1、政策法規科（審批管理科）：組織提出農業農村改革發展相關重大政策建議，牽頭開展農業農村經濟管理規範性文件的起草工作。牽頭負責農村綜合改革相關工作。承擔執法監督工作，規範行政執法行為，推動完善農業行政執法與刑事司法銜接機制。
2、農業綜合執法科（農業綜合執法大隊、農產品質量安全監管科）：承擔農業（含種植業、畜牧業、農業機械、漁業水產、牲畜屠宰、動物衛生、農業植物檢疫等）違法案件查處工作。受理農業違法行為舉報並依法處理。負責綜合協調和監督實施農產品質量安全監管有關工作。
3、鄉村振興科（區委農村工作領導小組辦公室秘書科、農村建設指導科）：承擔區委農村工作領導小組辦公室、區委實施鄉村振興戰略領導小組辦公室日常工作。統籌、組織、協調、督導、考核全區鄉村振興戰略實施工作，提出實施鄉村振興戰略的政策建議。
4、農業漁業管理科（牲畜屠宰管理科）：負責種植業、畜牧業、漁業、農業機械化等農業各產業的監督管理。指導糧食、蔬菜、花卉等農產品生產。組織構建現代農業產業體系、生產體系、經營體系，指導農業標準化生產。負責漁業管理和漁政漁港監督管理。
5、農田建設管理科：擬訂農田建設項目需求方案，承擔耕地質量管理相關工作。參與開展永久基本農田保護，承擔農業綜合開發項目、農田整治項目、農田水利建設項目組織實施工作。
6、農村經營管理科：提出深化農村經濟體制改革、鞏固完善農村基本經營制度的政策建議，指導發展農村新型農業經營主體和多種形式適度規模經營，組織協調有關試點、示範工作。
7、區農畜牧業管理綜合執法大隊（區農業技術推廣中心）：貫徹執行《中華人民***和國農業法》、《中華人民***和國農產品質量安全法》、《中華人民***和國野生動物保護法》、《中華人民***和國種子法》等法律法規、協助實施全區農畜牧業管理綜合執法工作（農藥、種子、種苗、化肥、放心肉、蔬菜、飼料、獸醫獸藥管理）、負責對全區農產品質量安全進行綜合監督檢測。
8、區動物衛生監督所（區動物疫病預防控制中心）：根據《中華人民***和國動物防疫法》的規定，承擔全區動物防疫和動物疫病防控工作實施監督管理、依法對動物飼養、屠宰、經營、運輸以及動物產品生產、經營、加工、儲藏、運輸等活動的動物防疫實施管理和協助監督執法。
9、區植物保護站（區農機與漁船管理站）：展農業有害生物監測預警並提出防治方案，承擔農業有害生物防治的具體組織工作、制訂重大農業有害生物災害應急除治預案，並組織實施、負責組織實施農業環境質量監測和耕地地力監測工作，指導科學用肥、用藥工作。
10、區農村集體經濟組織資產財務管理服務中心：起草農村（含轉制社區下同）集體經濟組織資產管理、交易和財務管理等相關規章制度，指導、推動農村集體經濟組織建立健全內部資產管理和財務管理制度。
11、辦公室：負責文電、會務、機要、檔案等機關日常運轉工作；承擔信息、安全、保密、綜治維穩、信訪、計劃生育、政務公開、宣傳工作。負責黨建、黨廉、紀檢監察工作；承擔幹部人事、機構編制、群團、勞動工資、教育培訓、財務、政府采購、資產管理、內部審計、後勤管理工作。編報部門預算並組織執行。組織提案議案辦理、安全生產、道路交通及消防安全工作。