(1)現在的即時通訊軟件很多，不同IM之間的互通問題壹直沒有解決。因為IM工具很多，不同的用戶可能使用不同的即時通訊軟件，各種軟件無法直接溝通，所以需要同時使用多個IM軟件與多個用戶溝通。但也有壹個發展趨勢是，不同的即時通訊工具將會互通，即即時通訊的應用將會更加便捷，信息傳遞將會更加有效。
(2)難以傳遞大量信息或壹對多信息。並不是所有的信息都適合實時傳播，比如內容很多的信息，促銷信息等等。如果采用即時通訊，必然會給收件人帶來麻煩，所以還是需要電子郵件來承擔這些任務。雖然技術上可以同時向多個用戶發送即時消息，但實際上壹些企業和個人正在利用這種方式進行“網絡營銷”，如QQ群發消息等。，但由於對受助人的幹擾，這種方式容易被指責，嚴重的會被起訴，整體效果不理想。
(3)即時通訊信息不規範。在電子商務活動中，通過這種實時聊天形式進行的信息交流是不規則的，不便於對交流的信息進行分類管理。目前，以這種方式做出的要約和承諾不能確認為有效合同。發生糾紛時，敗訴方很難拿出有效證據。因此，在正式的商務活動中，即時通訊無法取代電子郵件等其他更正式的電子信息傳遞方式。