二者區別在於：java文件是源程序，class文件是編譯後的代碼。
關於源程序
未經編譯的，按照壹定的程序設計語言規範書寫的，人類可讀的文本文件。
源程序可以是以書籍或磁帶或其他載體的形式出現，但最為常用的格式是文本文件，這種典型格式的目的是為了編譯出計算機可執行的程序。
將人類可讀的程序代碼文本翻譯成為計算機可以執行的二進制指令，這種過程叫做編譯，由各種編譯器來完成。壹般用高級語言編寫的程序稱為“源程序”。
java文件就是這樣壹個未經編譯的源程序，壹般是給程序員看的。
編譯程序
編譯程序（Compiler，compiling program）也稱為編譯器，是指把用高級程序設計語言書寫的源程序，翻譯成等價的機器語言格式目標程序的翻譯程序。
編譯程序屬於采用生成性實現途徑實現的翻譯程序。它以高級程序設計語言書寫的源程序作為輸入，而以匯編語言或機器語言表示的目標程序作為輸出。
編譯出的目標程序通常還要經歷運行階段，以便在運行程序的支持下運行，加工初始數據，算出所需的計算結果。
class文件就是被編譯器編譯過的java文件，通常是給計算機看的。
擴展資料：
JAVA工作原理：
使用文字編輯軟件或集成開發環境在Java源文件中定義不同的類 ；
通過調用類中的方法來訪問資源系統；
把源文件編譯生成壹種二進制中間碼，存儲在class文件中；
然後再通過運行與操作系統平臺環境相對應的Java虛擬機來運行class文件，執行編譯產生的字節碼，調用class文件中實現的方法來滿足程序的Java API調用。
參考資料：
源程序-百度百科
編譯程序-百度百科