塞伯坦內戰幾個世紀後，汽車人和霸天虎分別進化成了巨無霸和原始野獸。原始巨獸的首領霸王龍和另外六個人偷了壹個記錄變形金剛歷史的金盤，駕駛壹艘宇宙飛船飛躍時空回到史前的地球，改變他們的祖先霸天虎戰敗的歷史。以黑猩猩為首的科學探索隊奉命攔截。霸王龍無視星際法則強行時空跳躍，雙方墜毀在史前地球上。他們都探測到這個星球有強大的能量，但是這種能量對他們是有害的。因為記錄中沒有提到這些能量，所以他們沒有意識到這就是地球。為了達到抗幹擾的目的，他們對當地的動物進行掃描，把它們變成野生動物。這個星球的能量也導致了霸王龍野心的進壹步膨脹。他開始帶領原始野獸掠奪能源。為了安全和生存，黑猩猩和它們的巨人發起了反擊。
隨著戰鬥的深入，發現了壹些奇怪的情況。原來這是外星行者的試驗場。外星人抓住了黑猩猩並掃描了它。因為黑猩猩穿越時空來到這裏，行者通過掃描看到了未來，連宇宙大帝都被他們打敗了。於是沃克嚇壞了，決定毀掉它。天空中兩個月亮中的壹個開始變形，這竟然是外星人的終極武器。但是黑猩猩登上平衡艙，撞上了外星武器，導致了量子風暴，阻止了地球毀滅。
外星人消失了，但危機並沒有解除。根據金盤記載，人類幫助汽車人打敗了霸天虎，人類將出現在壹個山谷裏。現在生活在山谷中的類人猿是人類的祖先。為了改變歷史(未來)，霸王龍決定殺死這些猿猴！但在恐龍戰士的努力下，類人猿逃脫了。
更令人驚訝的是，墜毀在地球上的汽車人飛船“方舟”已經被發現。至此，雙方認定這是史前地球。此時汽車人還在飛船裏熟睡，霸王龍試圖殺死擎天柱改變歷史，但黑猩猩和黃豹還原了擎天柱，保證了歷史的正常發展。
鬥爭變得更加復雜。霸王龍發現了墜毀的霸天虎飛船“卡瑪”，並試圖用這艘飛船摧毀方舟。危急時刻，巨無霸裏的犀牛戰士駕駛救生艇撞毀了卡瑪號。
裝載著超空間程序的飛船再次升空，巨無霸們踏上了歸途。然而，他們並不知道，逃脫了報應的霸王龍在飛船外被拷問，和他們壹起向塞伯坦進發。......