鳴人現在是忍界英雄，實力是影級別的。我愛羅被鳴人觸動，改邪歸正，成為了十足的好男人，當上了風影。從頭開始講起……中忍考試結束之後。佐助深感自己的弱小，隨四人眾（大蛇丸派來接佐助的）投靠大蛇丸。鳴人，鹿丸，寧次，牙，丁次組成的小隊負責追擊，把佐助帶回來。路上，寧次和丁次分別戰勝自己的對手，同時也身受重傷。牙和鹿丸得到我愛羅壹行人的幫助，徹底解決剩下的敵人。在終結之谷，鳴人追上佐助，但是被佐助打敗。卡卡西趕到時，只剩下昏倒在地上的鳴人……佐助到達大蛇丸老巢，鳴人等眾人回到木葉。自來也帶鳴人遠走他鄉，展開了為期三年的修煉……三年後，鳴人歸鄉。木葉接到情報，風影我愛羅被“曉”的成員迪達拉和蠍抓走，鳴人等眾人救回我愛羅。之後，第七班摸到大蛇丸的老巢，離別三年的佐助終於與鳴人小櫻碰面，簡單的交手之後佐助隨大蛇丸離去……“曉”再次進犯，飛段和角都殺死並帶走地陸，負責追捕的阿斯瑪小隊趕到，阿斯瑪戰死！隨即卡卡西小隊趕到，卡卡西和角都苦戰並處於劣勢，鹿丸設計活埋飛段。鳴人和大和壹行人趕到，鳴人用新開發的忍術——風遁·螺旋手裏劍打敗角都……佐助打敗並封印大蛇丸，實力大增，放出大蛇丸被殺的消息，同時和水月，香磷，重吾成立“蛇”小隊，旨在追擊宇智波鼬。迪達拉因不滿佐助殺死大蛇丸（殺死大蛇丸是迪達拉的任務），找到佐助並爆發戰鬥。迪達拉自爆，佐助逃出。佐助繼續搜尋鼬的消息，鳴人等人希望活捉宇智波鼬從而找到佐助。期間，鼬找到鳴人，給了鳴人壹種神秘的力量，即把壹只烏鴉寄存在鳴人體內——後來得知烏鴉的壹只眼睛是宇智波止水的萬花筒寫輪眼。另壹方面，自來也得知曉的首領隱藏之處，打算前去壹探究竟。來到雨隱村，不想卻被曉的首領佩恩察覺，佩恩找到自來也，進行了壹場激鬥。自來也驚呼佩恩擁有輪回眼，那是六道仙人的眼睛，是三大瞳術之首。形勢緊急，自來也變身為仙人模式，配合二大蛤蟆仙人殺死三個佩恩。以為了事的自來也準備離開，卻不知佩恩已被復活，最終自來也被佩恩六道殺死，屍沈大海。自來也臨終前發現了佩恩的秘密，並托付蛤蟆仙人把情報帶回木葉。戰鬥結束，佩恩打算抓捕九尾。另壹邊佐助找到鼬，兄弟大戰爆發……佐助力竭，沒有足夠的查克拉繼續壓制被封印在體內的大蛇丸，大蛇丸重現並使出八岐之術，卻被鼬用“須佐能乎”的十拳劍封印，打了壹回大醬油。鼬步步緊逼，佐助無力反抗，最終鼬卻點了下佐助的額頭，倒地而亡。鳴人等眾人趕到時，佐助已被面具男阿飛帶走。佐助醒來，阿飛自稱是斑，告訴佐助，鼬已病入膏肓，這次戰鬥是故意放水以讓佐助殺死自己，並透露了鼬的所有內幕。原來宇智波滅族事件是木葉高層下令執行的，因為宇智波壹族計劃政變。鼬為了整個村子的和平，接受了任務但是要求木葉保全佐助的性命。阿飛拉攏佐助加入曉，並且派佐助的小隊捕捉八尾。在雷之國，佐助和八尾人柱力奇拉比大戰，最後，佐助等人帶回的卻是奇拉比的分身……蛤蟆仙人深作來到木葉，透露了自來也的犧牲，眾人哀慟，鳴人尤其消沈。深作帶領鳴人來到妙木山，修習仙術，以期打敗佩恩……雷影得知自己的弟弟奇拉比被捉，大怒，責難木葉對叛忍不聞不管，要求召開五影大會商討對付曉。佩恩襲擊木葉，木葉崩潰，鳴人返回與佩恩激鬥！鳴人打敗佩恩六道，利用仙人模式反追蹤查出佩恩本體長門的所在之處，並且與長門碰面。長門告訴鳴人自己曾經是自來也的弟子，自訴經歷，訴說自己對和平的理解。最後，鳴人說服長門，長門使用輪回天生之術復活木葉眾人，長門力竭而亡。鳴人回到村子，成為了英雄。綱手因救助眾人而昏迷不醒，而五影大會在即，團藏自薦成為第六代火影如期參加在鐵之國舉行的大會……佐助等人前往五影大會刺殺團藏，首先與雷影交手。團藏潛逃，佐助被水影攔住並與之交手，之後土影上，阿飛趕往五影大會救出佐助並向五大國宣戰，第四次忍界大戰爆發。阿飛離去，攔住團藏，佐助與團藏交手，並殺死團藏。小櫻趕來，想要刺殺佐助，差點被佐助所殺，被卡卡西救下，卡卡西與佐助交手，同時鳴人趕到，與佐助互表心聲，相約壹戰，之後各自離去。返回基地，佐助換上鼬的眼睛……八尾人柱力奇拉比逃出村子遊玩，鬼鮫受命捉捕八尾。奇拉比處於危險之時，雷影趕到，與奇拉比合力殺死鬼鮫。其實這是鬼鮫的分身，鬼鮫的真身藏在鮫肌裏面，隨鮫肌被奇拉比帶回雷之國，以刺探情報。五大國方面，為了對抗阿飛，決定成立忍者聯軍，為了保護鳴人和奇拉比，決定限制他們的活動。奇拉比指導鳴人利用體內的九尾力量，修成九尾模式。鬼鮫探得情報，結果被發現，被阿凱開第七門打敗，鬼鮫為了不泄露情報而自盡。藥師兜找到阿飛要求合作，阿飛答應。阿飛率領十萬白絕進攻，兜穢土轉生壹大批強有力的忍者配合進攻。鳴人和奇拉比奔赴戰場。長門和鼬被穢土轉生出來，捉捕鳴人和奇拉比。之前鼬給鳴人的烏鴉出來，烏鴉的眼睛——止水的萬花筒釋放幻術“別天神”助鼬擺脫兜的控制，鼬和鳴人，奇拉比***同對付長門，長門被鼬封印。鼬前往兜的所在之處，想要阻止穢土轉生之術。兜穢土出宇智波斑，斑無人能擋，此後五影登場，聯手對付斑。另壹個戰場上，阿飛和鳴人，阿凱，卡卡西，八尾作戰。鼬在路上遇上了佐助，佐助此時已開了永恒的萬花筒。佐助想要從鼬口中得到所有事情的原委，鼬不談，佐助壹路追到了兜的藏身之處，然後鼬和佐助打敗兜並且解除穢土轉生，所有被穢土轉生的忍者灰飛煙滅，但是關鍵時刻，斑解除了穢土轉生的契約，也就是說斑不受施術者控制，仍然完好無損。鼬臨走前，對佐助說全家人都壹直深愛著他，佐助有所感觸，想要通過自己的眼睛來看清自己將要走的路，於是通過紅豆的咒印使大蛇丸復活，讓大蛇丸帶他去找那個知曉壹切的人……卡卡西發現阿飛時空忍術的秘密，和鳴人配合打破了阿飛的面具，發現阿飛竟然是帶土！斑解決五影之後趕到帶土這邊，使十尾復活，強大的十尾完全壓制九尾和八尾等眾人。這時候，忍者聯合軍大部隊趕到了，***同對付十尾。十尾壹個尾獸炮把忍軍指揮部炸了，鹿丸父親鹿久和井野父親亥壹等人英勇犧牲，寧次為了保護鳴人也壯烈犧牲……
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