1、政府的引導力度尚待進壹步加強。政府在資源整合、合理有效引導等方面有待加強和改進，電商從業人員總體比較分散，從產品選擇、包裝、物流發貨壹般都是獨立完成，進貨渠道和貨源相近，質量不統壹無保證，同質化競爭普遍存在，競爭壓力大而利潤不高，影響農村電商的發展。
2、對農村發展電子商務的認識有差距。壹些幹部群眾尚未認識到農產品電子商務在解決農產品銷售難、增加農民收入、促進三農發展中的戰略作用和意義，電子商務對促進傳統農業生產經營模式的創新發展中的作用尚未充分發揮，對經濟轉型和價值創造的貢獻潛力尚未充分顯現。
3、農村電子商務人才普遍缺乏，電子商務的發展還需要大批專業技術人才。目前長期生活在農村的人群以中老年為主，文化素質較低，對於電腦、智能手機、互聯網服務接觸很少，對電子商務的概念不了解。三明農產品電子商務工作人員供需矛盾突出，特別是缺乏熟練既掌握電腦網絡操作又具有營銷策劃推廣的專業人才。
4、農產品的物流配套體系培育不足。農產品級差大、易腐性、保鮮難、季節性，在物流環節過程中對包裝、分類、裝卸，運輸，倉儲有特定的要求，三明各縣鄉鎮壹級的物流交通體系、特別是冷鏈物流能力還較薄弱，有待進壹步加強。