項，集體三等獎1項。
藥學院依托亳州中華藥都優勢，主動參與並積極推進《安徽省（亳州）現代中藥產業發展規劃（2009-2020）》的實施，堅持走“工學結合、校企合作”之路，現擁有功能多樣、管理良好、合作***贏的校外實習實訓基地30余家。已與安徽華佗國藥廠、安徽濟人藥業、安徽省藥物研究所、上海益豐醫藥公司、江蘇昆山瑞豐百佳惠醫藥公司、揚子江藥業集團等藥業企業建立良好校企合作關系，建有“揚子江藥業班”、“濟人班”、“華佗班”、“瑞豐班”、“益豐班”等訂單班。 管理學系成立於2004年，現開設旅遊管理、酒店管理、營銷與策劃、物流管理、連鎖經營管理（醫藥連鎖方向和商業連鎖方向）六門專業，全日制在校大專學生700人，專兼職教師43人，其中32人為碩士研究生，20人為“雙師型”教師，教授1名，副教授5名。至2012年，系內已建有模擬酒店、模擬客房、導遊訓練、會計、語音室、物流綜合實訓室、連鎖經營實訓室等校內實訓室10座，設備投入300余萬元。管理學系與上海順豐速運集團、蘇州德邦物流、紹興富臨名家實業有限公司、人本集團、杭州開元旅業、南儲倉儲、華聯超市等國內知名企業建立長期合作關系，現有合作企業20余家。2010年，連鎖經營管理、酒店管理專業被確定為省級特色專業，物流管理、旅遊管理為院級重點建設專業，其中連鎖經營管理專業獲得中央財政支持建設經費200萬元。
秉承“弘德、篤學、強能、拓新”的校訓，管理學系高度重視人才培養工作，課程開設涵蓋管理、經濟、營銷、會計財務等專業知識，強化計算機信息技術、英語口語和專業操作能力培養，開展創業培訓，輔導學生考取導遊、會計、營銷師、人力資源管理師、物流師等各類職業資格證。同時，定期舉辦演講大賽、辯論比賽、營銷策劃技能比賽、廣告設計和社會實踐活動，提高學生綜合素質。近兩年來，管理學系學生在安徽省職業院校技能大賽和演講比賽中獲獎十余次。截至2013年，管理學系向旅遊公司、酒店、物流公司和連鎖零售企業輸送了兩千余名畢業生，許多人已經成長為旅行社經理、星級酒店經理、連鎖店店長和企業銷售骨幹。
現開設專業：旅遊管理、酒店管理、連鎖經營管理（商業連鎖方向）、營銷與策劃（超市管理方向）、連鎖經營管理（醫藥連鎖方向）、物流管理。 信息工程系開設計算機應用技術、軟件技術（網絡方向）、電子商務、市場營銷（企業形象設計與辦公自動化方向）、動漫設計與制作、信息安全技術六個專業。教職工29人，外聘兼職教師10人，其中副教授、高級工程師4人，中級職稱13人，雙師型教師11人，擁有碩士學位14人，在職研究生11人。擁有校內實驗實訓室14個，其中網絡實驗室、信息安全實訓室、動漫設計機房在同類院校中居於壹流水平；與中國軟件專業人才培養工程（CSTP）、蘇州安博、北京洪恩、北大青鳥、上海全美（ATA）、上海英業達、杭州贏動、亳州青風網絡、阜陽誠意、中國電信北京天通苑合作營業廳等10多家國內、省內企事業單位開展合作，為畢業生高質量、高層次就業提供保障。
信息工程系秉承依托地方、行業、市場辦專業，加強師資隊伍建設、實驗實訓基地建設、質量監控和保障體系建設，全面落實人才培養目標的知識、能力和素質的培養，最終服務學生、服務地方經濟、服務行業、企業的“三依托、三建設、三要素、三服務”的辦學理念。高標準，嚴要求，使學生在掌握專業技能的同時，全方位提升職業素養，實現“壹張文憑，多種證書，壹技之長，壹專多能，品學兼優”的培養目標。
以技能大賽為指導確定教改方向，近兩年來，積極參與國家、行業、省級技能大賽並取得了壹定成果。全國信息技術大賽榮獲國家級二等獎，安徽省級職業技能大賽獲二等獎2次，三等獎6次，優秀獎壹次。
現開設專業：計算機應用技術、軟件技術（計算機網絡方向）、電子商務、市場營銷（企業形象設計與辦公自動化）、動漫設計與制作。 電子與電氣工程系開設有機電壹體化技術、電氣自動化技術、醫用電子儀器與維護、醫學影像設備管理與維護、藥劑設備制造與維修、電子工藝與管理、應用電子技術、電子信息工程技術8個專業，其中電氣自動化技術、機電壹體化技術、應用電子技術等為校級重點建設專業，醫用電子儀器與維護專業為省級特色專業。現有專任教師23人，其中中高級職稱17人，博士1人，碩士9人。建有省級醫用電子儀器實習實訓中心、PLC實訓室、電子生產工藝實訓室、單片機實訓室、電子仿真實驗室、電梯控制實訓室、自動化生產線實訓室、金工實訓中心和SMT生產線實訓中心等。近兩年來，獲得國家職業技能大賽“智能電梯安裝與調試”二等獎，全國電子設計大賽優秀獎，安徽省級職業技能大賽壹等獎2次，二等獎3次，三等獎6次。積極拓寬學生就業渠道，先後與上海英業達集團、廣達上海制造城（QSMC）達豐（上海）電腦有限公司、安徽三安光電有限公司、合肥凱邦電機有限公司、亳州聯滔電子有限公司等開辦訂單班.近幾年學生就業率達到98%以上，歷屆畢業生均受到用人單位的歡迎和好評。
現開設專業：應用電子技術、醫用電子儀器與維護、機電壹體化技術、電氣自動化技術、電子工藝與管理、醫學影像設備管理與維護、電子信息工程技術、藥劑設備制造與維護。 學校現有在校生7300人，其中普通大專生6776人，成人函授本科生近200人，歷屆畢業生就業率均達96%以上。現有專任教師313人，其中教授1人，博士研究生3人，副高以上職稱教師31人，碩士研究生學位及以上教師71人。
學校是亳州市文明單位、安徽省綠化工作模範單位，是“十二五”時期安徽省重點支持建設高職院校，是安徽省高職院校A聯盟成員單位，是淮海經濟區高職院校協作會理事單位。2011年，學校被評為“安徽省普通高等學校畢業生就業工作先進集體”，並被授予安徽省“紅十字先進模範校”榮譽稱號。 學院已提出更名的申請，2012年2月21日上午，亳州市舉行亳州職業技術學院更名安徽藥科職業學院匯報會，接受省教育廳專家組測評，即將更名為安徽藥科職業學院。